南水北調東線工程的運營管理活動不僅包括調水生產活動（如用水戶需求分析，可供水量預測計算，調水生產過程實時監管，水量、水質優化調度，生產成本控製等），還包括經營管理活動（如建立企業戰略規劃，製定市場營銷策略，調水合同談判，企業內部資本、財務和人力資源管理，企業效益綜合評價等）。運營過程中還將受到國家產業政策變動、大氣環境變化、區域城鎮化和工業化發展等多種易變且不可控因素影響，造成運營管理流程十分複雜。因此，探索新的運營方式是十分重要的。
第一節 東線工程運營機製
南水北調東線工程的總體運行機製是“國家控股，授權運營，統一調度，公司運作”。當前東線工程運營還屬於探索階段，把握東線運營思路，探索東線運營方式對中線、西線的工程運作具有重要意義。南水北調東線工程的準公益性決定了對其運營必須采取雙重運行機製，充分發揮市場和政府共同配置資源的作用。
一、南水北調工程的市場化運營
市場配置資源的有效之處在於通過市場無數隻“看不見的手”來實現資源的合理分配，生產者根據產品邊際收益等於邊際成本的基本原則決定私人產品的供給數量，消費者根據自身偏好和消費者剩餘最大化來決定消費數量，通過產品市場價格的變動以及價格機製傳導信息的作用，從而達到產品供給與消費的均衡。
二、南水北調工程運營中的政府宏觀調控
調水工程的公益類項目產品的消費不具有消費排他性和收益獨享性，存在消費的“搭便車”行為，在市場上很難找到資源的最有效配置途徑，相反還會出現“格雷欣法則”即“劣幣驅逐良幣”的現象，無法通過市場供求關係來影響價格（或收費標準），不能通過市場自動調節達到資源配置的帕累托最優，消費者對公共品具有過度需求，市場“失靈”，因此供給和消費都需要政府的介入和調節，通過行政或計劃的手段實現公共品的生產和配置，實現社會效益的最大化。
隨著市場經濟的不斷發展和完善、水資源有效供給矛盾的愈發突出以及政府對南水北調工程的管理力度的不斷加大，站在公共利益和公共服務的高度，成立類似管理委員會的協調機構，統籌各方利益，明確管理原則，將會更有效地保證南水北調工程預期效益的實現和服務經濟社會發展及民眾生產生活的需求。
第二節 江蘇段供水運營機製
南水北調東線江蘇段工程對現有工程係統進行優化配置並向北延伸。新建工程、現有江水北調工程共同組成的南水北調東線一期江蘇段工程，若要實現南水北調一期工程供水目標，必須統籌考慮江蘇省內、省外供水的需要，建立有效地運營機製。
一、省際供水運營機製
（一）實行合同供水
江蘇水源公司與山東幹線公司作為買賣雙方簽訂供水合同，實行合同供水、計量供水。淮委會組建的省界（際）供水管理機構作為供水合同第三方，負責計量工作。供水合同的內容包括水量、供水過程、交水斷麵和方式、計量方法、兩部製水價、水費收繳辦法、違約責任等，明確雙方的權利、責任、義務。工程通水後水價按照國務院價格主管部門與有關部門會商後製定的價格執行。
基本水費按山東承諾的調水量13億立方米確定，計量水費按照當年需求計劃和實際供水量確定。
每年9月份簽訂下一年度供水合同。
計劃外供水應及時簽訂補充供水合同，明確水價和水費，補充供水作為定額外用水，水價實行累進加價，在補充供水合同中明確。
（二）交水計量
江蘇向山東供水在藺家壩站和駱馬湖水資源控製閘實現省際交水，交水水量按照合同供水水量以及南四湖江蘇需用水水量確定。
藺家壩站、駱馬湖水資源控製閘設立水量計量及監測設施，對調入南四湖的水進行計量。
為保證交水的科學性及合理性，對下述輸水線路進行整體計量和控製：韓莊運河（台兒莊站—韓莊站）+不牢河（藺家壩站）→下級湖（經二級壩站）→上級湖→長溝站。同時確保南四湖分水協議以及南水北調水權交易協議的有效執行。
（三）水費收取
基本水費按照供水合同約定由山東幹線公司按季直接付給江蘇水源公司。計量水費則按省界（際）工程管理局的實際計量，由山東幹線公司按月支付給江蘇水源公司。
二、省內供水運營機製
（一）省內實行合同供水
為結合省內各用水對象的特點，農業、工業、生活供水實行合同供水、計量供水，航運供水實行總額包幹。
根據南水北調規劃采用的定額和供水量，省與各市供水單位簽訂供水合同。
（二）供水計量
現階段江蘇省蘇北地區供用水水量主要采用的是市界斷麵監測進行計量。蘇北地區共設置了34處市際用水計量斷麵，由江蘇省水文局按日對上述站點流量進行監測，並利用相應的計算軟件對監測數據進行計算分析，得出各市用水量。
南水北調東線工程運行後，現有計量設施不能完全覆蓋南水北調受水區供用水情況，各地的實用水量不能得到真正反映，必須構建完善的監測、計量體係。
建立健全供水計量設施是實現節水灌溉的最基本條件，也是實行計量收費和超額累進加價的基礎。隻有實行計量收費，才能體現收費的公平和公正，大大減少供用水雙方在水費數量上的爭議和矛盾。
江蘇省內南水北調幹線供水實行計量供水，幹線各口門全部安裝計量設施。市縣供水單位及非農業取水單位按計量支付計量水費。
三、水費征收機製
水費是維持南水北調東線工程和相關供水工程運行管理的主要經費來源，主要用於南水北調東線工程和相關供水工程的管理運行費、工程設施的維修養護、大修理和更新改造等。因此，建立水費征收機製是保證水費足額及時到位的必要措施。
（一）明確水費計收主體，按照供用水合同收費
合理的水價製定是南水北調東線工程良性運行的關鍵，而水費的足額按時征收則是工程良性運行的根本。南水北調東線江蘇段調水工程產權劃分複雜，既有原來的江水北調工程，又有新建的泵站工程，因此為避免管理混亂，需要明確水費的計收主體，政府對農業水價的補貼也相應地撥至計收主體單位。南水北調工程實行兩部製水價，即基本水價與計量水價，水價的征收應根據合同約定收取，即在合同中就明確用水戶水費的收取方式，這樣可以實現高效、快捷的征收目的。
（二）水費計收采用公示製
水價公示是接受用水戶和社會監督的一種必不可少的製度，是約束搭車收費、價外加價和實行公平、公正計收水費的必要手段。隻有實行水價公示，才有可能不侵害用水戶的權益。水價公示的內容主要包括：政府批準的各個環節的供水水價、各用水戶的用水量以及各用水戶的應交水費和實交水費。
（三）規範水費使用管理
（1）水費的使用和管理按國務院財政主管部門和水行政主管部門有關財務會計製度執行。
（2）建立健全內部水費使用製度。供水單位按照財務規定提取折舊和修理費，專項用於供水工程的更新、改造和維修。同時加強管理，嚴格控製人員經費和不合理的成本開支，降低供水成本。
（3）加強內部和外部監督，確保收取的水費合理合法使用。
第三節 探索建立農業供水補償機製
江蘇既是南水北調東線工程的水源地，又是受水區之一，農業用水占受水區用水的比例接近70%，是第一用水大戶。南水北調東線一期受水區處於蘇北經濟欠發達地區，農民收入水平不高，即使按照供水成本製定農業水價，農民也無法承受。受水區農業供水量大，農業水價不能到位，將直接影響南水北調一期工程的良性運行，並最終導致供水目標無法順利實現。因此，合理製定農業供水價格及農業供水成本補償政策，不僅是南水北調東線工程良性運行的重要保證，也是促進該地區經濟可持續發展的重要保障。
一、補償依據
（1）南水北調東線一期工程輸水線路長，建設投資大，運行管理費高，按照“補償成本，合理收益”的原則製定農業水價，江蘇受水區農業供水到戶平均成本遠遠高於江蘇省現狀供水成本，更是遠高於現狀農業供水價格。如不采取有效措施，對蘇北地區來說，未來的供水、用水、管水收費等問題都將引發新的矛盾。