繼《神農本草經》之後，這一時期較重要的本草著作還有《吳普本草》、《名醫別錄》和《本草經集注》等。《吳普本草》是著名醫學家華佗的學生吳普撰寫的藥物著作也是繼《神農本草經》之後一部流傳較廣的本草著作。大約在宋代亡佚，主要內容散見於《本草經集注》、《證類本草》等著作中，農書如《齊民要術》也見引用。類書如《太平禦覽》也多有摘錄。從現在能看到的材料，主要是記述藥物性質，但也有些描述涉及到藥用植物的別名、產地、形態和生態等。
《名醫別錄》約成書於漢末，是《神農本草經》成書後，一些醫學名家在《神農本草經》一書基礎上補記藥物功用、新添藥物種類而成。它反映了人們對藥物認識的增進。《名醫別錄》對藥物的記述包括正名、別名、性味、有毒、無毒、主治、產地、采收時節等等。值得注意的是，本書還開始有一些藥用植物的形態描述。如記石脾：有“黑如大豆，有赤紋，色微黃而輕薄”；記木甘草：“大葉如蛇狀，四四相值，拆枝種之便生”等記述。對植物葉的著生方式和營養繁殖情況作了初步的描述。《名醫別錄》對植物藥的鑒別亦有些簡單的記載。如鉤吻，書中寫道：“折之青煙出者名固活”；石龍：“九節多味者良”。本書一般都指明藥物的出產地，如“蕙實，生魯山”；“千歲，生太山”等。記載的藥用動植物的別名也比《本草經》多。如貝母，《本草經》隻記有一個別名，而《別錄》則記有五個別名；沙參，《本草經》隻記一個別名，《別錄》有六個別名。這些在古代生物學發展史上具有重要意義。
《名醫別錄》之後的重要本草著作是南朝陶弘景的《本草經集注》。陶弘景編撰這部著作是有感於當時流傳的本草書錯誤較多，內容不全麵，體例也不夠完善。他著手整理了《神農本草經》中的365種藥物，又從《名醫別錄》中采用了的365種藥物添上，編成這部三卷收載藥物730種的著作。
這部著作，總結了魏晉以來本草學的發展成就，補充了許多新的內容。對藥物的產地、藥用部分的形態、鑒別方法、性味、采摘時間和方法等都有更詳細和確切的記述和觀察。從現存的資料看，該書對藥用植物的形態鑒別很重視，尤其是對果實的鑒別。如書中寫道：“術有兩種，白術葉大有毛而作椏，根甜而少膏，可作丸散用；赤術(蒼術)葉細無椏，根小，苦而多膏，可作煎用。”又如桑寄生，陶弘景指出：它“生樹枝間，寄根在皮節之內。葉圓青赤厚澤。易折，傍自生枝節，冬夏生，四月花白，五月實赤，大如小豆。今處處皆有之，以出彭城為勝”。這裏對桑寄生的形態、花期、習性、性味，都作了描述。雖然，他對各種動、植物的描述也存在有許多不確切之處，但在本草係統中，《神農本草經集注》是比較注重藥用動、植物形態，並用之於生藥鑒別的。這在植物學知識的積累和傳播方麵都很有價值。
《本草經集注》突破了《神農本草經》上、中、下三品分類法，參考了《爾雅》的動植物分類模式，先將藥物分成玉、石、草木、蟲獸、果、菜、米食、有名未用等八類，然後在每類中再分為上、中、下三品。這種分類一直為唐、宋的大型本草著作沿用。
《本草經集注》大約在宋初就已散失，現在僅存有敦煌石室藏本的序錄殘本。由於我國曆代本草具有擴編、補遺、整理等編寫特點，所以《本草經集注》的大部分內容，還是被後世本草著作如宋代的《證類本草》等所吸收和保存下來。