可是，段祺瑞於3月23日再次組閣不久，曹又忽然稱病，並向段祺瑞提出辭去兩湖宣撫使。他這樣做，非但不是真心實意，而且還包藏著禍心，是一個不祥之兆。那麼，他到底是犯了什麼“病”？葫蘆裏又賣的什麼藥呢？原來，這次對南方用兵，他出兵最多，除第三師外，還有王承斌、閻相文、蕭耀南三個混成旅，可以說拿出了全部“家當”。可是，段祺瑞重新上台之後，卻委任了自己的親信張敬堯為湖南督軍，攫奪了曹錕賣力搶來的地盤，為此，曹錕心懷不滿，這是他忽然稱病的原因之一。曹錕原想也像以前黎元洪兼湖北都督，馮國璋兼江蘇都督那樣，自己也當上副總統並兼任直隸督軍，可是，就在他督師南下並將捷報從前方頻傳給段祺端的時候，從後方傳來這樣的消息：段祺瑞為擴大自己的實力，擬調徐樹錚代替他為直隸督軍。曹錕認為，這是調虎離山，他心中更為不快，這是他忽然稱病的原因之二。於是，他開始消極怠工，並指使吳佩孚以作戰疲勞為借口，要求把前線軍隊調回直隸休息。這些軍隊都是在湖南作戰的主力，如果把它從前線撤下來，段祺瑞武力統一政策就前功盡棄了，因此，段祺瑞對他的“病”非常關心，急忙南下犒師，對其進行疏導，還停止了“調虎離山”。
表麵上看，曹錕的“病”霍然而愈了，然而，口頭的解釋不能消除心中的疙瘩，從此，他始終耿耿於懷，並做下了“病”根，時發時愈，果然，過不了幾天，他又“病”了。5月29日，他不請命就回到了天津，還與張懷芝及長江三督聯合起來表示厭戰，這樣，他搖身一變，又成了主和派的領袖。6月，“督軍團”在天津開會，準備向北京政府提出停戰撤兵的要求。可是，會議開起來之後，風向又變了，由主和變為主戰。這種變化的原因也並非高深莫測，還是他的個人得失所決定的。會議期間，徐樹錚信誓旦旦地向他表示堅守“副總統之約”，並說：“你不赴前方是可以的，但請仍主戰；你的軍隊不再打仗也是可以的，但請莫撤防。”於是，他覺得副總統到手有望，所以又主戰了。20日，北京政府特派他為四川、廣東、湖南、江西四省經略使，成為民國以來最大的地方官。因此，印鑄局專門為他鑄了一顆三斤多重的銀質獅紐大印，比當時的特任官的印還要大得多。段祺瑞想以這頂大帽子誘騙他重上前線。可是，他已經著了副總統的迷，其他一概不為所動，每天躲在花園裏飲酒看花，毫無南下之意。因此，7月在天津召開的督軍會議上，他仍舊就副總統問題同徐樹錚討價還價，徐樹錚主張：“先立功後送副座”，而他則堅持“先送副座後南征”，爭爭吵吵，毫無結果，不歡而散。然而，他們各自的意圖都暴露無遺了。
就在天津會議鼓吹繼續對南方用兵的時候，曹錕手下的戰將吳佩孚卻在湖南的衡陽前線與南方部隊頻頻接觸，進行罷兵息爭活動，雙方還暗中簽訂了停戰協定。8、9月間，吳佩孚發動了“電報戰”，堅決反對徐世昌為大總統，猛烈抨擊段祺瑞內閣及其武力統一政策是“亡國之策”，使段祺瑞陷入困境。曹錕對吳佩孚的行動多次予以斥責，也通電表明心跡，但這不過都是作表麵文章而已。這時，段祺瑞想來想去，覺得如果曹錕當上副總統，吳佩孚不至於如此，於是，段祺瑞決心采取綏靖政策，選曹錕為副總統，不再同他兜圈子了，也不考慮他出身的低賤和資曆的淺薄了。段祺瑞一麵派人到保定勸曹錕對吳佩孚嚴加約束，一麵親筆寫信給梁士詒、王揖唐，向安福國會推薦曹錕為副總統。段祺瑞信中說：“比者副總統選舉，請君應有一致之主張。祺瑞與安福諸君子本有一日之雅，敬舉所知，以備參考。曹經略使錕督戰湘中，功績昭著，維持大局，不為異說所撓，若當選為副總統，必能翊讚元首，尊重法律，裨益國家。區區一得，尚希鑒察及之。”曹錕看到當副總統的美夢真的要實現了，喜出望外，派他弟弟曹銳到京進行競選活動。
國會中的安福係議員們惟段祺瑞馬首是瞻，按其旨意規定了每張選票2000元，由北京政府預墊曹錕軍費150萬元移作選舉費中開銷。不料，在準備工作就緒後，節外又生枝，國會中發生了新變化。國會中的交通係、研究係議員是捧徐世昌的，聽從徐世昌的指揮而不受段祺瑞的調遣。除此之外，安福係的議員們看到副報上登載曹錕以10萬元的重金納劉喜奎作小老婆的消息後，覺得自己的身價才2000元太低了，同劉喜奎相比差得太懸殊了，因而大罵曹錕是個慳吝鬼，也決定不投他的票了。對此，曹錕並不退讓，反而振振有詞地說：“你們選我出來保你們的江山，叫我掏腰包是不應該的。選徐世昌的運動費在借款項下開支，選我的運動費在我的軍費項下開支，也是不合理的。況且我已彙過80萬了，沒有力量再拿出錢了。”