明清魚類專書中，以明黃省曾(字勳之)的《種魚經》較早(約1582)，其中對《陶朱公養魚經》的魚池設計作了進一步補充和改進：在魚池中作島，環島植樹，頗有人工生態係統意味。書中分列18種淡水魚類(如鱘鰉、鰳魚、石首、銀魚、鯽魚等)加以記述。稍後，有明楊慎(升庵)撰、胡世安補的《異魚圖讚》、《異魚圖讚補》和《異魚圖讚閏集》，特點是以韻文形式寫作，語言十分簡練。例如記“八魚異性色”僅用了16個字：“偃、鯉俯、鱧圓、魴方、青、鮮赤、鰻白、鰭黃。”頗能抓住主要特征。記“烏鰂”：“魚有烏賊，狀如算囊，骨間有髻，兩帶極長，含水噀墨，欲蓋反章。”既記形態，又記生理，還對烏賊吐墨行為作了描述。全書記魚類110餘種，其他水生動物(龜、鱉、蚶和哺乳動物鯨、海牛等)近30種，對鯨的自殺行為亦有記載：“東海大魚，鯨鯢之屬，大列如山，其如屋，時死岸上，身長丈六，膏流九頃，骨亥棟不。……”《補》和《閏》集引用典故較多，種類也有所補充。顧起元(1573～1619)寫有《魚品》，所記都是江東地區水產數十種，文字簡明。另外福建發現乾隆八年(1743)抄本《官井洋討魚秘訣》，記錄了當地漁民的捕魚經驗，對官井洋的暗礁位置和魚群早晚隨潮汐進退方向以及尋找魚群的方法都有詳細記錄，很有實用價值。還有清·陳鑒寫有《江南魚鮮品》記鯉、鱗、鱸、鱖、鱧、鮪等淡水魚類18種，均有形態描述，但側重食用價值。另外《漁書》和《魚譜》兩書，雖有著錄，但都已佚失。
綜上可見，我國古代魚書(包括所有水生動物)，明清數目較多，記述較詳，有不少發現，其中不少種名為現代所沿用，分類方法亦有所進步，有些關於魚類生理習性的記載頗有價值。一些淡水魚類飼養和海洋魚類捕撈的生物學原理和方法，值得我們做進一步研究、繼承和發揚。我國海域寬廣、河湖眾多，水生動物產量和飼養量均位世界前列，尤其是魚文化源遠流長，在世界文化史上呈奇光異彩，應特別珍視促其發展。