黎元洪在吳營中和起義的首領們會議，黎問：“現在督署雖攻下，可是瑞129、張彪未獲，你們何以善其後呢？”大家答：“請統領作主。”黎問：“你們恃何為援？錢糧有多少？”鄧炳三偽稱：“京山劉英已經組成了十萬軍隊，二三日後可以抵達武漢。”熊秉坤說：“錢糧方麵現存官錢局銅幣局銀幣局和藩庫的銀幣合共有三千萬，立刻可以取用。”黎又問：“倘瑞129、張彪增兵來攻，水陸並進，如何應付？我在海軍多年，知道海軍大炮的厲害，隻須十彈就可以粉碎本城，到那時候，你們打算退向何處？”鄧炳三答：“可以退湖南。”黎問：“退湖南又有什麼把握？”鄧答：“焦達峰已訂下月起事。”黎聞言默然甚久，然後歎了一口氣說：“我隻有這條命，給你們玩掉罷！”正談論間，劉靜濤自外氣喘而入，告訴大家說湖北谘議局議長湯化龍請黎統領和革命代表於中午12時到谘議局會商組織政府，大夥乃在11時半稍後擁黎徑赴谘議局，湯化龍和湖北士紳已在谘議局迎候。湯是湖北名流，進士出身，黎見這個非革命黨人也同情革命，意思才活動起來。當即決議組織軍政府，推黎元洪為鄂軍都督。黎則力辭，這時有人擬就都督安民布告請黎簽署，黎猶豫未決，其親信王安瀾亦拽衣勸黎勿就都督。這時守衛的測繪生李翊東、陳磊等憤欲舉槍，黎這才低歎了一口氣，徇眾議鈐印。黎是著名的穩健派，且相當有聲譽，他出而領導革命，對內穩定了湖北人心，對外刺激了一般非革命黨人，認為像黎元洪這樣的人都參加了革命，可見反清革命確是時代需要。
黎元洪雖然就任鄂軍都督，但他既不是革命黨，對革命事業也沒有信心，所以他臉上既無表情，又來個一問三不知，大家隻好叫他“黎菩薩”。他在都督府組成後即要求回家一行，後來竟由家中轉去他的混成協司令部，可是革命軍方麵對他護衛甚嚴，除派六名軍士保護其眷屬外，還有12名隨黎左右。八月二十一日黎返谘議局後，即以局內前樓東端房間為都督居住，黎入居後其親信王安瀾向革命同誌報告：“黎已兩日不進飲食，亦不與人說話，好像做新娘一樣”。革命同誌聞之大為不滿，認為黎如此反對革命，實在可惡。陳磊說：“我想黎是故意作狀，如革命失敗，他便可求清廷原諒；如革命成功，則坐享元勳地位。其實他如果真是忠於清室，十九日為何不死？”甘績熙說：“黎這態度我真看不來，還不如給他一槍了事”。於是陳、甘二人竟持手槍向黎房走去，大眾勸阻，甘說：“我不打死他，亦要他表示一個決心。”乃跑到黎處說：“黎宋卿先生，我們同誌流血不少才換得今日成績，舉你為都督，你這幾天的態度，太對不起我們同誌。我對你說，今日之事，不成你是拿破侖，事成你便是華盛頓。成敗對你都占便宜，你再不下決心，我就和你拚了”。黎元洪說：“你年輕人不要說激烈話，我在此兩日，並沒有對不起你們。”陳磊說：“黎都督沒有對不起我們，但是你的辮子尚未剪去，你身為都督該作一個模範，先去辮子以示決心，聽說你自到谘議局茶飯不進，今有一言奉告，現在是民國了，你盡忠民國便是開國元勳，若盡忠滿清，就該早點死節，二者必居其一，如今這麼裝模作樣，實在令人不解。今天做都督的人很多，不一定非你不可，望三思之。”黎仍慢吞吞笑道：“你們不要再如此激烈，我決心和你們走一條路，你們說要去辮子，我早就讚成，你們明天叫個理發匠來把我的辮子剃去好了。”
在都督府中，大家的辮子都已經剪除了，除黎而外尚有三條辮子，一條是胡瑛，一條是鄭江灝，一條是孫發緒。孫本來是皖撫朱家寶派到武漢的密探，被胡瑛捉到，傾談之下甚為賞識，乃帶至都督府，向黎介紹：“此人乃幕府才，請委為秘書。”孫就任秘書後，替黎寫了一封信給海軍提督薩鎮冰。薩是黎的老師，孫替黎寫的信有雲：“黨軍驅逐瑞督出城後，即率隊來洪營，當被索執，責以大義，吾師素知洪最謹厚，何敢倉促間出此……誰無肝膽，誰無熱誠，誰非黃帝子孫，豈甘作滿族奴隸而殘害同胞耶？”此信為大家激賞，黎乃對孫刮目相看。由於孫有文名。他的辮子遂得保留，可是後來鄂省選派參議員時，孫本在名單內，因不剪辮而剔出，後來以黎都督私人代表名義北上活動，一會做省長，一會又做縣長。鄭江灝不剪辮子是因為：“身體發膚，受之父母，不敢毀傷。”革命同誌們威脅說：“如要留辮子，就要砍下腦袋。”他的辮子也就隻好剪了。胡瑛則因為是革命老同誌，拖到最後才剪掉。
為了提高都督的威望，八月二十六日（10月17日）黎明，鄂軍都督在閱馬廳舉行祭告黃帝和誓師典禮，由同盟會元老譚人鳳授劍授旗。譚字石屏，湖南新化縣人，在同盟會內年齡最大，須發皆白，因此又被稱為“白譚”，他到湖北來是總理所派遣的。誓師典禮進行時，黎站在禮台上念了幾句演說詞，禮成。黎以安祥的步子走下禮台，騎了鄂軍中最大的一匹馬繞場一周，很像個樣子。隨後邀請各界在教育會會議，討論軍政府組織條例，由湯化龍和居正起草，宣稱是孫中山先生親自擬定的，因此條文還沒有念完，大家就一致舉手通過。根據這個條例，都督為一省最高文武長官，下設軍政、民政兩大部，軍政部設總司令由都督兼任，下設參謀部，部長楊開甲、副部長吳兆麟，軍令部部長杜錫鈞，軍務部部長孫武、副部長蔣翊武（未返武昌）、張振武、蔡紹忠。民政部長湯化龍，下轄政務司，司長湯化龍兼、副司長張知本，外交司司長胡瑛、副司長王正廷，財政司司長胡瑞麟。胡隻就職幾天，就被趕走。至於胡瑛是由牢獄中出來的，一腳跨進都督府後就自立為外交司長。當時人人想當部長，一方麵罵別人不是革命黨，另一方麵又罵別人無經驗無資格，由於有排擠和傾軋，很多參加軍政府的人心灰意懶，隻有胡瑛的外交部長最起勁，別人灰心他熱心，別人無法他有辦法，他一字洋文不懂，可是既是革命老同誌，又坐過監，所以別人碰不過他。