在公司資本製度作出相對靈活的規定後，必然會引發以下的問題：
(1)注冊資本與實收資本的關係：依據新《公司法》第7條的規定，實收資本與注冊資本將一並成為公司營業執照上記載的必要內容，以便讓與公司發生交易的當事人看清公司的資金實力和股東對公司已經履行的出資情況。實收資本又與公司股東約定的出資期限安排有關，在兩年的期限內出資的到位安排越細，修訂營業執照的頻率也會越高，公司、驗資機構、工商機關就很麻煩，因此公司設立時股東們就應當根據所設公司的實際情況設計出資的期限安排，在首次出資到位足以使公司擁有足夠的營運資金後，可以安排在法定期限到來前繳付餘款是適當的。在公司的財務會計賬簿方麵也需要做出必要的跟進調整，以準確記載公司股東的權益和資產負債關係。
(2)公司在成立後，未到兩年就倒閉的，對公司存續期間對外債務的承擔，股東的責任不是以實繳資本為限，而是以注冊資本為限（這同英美國家和地區實行的授權資本製不同），換言之，公司的注冊資本在公司成立時必須全部發行完畢，現有股東必須全部認購，隻是繳付的期限不同而已。股份有限公司以發起方式設立的，也可以比照有限公司的安排分期繳付資本；采取募集方式設立的，不存在資本分期繳付的問題，仍然由發起人首先認購35％的部分，其餘部分向不超過200人的特定的投資者募集（即私募）或向社會公開募集，到公司成立時其資本應當全部募集到位。
(3)在公司資本首次繳足到20％以上還不足100％時，股東的權力行使和利益分配應如何安排，這在立法的專家會議上討論過，在公司法中並沒有做出明確規定，最後的方案似乎傾向於由股東們通過意思自治解決。權力行使方麵，依據公司法第43條，“股東會議由股東按照出資比例行使表決權；但是，公司章程另有規定的除外。”1993年公司法隻規定了前一句，沒有規定後一句，這裏明確賦予股東們通過意思自治可以協商另外的表決方式，如果股東們沒有在章程中另外安排，這裏的“出資比例”應當理解為按實收資本的比例行使表決權，這樣規定，一是因為舊法中的“出資比例”明確指的是實繳資本，因為製度背景是法定資本製；二是考慮到雖然股份已經發行完畢，但認購較多股份的認購人有可能無法實際繳付，在此背景下，他在公司成立後的多數表決權就沒有資金的支持和道德的基礎，有可能給股東之間的關係和諧留下隱患。此外，這種利益和出資不對等還牽涉兩年內此人可能分配利益的多少問題。另外，這樣做也可與新《公司法》第32條關於出資證明書的規定保持一致，出資證明書隻能證明實際繳付的部分，不能包括雖已認購但尚未實際繳付的部分，這部分是股東對公司所負的債務，給付的最後期限是公司成立後兩年。股份公司中股東按《公司法》第104條規定，“所持每一股份有一表決權”，持有股份以繳付的資本為基礎獲取，故與有限公司應當一致。利益分配方麵，《公司法》上的依據是第35條的規定，但全體股東約定的除外，以及第38條關於股東會的職權安排，由股東會決定；股份公司則按第82條規定由公司章程中第9項“公司利潤分配辦法”設定，也可以按《公司法》第100條的規定，即適用第38條第1款由股東會決定。
(二)關於減資衝突
減資又稱資本的減少，是指公司成立後對注冊資本的減少。我國《公司法》原則上允許有限責任公司和股份有限公司在其經營期內減少注冊資本，新修訂的《中華人民共和國公司法》對公司減資的規定體現在第九章第178條，即公司需要減少注冊資本時，必須編製資產負債表及財產清單。公司應當自做出減少注冊資本決議之日起10日內通知債權人，並於30日內在報紙上公告。債權人自接到通知書之日起30日內，未接到通知書的自公告之日起45日內，有權要求公司清償債務或者提供相應的擔保。公司減資後的注冊資本不得低於法定的最低限額。公司隻有在減資和持有本公司股票的其他公司合並的情況下，才能回購股份。這樣規定，是為了防止公司資本不實。當為減資回購或因某些其他原因持有本公司股票時，必須在法律規定的時間內注銷或出售該部分股份。但為股票期權激勵計劃而回購的股票不可能在短時間內處理，因為該計劃是一種長期激勵措施。根據美國的經驗，認為信息充分公開，允許公司回購股票，不會誤導投資者和債權人。日本采取更謹慎的做法，既允許回購股票用於實施股票期權計劃，同時又做出相應限製；主要為用於股票期權激勵的股份，一般公司不超過總股本的10%，經認可的創業型公司，不超過1/3；回購金額隻能在可分配利潤的範圍之內。陳清泰、吳敬璉：《股票期權激勵製度法規政策研究報告》，中國財政經濟出版社2001年版，第91頁。
《中外合營企業法實施條例》第22條和《外商投資企業法實施細則》第22條則作了不同於公司法的減資規定——合營期內不得減少其注冊資本。財政部又在此基礎上於1992年6月24日頒發了《中華人民共和國外商投資企業財務管理規定》。該規定指出：合營企業和外資企業在經營期內，投資人不得以任何名義和方式抽回其注冊資本。本項目認為，《外商投資企業法》之所以強調注冊資本不得減少的原因在於注冊資本是外商投資企業向外承擔債務和對內確定投資各方享有權利承擔義務的基礎，宏觀上而言也是我國掌握外商投資總規模的必要條件。因此，到目前為止，外商投資企業減少注冊資本仍被禁止。
(三)關於股東出資額的轉讓衝突
《公司法》第72條規定，有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書麵通知其他股東征求同意，其他股東自接到書麵通知之日起滿30日未答複的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
《外商投資企業法》對投資者（股東）出資額的轉讓相對《公司法》而言更為嚴格。它強調投資者的一致同意原則、優先購買原則和政府機關批準原則。《中外合資企業法實施條例》第23條第(1)款規定，合營一方如向第三者轉讓其全部或部分出資額，須經合營他方同意，並經審批機關批準。如果合營一方向第三者轉讓出資額時，在同等條件下，原有股東享有優先購買權。《中外合資經營企業法》第10條也規定，中外合作者的一方轉讓其在合作企業合同中的全部或部分權利、義務的，必須經他方同意，並報審批機關。此外，《外資企業法實施細則》也規定，外資企業注冊資本的轉讓，須經審批機關批準。綜上所述，《外商投資企業法》對出資額的轉讓特別強調其他投資者的一致同意和審批機關的批準。與公司的規定相比較，顯然出資額的轉讓要求較為苛嚴。
綜上所述，我國三種有限責任製度的立法體係格局相當於三套馬車拉套（如下圖所示），規則各不相同，由此帶來了內外資不平等、“假外資”、“防君子不防小人”、“光腳的不怕穿鞋的”等一係列社會問題，也帶來了許多不符合邏輯之處，如為什麼同屬於“一人公司”性質的國有獨資公司、個人獨資企業以及外方獨資企業，唯有個人獨資企業要承擔無限連帶清償責任，而國有獨資公司和外方獨資企業卻可以豁免，隻需負有限責任？反觀“國有獨資公司”，獨資與公司矛盾，而且前麵冠之以“國有”，意為隻有“國有”的獨資公司才可以“蘿卜兩頭切”，在享受獨資好處的同時，又可以不負作為內資的獨資企業必須承擔的無限責任。無論基於什麼原因，這樣的做法都值得商榷。