在處理流轉收益問題上，由於沒有一個相對統一的評價標準和依據，流轉收益的談判機製也未確立，無論是村集體組織還是農民，考慮眼前利益的居多，前瞻性考慮不足，對今後可能出現的土地升值或者社會經濟發展的變動因素考慮欠缺，往往導致土地流轉價格偏低，使得農戶可分割的利益呈現出不公平。而土地流轉過程保護農民權益的最有效辦法是讓農民自己做主，堅持“自願、依法、有償”的原則，自願原則。其中“自願”是第一位的。
土地是農民最基本的生活保障和社會保障，是農民最大的利益所在，也是農村最大的穩定素。過去發生的侵犯農民權益的事件從根本上講都是違背農民意願的。部分村組幹部從自己私利出發，任意侵犯農民的利益，不和農民協商，鄉鎮幹部過多地行政幹預以及“越俎代庖”等行為是導致農民利益受損的重要原因。公眾參與的理念是讓農民自主決策是否流轉和怎樣流轉，真正賦予農民在土地流轉中的主體地位。同時，在流轉收益問題上要有多方麵專家學者參與論證，對未來的土地收益作出評價，規範土地流轉程序，才能使土地流轉獲得可持續發展的基礎。
3.3.2 集體建設用地流轉及其形式
1.農村集體建設用地流轉的含義
農村集體建設用地是指農村集體組織和個人興辦鄉鎮企業、鄉（鎮）村公共設施和公益事業、村民建設住宅經依法批準使用的本集體經濟組織農民集體所有的土地。根據《土地管理法》第六個三條規定，除符合土地利用總體規劃並依法取得建設用地的企業，因破產、兼並等情形致使土地使用權依法發生轉移外，農民集體所有的土地的使用權不得出讓、轉讓或者出租用於非農業建設，也就是說農村集體建設用地不能自由地進行流轉。《擔保法》第三十六條規定：鄉鎮村企業的廠房等建築物抵押的，其占用的土地使用權同時抵押，但沒有對到期債務不能償還做出規定，事實上就是將其抵押的建築物連同土地使用權一起拍賣償還到期債務。《土地管理法》第六十二條規定：農村村民一戶隻能擁有一處宅基地，農村村民出賣、出租住房後，再申請宅基地的，不予批準。由於工業化和城市化對土地需求的迅速增長和集體經濟組織追逐利益的驅動下，農村集體建設用地自發流轉的現象大量存在。2005年廣東省率先製定《廣東省集體建設用地使用權流轉管理辦法》的地方性法規，於2005年10月1日實施，允許農村集體建設用地直接進入市場進行流轉、這反映了市場經濟條件下和工業化、城市化進程中，農村集體建設用地流轉的內在需求和必要性，目前我國農村建設用地直接進入市場流通已開始試點。
《中共中央關於推進農村改革發展若幹重大問題的決定》（以下簡稱《決定》）指出：“在土地利用規劃確定的城鎮建設用地範圍外，經批準占用農村集體土地建設非公益性項目，允許農民依法通過多種方式參與開發經營並保障農民合法權益。逐步建立城鄉統一的建設用地市場，對依法取得的農村集體經營性建設用地，必須通過統一有形的土地市場、以公開規範的方式轉讓土地使用權，在符合規劃的前提下與國有土地享有平等權益。”這意味著農村集體建設用地可以進入市場流轉，分享工業化、城市化高速發展帶來的土地增值收益。《決定》僅指農村經營性建設用地即鄉鎮企業用地能夠進入城鄉統一的建設用地市場轉讓使用權，目前宅基地和鄉村公益性建設用地還不能交易。據統計，我國農村集體建設用地總量5倍於城鎮建設用地，允許利用效率很低的鄉鎮企業用地進入城鄉統一的建設用地市場進行流轉，可以盤活鄉鎮企業的資產，也可以在不突破城鄉建設用地總規模情況下滿足社會經濟發展對建設用地的需求。
2.農村集體建設用地流轉的形式
目前集體建設用地使用權流轉主要表現為六種方式：
（1）集體建設用地使用權出讓 指集體經濟組織以土地所有者的身份，將土地使用權在一定年限內讓予本集體經濟組織之外的土地使用者，並由該土地使用者向集體經濟組織支付出讓金的行為。這種流轉方式目前沒有法律依據，是完全仿效城鎮國有土地使用權出讓的辦法進行的。出讓不是出賣所有權，而是有期限的讓予使用權，使用權人在此期限內享有對土地的占有、使用、收益和進行某些處分的權利。因此，由出讓行為而創設的土地使用權已是一項獨立的用益物權，而非簡單的使用權能，不僅可以實際占有、使用、收益，更重要的是土地使用者可以轉讓、出租、抵押或用於其他經濟活動，實際上亨有法律允許範圍內的處分權。
（2）集體建設用地使用權轉讓 指取得集體建設用地使用權的企業和個人，將其使用權再次轉讓給新的土地使用者的行為，其實質是土地使用權的再流轉。土地使用權的轉讓隻能是對原權利剩餘期限的轉讓。必須在土地進行一定開發之後才能轉讓其權利，未滿足規定條件的不得轉讓。我國法律允許的土地使用權轉讓的方式有出售、交換、贈予和繼承。土地使用權轉讓的條件是，必須按照土地使用權出讓（或出租、承包）合同規定的期限和條件對土地進行建設和利用，末滿足規定條件的土地使用權不得轉讓。土地使用權轉讓的方式有四種：①出售方式。即買賣，指土地使用者將土地使用權轉移給他方，他方為此支付價金的行為。②交換方式。也叫“互易”，指土地使用者雙方約定互相轉移土地使用權或一方轉移土地使用權，另一方轉移金錢以外標的物的行為。③贈予方式。指土地使用者自願把自己的土地使用權無償轉移給受贈人的行為。④繼承方式。即由繼承人依法取得被繼承人的農村集體建設用地使用權。
（3）集體建設用地使用權出租 指集體建設用地所有者或使用者將一定年限的土地使用權出租並收取租金，土地使用者取得承租集體建設用地使用權。使用權出租是目前農村集體建設用地流轉的最主要形式，可分兩種：第一，集體土地所有者為出租主體。主要表現為村集體將建設用地使用權或廠房出租給企業或個人，搞“招商引資”由集體收取一定的租金。第二，集體建設用地使用者為出租主體。主要表現為村辦企業以全部或部分土地出租，靠收取租金盈利以及農民個人出租住房，引致土地使用權的出租。這種流轉方式在受到現行法律體製的限製，但在實踐中是普遍存在的。
（4）集體建設用地使用權抵押 是指集體建設用地使用者將自己所擁有的土地使用權作為融資的擔保（包括以地上建築物抵押連帶土地使用權抵押的情形）向銀行擔保取得貸款。當抵押人不能按約償還貸款時，將喪失土地使用權，則銀行取得土地使用權。在我國現行法律體製下，集體建設用地使用權不得單獨抵押，但可以與地上建築物連帶抵押。土地抵押實際上發揮著土地金融作用、融資作用。這種情況多存在於民營經濟較發達的東南沿海一帶，由於開辦企業或經商的資金不足，企業或個人以取得的土地使用權進行抵押融資。
（5）集體建設用地使用權出資或作價入股 指集體土地所有者以一定年限的集體建設用地使用權作價，以出資或入股方式投入企業，並按出資額或股份分紅，土地使用者取得集體建設用地使用權。這種流轉方式符合現行法律的規定。但由於企業經營的風險性較大，這種方式已逐漸為土地租賃的方式所取代。
（6）由鄉鎮企業兼並、破產等引起的流轉 指由於企業破產、倒閉等而由司法裁定發生的被迫流轉。法院判決流轉主要采取拍賣方式。
3.3.3 農村集體建設用地流轉中的問題及原因
1.集體建設用地流轉過程中的問題表現
在集體建設用地流轉過程中農民的權益問題在不同地區表現不同，在城中村和城鄉結合部，由於土地流轉量大、頻繁、獲得的收益很高，村民一般比較重視，村集體也形成了相關的流轉程序和規範。在遠離城市的農村集體建沒用地麵積較小，流轉獲得的收益並不是很高，村民重視程度低，其權益受損現象比較普遍，主要表現在兩方麵。
第一，農民的知情權得不到尊重。在集體建設用地使用權流轉過程中，村民往往缺乏表達自己意見的機會。村級組織在處理集體建設用地使用權流轉問題上大都是私下操作，舉行村民代表會議也是流於形式，多采取事後通知或補辦村民代表簽名的程式化手段。如某村一集體建設用地0.16公頃，20紀80年代由農地變為工業用地，建立塑料廠，1990年初承包給個人使用，截至2008年已出租該廠房和場地多次，每次出租既無土地使用合同或協議，也無租金明細和使用辦法。一般隻是承租者與村幹部私下協商即可，村民對此並不知情。調查發現大多數集體建設用地流轉沒有公告、通知或村民代表會議等程序。我們對村民進行該村工礦用地流轉調查，竟無一人知曉。在目前民主機製不夠健全，透明度不高的情況下，集體建設用地流轉過程中農民對土地流轉的知情權、參與權往往被村幹部所替代，集體建設用地流轉信息不透明，財務不公開。由於集體成員知情權得不到應有的尊重，集體建設用地流轉與使用既不能充分反映村民的意願，也就無法充分發揮村民的監督作用。