明末清初，隨著中外交流的增多，一些重要的糧食作物和經濟作物開始傳入我國。在這之後植物的種類也在增《植物名實
圖考》中的甘薯圖多。整個明清時期傳入的重要糧食作物主要有甘薯、玉米、馬鈴薯；蔬菜作物有西紅柿、辣椒、菊芋、甘藍、花椰菜等；經濟作物有煙草、花生、向日葵等；花卉有大麗花等。其中甘薯、玉米、煙草的引入，對我國人民的生產和生活影響很大。
明清時期是我國人口增殖較快而又災荒頻繁的時代。以朱為代表的一些學者曾在有明一代寫下不少植物專著幫助救荒。但是煮食野菜的方法隻是杯水車薪，對於大規模的饑荒而言，其作用畢竟非常有限，而且這類植物從味道、營養和毒性等方麵考慮，局限性也很大。顯然，尋找新的適應性廣、抗逆性強、產量高的糧食作物是擺在當時社會麵前的重要問題。
明朝萬曆年間，福建華僑陳振龍從呂宋(今菲律賓)帶回幾尺甘薯藤到福建，試種成功，1594年，福建鬧饑荒，陳振龍之子陳經綸向當時的地方官金學曾推薦這種適當性很強，不與稻麥爭地，耐旱，耐瘠薄的高產糧食作物。金聽取了陳的建議，頒發了“海外新傳七則”,宣傳甘薯好種、易活、高產的優點，並傳授種植方法。在金的鼓動下，各縣如法推廣。種甘薯的地方，災害威脅都大為減輕。後來，這種作物漸漸地在各省擴展。特別值得指出的是，明代著名學者、農學家徐光啟為甘薯在全國推廣不遺餘力的工作。他把甘薯的優點歸納為“十三勝”，自己親自動手進行引種試驗，努力研究解決薯種的收藏越冬問題。他先用木桶蒔藤運到北方，然後又提出利用窖藏的方法，解決薯種在北方的越冬問題。經過各地農民的辛勤實踐，終於較好地解決了北方第二代薯種的問題。甘薯《本草綱
目》中的玉蜀黍圖很快在大江南北廣泛種植，成為我國重要的糧食作物。徐光啟還總結編寫了《甘薯疏》一書，對甘薯的宣傳推廣、生物學特性的認識和種植技術改進提高起子良好作用。
玉米的傳入也在明末時期。明代嘉靖年間田藝衡的《留青日劄》中將玉米稱為禦麥。書中寫道：“禦麥出西蕃，舊名蕃麥，以其曾經進禦，故名禦麥。”李時珍的《本草綱目》也記載有玉米，並附有一幅不太準確，但大體反映出玉米特征的寫生圖。徐光啟的《農政全書》也有記述。一般認為玉米傳入我國的途徑有三條：一條是東南亞經閩廣傳入內地；一條是從印度、緬甸入雲南；一條是經波斯、中亞到甘肅的西北路線。在18世紀中葉和19世紀初，玉米已在我國大規模推廣，這與玉米適應性廣，耐瘠薄，產量有保障，適於在當時許多新開墾的山地上推廣有關。另外，育種可能也有重要突破。上述原因使玉米成為我國僅次於稻麥的重要糧食作物。
煙草也是明末傳入我國的。據《景嶽全書》記載，煙草在明萬曆年間傳到東南沿海的福建、廣東，隨後江南各省都有載種。煙草在引入我國後，由於其本身具有可用為嗜好品的特點，很快就在全國各地推廣。清代一些醫藥書籍渲染它有驅寒辟瘴的作用，對種煙、吸煙的發展起了推波助瀾的作用。隨著吸者日眾，商品化的程度也日益提高。在煙草的引進和發展過程中，人們對其利害關係就聚訟紛紜，不一而足。從明崇禎年間就開始有煙草的禁令，但由於各種原因，一直禁而不止。時至今日，還大有發展之勢。一方麵，煙草給人類的身體健康造成巨大危害；另一方麵，它又確有點祛寒去濕的作用。在生物學中，它是遺傳學的良好的實驗材料。