一、對法人財產權性質，物權說的缺陷
（1）無法準確反映企業財產的實際情況。眾所周知，物權的客體是物，即有形財產，不包括無形財產。然而，法人的財產並不限於有形財產，還包括法人享有的債權以及無形財產權等。如《公司法》第27條、第84條規定，有限責任公司的股東可以用貨幣出資，也可以用實物、工業產權、非專利技術、土地使用權作價出資。另外，公司在經營中積累的財產除上列具體形式外，還包括商號權、債權、抵押權等形式的財產，對這些無形財產，物權說無法準確反映。
（2）有違“一物一權”法則。一物一權原則的內容包括兩方麵：一是一個物權的客體以一個獨立的物即單一的物為原則，物的組成部分不能設立一個物權，多數單一物的集合，即集合物除財團抵押外也不能設立一個物權，而應就各個獨立的物分別設立物權；二是一個物不能設立兩個內容互相抵觸的物權，尤其是一個物上不能有兩個所有權，即“一物不能有二主”。“一物二權”即公司享有經濟上的所有權、股東享有法律上的所有權是中世紀日耳曼法理論， 它搞亂了所有權關係，故已過時。具體到法人財產上，即使限於有形財產，也應屬集合物，而不能是單一物，除依據《擔保法》規定可就企業的機器設備設立一個抵押權外，原則上不能就企業的全部財產設立一個物權，而應就企業的各獨立的物分別設立物權，但應注意以土地設立的物權與以其他財產設立的物權是不同的。在我國，土地隻能歸國家或集體所有，企業即使占有土地也無法設立土地所有權，僅能設立他物權之一的土地使用權，若再作細分，供企業使用的土地由於有劃撥與出讓之分，又可分為出讓土地使用權和劃撥土地使用權。而物權說忽略了企業財產的集合物特征，忽略了企業擁有的土地與其他財產可設物權的不同，籠統將法人財產權界定為所有權或其他物權，違背了一物一權原則。同時，法人對其財產的性質並非都可歸入對於物有絕對無限製的使用收益及處分的權利範疇。按公司法之規定，國家對國有獨資公司權力的行使有諸多限製，如由國家授權投資的機構或者國家授權的部門製定公司的章程或批準董事會製定的章程，決定公司的合並、分立、增減資本和發行公司債券，從董事會成員中指定董事長或副董事長，審批公司資產的轉讓等。
二、所有權與經營權分離說存在的問題
（1）將法人財產權當成出資者讓渡給公司的權利，混淆了自物權和他物權。自物權是產權主體對自有財產的權利，他物權則是在別人所有物上由兩個主體協議設立的權利。公司的財產雖然由出資者投資形成，但出資者與公司的關係不是租賃或借貸關係，而是投資關係，出資者的資本一旦投入公司，公司所有的財產與出資人的個人財產就相分離。我國公司法規定，股東或發起人以實物、工業產權、非專利技術或土地使用權出資的，應當依法辦理其財產轉移手續。這就表明出資者和公司是不同的所有者，各有其獨立財產，需明確各自的所有權。
（2）誤解了股東和管理人之間產權的可分性以及公司產權的統一性。現代公司的發展使得董事會權限日益擴大，股東會的權力相形弱化，致使公司內部確實存在所有權與經營權相分離的現象。但這種分離有兩特點：一是存在於公司股東和公司管理者之間，而非股東和公司之間；二是存在於公司內部，即使是國家和企業間的產權分離也不是發生在企業外部。由於公司是依照按份共有原則建立的合股經濟組織，股東的資本投入到公司後，就不能隨意抽回，隻能在公司破產解體後最終歸出資人。作為獨立於股東之外並取得法人資格的公司，就代替全部股東成為他們投入資本的所有者。因此，就公司而言，應集全部財產權於一身，所有權與其他權是統一的，不存在產權的分離問題。股東保留所有權，將經營權委托給公司，是簡單地把公司股東等同於國家所有製中的國家，把承包租賃企業之間實行的兩權分離的關係借用於股東和公司，混淆了不同的產權關係。