元明清時期，對昆蟲的研究有了進一步發展。
對昆蟲形態習性的深入了解
李時珍在《本草綱目》中對蟻、蠅的生活史有描述：“蟻，處處有之，有大小黑白黑赤數種。穴居卵生。其居有等，其行有隊，能知雨候。春出冬蟄，壅土成封…其卵名蚳…”；“蠅，處處有之，複出冬蟄，喜暖惡寒。…其足喜交，其蛆胎生。蛆入灰中蛻化為蠅”。對蟻、蠅的習性和生活史說得很清楚。但是李時珍說蠅蛆胎生是不正確的。蠅蛆實際上是由體外蠅卵孵化而成的，隻是蠅卵小不易為人察覺。李時珍和另一著名學者王夫之對持續長達千年之久的蜾蠃之爭，作了科學的結論，後者在《詩經稗疏》(1692)中說：“蜾蠃之負螟蛉，與蜜蜂采花釀蜜貯以食子同。物之初生，必須飼於母；胎生者乳，卵生者哺，細腰之屬則必貯物以使之自食，計日食盡而能飛，……蟲非能知文言六蘭者，人之聽之，仿佛相似耳。物理不審，而穿鑿立說，釋詩者之過。”
清·趙學敏在《本草綱目拾遺》(1756)中，對水黽、龍虱、蜜虎(燕尾天蛾)作了形象的描述。段玉裁在《論文解字》(1807年前)中記：“蛓，按今之刺毛蟲是也，食木葉，體有棱角，有毛而彩色，能螫人，…其老而成蛹，則外有殼如雀卵，《本草經》謂之雀甕，或出成蛾，放子如蠶子。”把刺蛾的生活史也說得很清楚。
家蠶研究的發展
元代建國初期，對農業生產的摧殘破壞是嚴重的。在農田荒蕪、農業凋敝、影響收入的嚴酷現實麵前，有些君主(如忽必列)為統治考慮，采納部分漢化知識分子(如耶律楚材)的建議，開始重視農業生產的恢複和發展。元世祖即位之初(1260)即在詔書中說：“國以民為本，民以衣食為本，衣食以農桑為本。”並“令各路監撫司曉通農事者無隨處勸農官。”次年，立勸農司，公元1271年成立司農司專掌農桑水利，並頒布勸農立社條規十五條，以期盡快恢複農業生產。在這種情況下，產生了許多有關農業生產的專著。其中著名的有元司農司編的《農桑輯要》(1273)、王禎寫的《農書》(1313)和魯明善(維吾爾人)著的《農桑衣食撮要》(1314)，繼唐代《四時纂要》、宋代《陳旉農書》之後，成為我國科技史上的三大重要農學著作。這三部書中都有關於栽桑、養蠶和養蜂的內容。《農桑輯要》卷三專記栽桑、卷四專記養蠶、卷七記養蜂，多引用前代和元初諸書(如已失佚的《務本新書》)。其中詳細地討論到營養和溫度對蠶發育和發蛾的影響，濕度對發病的影響，還提出了蠶苗、蠶蛾和蠶卵的選種法，提出了可用萵苣作為桑葉的代用品養蠶。王禎《農書》在第一至第二卷農桑通訣中記載種桑、養蠶和養蜂。其中第一次記載有蠶的齡期依地區而有不同：“北蠶多是三眠，南蠶俱是四眠。”還記有蠶在各個齡期中的體色變化：“蠶初生黑色，漸漸加食，三日後漸白，…純黃停食，謂之正眠，眠起自黃至白，自白而青，自青複白，自白而黃，又一眠也。”還記有用“頻飼”以調整齡期的方法和蠶病起因是由於桑葉帶露，還記有用蠶母(養蠶人)著單衣感知冷熱來調節溫度的辦法。《農桑衣食撮要》采取月令的形式，在三月和十二月記養蠶，其中在涼暖總論中記敘了“自蟻初生，將次兩眠，蠶屋正在溫暖。…至大眠後，天氣炎熱，卻要屋內清涼”的調節室溫原則。在飼蠶總論中提出了飼養與產量的關係：“蠶必晝夜飼，若頓數多者，蠶必蚤(早)老，少者遲老。二十五日老，一箔可得絲二十五兩，二十八日老，得絲二十兩，若月餘或四十日老，止得絲十餘兩。”還記有在十二月和一月浴蠶的處理方法。
明代在製備夏蠶種的生產中，發現了家蠶的雜種優勢。宋應星在《天工開物》(1644)中說：寒家將早雄配晚雌(就是一代性雄蠶與二代性雌蠶雜交)，結果產生了“嘉種”。這是世界上最早的關於家蠶雜交優勢利用的記錄。明代除鄺璠《便民圖纂》(1502)、徐光啟《農政全書》有關於桑蠶記載外，還有養蠶的專著如金瑤的《蠶訓》(嘉靖年間)、黃省曾的《養蠶經》(1506)、許明達的《蠶譜》(萬曆年間)、沈如封《吳中蠶法》(萬曆年間)等多部著作。清代由於對外貿易的擴大，蠶絲出口急劇增加。我國產蠶區相應擴展，桑田種植麵積擴大，密植和速成栽植法的采用，蠶桑生產技術也有很大提高，對蠶的生物學知識也更豐富。反映在清政府大力提倡栽桑養蠶，還禦製的精美的耕織圖和《授時通考》；養蠶的專著大批湧現，不下50餘種。如薄鬆齡《農蠶經》(1705)、李拔《蠶桑說》(1751)、陳克任《蠶桑誌》(1738年後)、王紫緒《蠶說》(1757年後)、楊艸《蠶證摘要》(1756)、韓夢周《東省養蠶法》(1757年後)、陳斌《蠶桑雜記》(1796年後)李聿術《桑誌》(1796年前後)、周春溶《蠶桑寶要》(1818)、黃思彤《蠶桑錄要》(1826年後)、楊名飆《蠶桑簡編》(1829)、高其垣《試行蠶桑說》(約1820)、高銓《蠶桑輯要》(1845)、陸獻《山左蠶桑考》(1835)、程岱弇《西吳蠶略》(1845)、鄒祖堂《蠶桑事宜》(1846)、沈練《蠶桑說》(廣蠶桑說》和《廣蠶桑說輯補》(1875)等等，幾乎每年都有專書刊行，形式多樣，洋洋大觀，對桑樹的栽培、接條整枝、管理，蠶的選種飼養等都有論及。