《植物名實圖考》是吳其濬根據自己的收集、觀察，並參考曆史文獻寫成的。全書記載植物《植物名實圖考》書影1714種，每種植物都配有插圖。其分類編排主要依《本草綱目》的方式分為穀類52種；蔬類176種；山草類201種；隰草類284種；石草類98種；水草類37種；蔓草類235種；毒草類44種；芳草類71種；群芳類142種；果類102種；木類272種。其中群芳為《本草綱目》分類所無，可能得自《本草綱目拾遺》的啟發。這部著作的最大特點是它的純學術性，開始擺脫單純為實用而編寫的窠臼。
《植物名實圖考》全麵地記載了每種植物的文獻淵源，以及它們的別名、產地、形狀、習性、用途等，受《救荒本草》的影響，該書一般不注重傳統本草書所注意的生長時令、采收季節。對於前人的描述不確或有錯誤的地方，作者就加以糾正。一些植物作者未能找出更好的資料加以論證的，就采用前人較好的圖文。因而可以說《植物名實圖考》是對古代植物學的空前總結和發展。
吳其濬的著作受蘇頌的《圖經本草》、朱的《救荒本草》的影響和啟示非常明顯。他們編書旨趣的共同之點，都是突出圖鑒的作用，以幫助人們更好地認識和利用植物資源。隻不過《圖經本草》是一般的本草圖譜，它除植物外，還有動物、礦物等；《救荒本草》是偏重野生可食植物的圖譜，是某一類資源的圖譜，可視為應用植物學圖譜；而《植物名實圖考》是眼界更為開闊的普通植物學圖譜。它們都是古代植物學發展史上的重要著作。顯示著本草學經過長期的發展後向應用植物學和植物學發展的過程。
《植物名實圖考》中的款冬花圖《植物名實圖考》中的赤地利圖
《植物名實圖考》是我國古典植物學發展的高峰。其插圖除部分是取自《救荒本草》外，基本上都是根據實物繪的，一般都比較準確可據，曾得到國內外學者的高度讚揚。俄國植物學家貝勒(E．Bretschneider)在其《中國植物學文獻評論》一書中，對吳其濬的著作有較高的評價。說書中的插圖非常精審，其精確者往往可藉以鑒定科目，強調歐美研究中國植物的學者應該閱讀這部著作。1919年，商務印書館鉛排這部著作時，西歐學者競相購買此書。日本在明治年間也曾刊印過這部著作。日本近代植物學家在編寫《日本植物圖鑒》時，也參考過這本書。直到今日，《植物名實圖考》仍是我國植物學者重要參考書。