有組織的參與不僅有助於提高農民的參與能力，也可以顯著提高農民參與的力量感，提高和其他利益群體的談判力量。農民的組織化是指農民為了更好地實現、保護和促進自身利益而聯合起來形成各種經濟和政治組織的行動和過程。農民組織化的過程不僅是農民自我管理和自我服務的過程、也是農民由“原子化”轉為“聚合化”狀態的過程。可以說，農民的組織化參與是促進農村土地管理中農民參與所必需的條件。
首先，提高農民的組織化參與程度是農民弱勢地位的要求。分散的農民由於缺乏利益表達的渠道和表達能力，在與強勢群體的利益博弈中經常處於劣勢地位。既無法保障自己的權利，也無法影響相關決策和行動。在涉及權利維護、平等待遇和發展機會等自身利益時，農民往往成為“沉默的羔羊”即使有機會發表自己的意見，也會因個人意願表達的分散性而難以得到相關政府部門的重視。所以，農民隻有組織起來，才能形成相對一致的需求，得到重視，扭轉其在參與過程中的弱勢地位。
其次，提高土地管理中農民的組織化參與程度是保護農民土地利益的要求。從國際上來看，西方發達國家幾乎所有的社會階層都有自己的代言人——利益集團，而且這些利益集團都發揮著相當重要的作用，比如美國的農業合作社和日本的農協。在我國，工人有工會，記者有記協，藝術家有文聯，學生有學聯，工商戶有工商聯。各個階層都有一個政治性的常設組織，唯獨農民階層是個例外。到現在為止，真正代表農民利益的群體組織還沒有出現，中國農民的利益表達呈現個體化、分散化的特征。這就使農民的利益表達既不能反映長遠的利益，也不能反映農民的整體利益，表達效果和方式也往往缺乏合法性和規範性而受到挫折。因此，從保護農民利益的角度，必須重視農民組織化參與程度的提高。
最後，提高農民的組織化參與程度是將農民的非製度參與轉化為製度參與的需要。由於分散的農民難以獲得平等的對話身份，在缺乏規範利益表達機製情況下，農民在參與農村土地管理中的主體性往往難以得到相關政府部門的重視。由此產生強烈的不公平感和利益被剝奪感。這也是誘發農民以組織化方式進行非製度參與的重要原因。農民參加的涉及自身利益的非製度化參與活動，有時確實可以維護農民的利益，但另一方麵也嚴重威脅社會安全與穩定。從另一個側麵說明建立體製內的溝通和參與渠道的必要性，而這種參與渠道的一個重要保障就是在政府的鼓勵下建立起真正代表農民利益的農民組織。社會學家達倫多夫認為，衝突中的群體越有組織，衝突的強度越高，但衝突中的暴力就會減少。組織化程度高的被征地農民具有更高的行動能力，開展的活動一般具有較高的目的性、一致性和持久性。農民的組織化程度越高，越有利於他們更加廣泛地進行宣傳和動員，集合各種資源，提高農民參與農村土地管理的廣度、深度和範圍，從而達到較好的參與效果。
提高農民的組織化程度，可以從如下幾個方麵進行。
第一，重構農村集體組織，建立集體組織成員參與土地管理整個過程的協商和糾紛解決機製。其製度設計的目標，是使其成為土地管理過程中確保農民有充分的知情權、參與權、表達權和監督權的組織保障。
第二，培育“農民協會”等農民利益代表組織，提高農民的組織化水平和自我保護能力，從而達到引導農民通過製度化渠道有序、有效參與農村集體土地管理的目的。在現有政治框架下，政府須明確農民協會等農民組織在參與公共事務方麵的製度合法性，為農民這一弱勢群體可以以集體行動的力量來抵禦各種可能損害其權益的行為提供製度空間。同時，農民協會也可在法律允許的範圍內，不僅在政府和農民之間架起溝通的“橋梁”和“紐帶”，代表農民參加決策，而且也為農民提供土地管理的相關信息，向上傳達農民的意見和建議，從而起到促進農民參與、維護農民合法權益的作用。而股份合作組織、合作社等組織形式也可以作為提高農民參與能力的組織化載體。
第三，培育社團組織，為土地管理過程中的利益相關群體提供專業的技術服務和法律援助。具體可包括法律知識援助和信息谘詢服務等。這些社團組織通過為農民提供利益表達服務，不僅可以增強農民的參與能力和參與效率，而且利於農民有效參與到土地規劃、土地流轉等決策中去。還可以通過社團組織介入影響土地管理過程的參與程序，提高在相關決策中的參與地位。