（2）由於工農業剪刀差的存在，農民收入很低；農民是經濟利益集團中的弱勢群體，對農業灌溉實行低於成本的政策性水價，仍是我國今後相當長一段時間內必須堅持的政策，這不僅由水市場本身的特性所決定，也是由水利工程供水實行以市場供求為基礎的政府管製價格的水價機製所決定的。農業灌溉用水實行低於供水成本的政策性水價，供水生產經營單位就必然造成政策性虧損，這種政策性虧損是由政府的產業政策及宏觀經濟政策造成的，與供水生產經營單位的經營管理水平無關，也是供水生產經營單位本身無法抗拒的，這種虧損理應由財政全額補貼。否則，勢必造成生產經營單位售水越多，虧損越大的不合理現象，對水利供水業的發展造成嚴重障礙。另一方麵，工業和生活用水增長迅速，時常擠占農業用水，農業用水往往不能達到供水保證率的要求。
（3）農業水價的實施主體是供水單位和農民，供水單位若不能按成本計價，則會造成虧損的局麵，難以維持正常運營；農民若按成本交費，則負擔不起，也不利於我國農產品在加入WTO的形勢下進入國際市場競爭，也不利於我國的糧食安全。從全球範圍看，世界各國對農業都實行支持和保護，多數國家對灌溉用水進行了高額補貼。
二、補償原則
（一）補償成本，合理收益，受益者負擔
對於南水北調東線一期工程中公益性部分，由各級政府納入財政預算，明確由財政定期劃撥給供水公司，以保證水利工程的正常運營；對供水公司所管理的經營性資產，在水價不到位，水利供水存在政策性虧損階段，在加強成本核算、努力提高供水管理水平的前提下，對政策性虧損部分由財政給以足額補貼。真正實現經營性水利資產通過市場化運作得到合理補償，公益性資產由政府給予足額補貼。
（二）政府補償與市場機製相結合，財政負擔和社會補償相統一
根據公共財政理論，農業灌溉供水工程作為公益性資產，其耗費補償必須以財政補償為主。西方經濟發達國家在農業供水工程資產耗費補償中堅持政府財政負擔為主的成功經驗，也為我國農業供水工程成本補償提供了實踐借鑒。但是，我國當前經濟尚不發達，各級財政財力有限，由財政完全包攬農業供水成本的補償是不現實的，還必須在現有法律法規條件下廣開資金籌集渠道，彌補財政補償資金的不足。
三、補償對象
水是一種稀缺性資源。在市場環境條件下，如果確定了市場由供給方（相關水管單位）和需求方（進行農業生產的農戶）來構成，那麼在農業用水有償使用的前提下，水價改革的影響主體主要是農戶和水管單位，直接影響到兩者的利益和收入，故農業供水成本補償的對象隻能是農戶和水管單位。
農業供水補償到供水單位的方式，從江水北調長期實踐情況看，簡單易行，效果也比較好，適合蘇北地區農業生產的特點。補償資金直接用於供水工程的維護、更新、改造，以彌補由於水價不到位而造成的資金缺口，保證供水工程良性運行。另外，按WTO有關協議明確規定，對於農業資金支出隻能用於農業基礎設施工程項目的建設，不得用於對農業生產者提供直接的補貼，也就是說不能把錢直接補給農民。所以針對農業和農村經濟發展的階段性特點，通過對供水單位實行補貼的辦法是解決供水成本不能足額到位的一條可行之路。
考慮以上因素，南水北調東線工程江蘇受水區農業供水幹線成本省財政補償的對象以省屬管理單位為主，對於一些計量條件較好的灌區，也可以直接補償到灌區管理單位；市縣財政補償的對象以灌區管理單位為宜，同時，補償額度要與用水總量控製、定額管理相結合，要體現激勵節約用水的政策，以促進節約用水，提高用水效率。計量水費可以補償到農戶。
四、補償渠道
隨著社會主義市場經濟體製的建立和水利改革不斷深化，應建立政府與市場相結合、財政無償投入與有償使用相結合的水利工程供水補償機製。補償的渠道主要有以下幾個方麵：
（一）優惠電價
經過改革開放以來大規模的電力建設，江蘇的供用電水平有了根本性的改變。2006年江蘇全社會用電量達2570億千瓦·時，是1985年用電量的10倍。現狀江水北調工程年均用電量3.5億千瓦·時，為2006年全社會用電量的1.36‰。為扶持農業，江蘇對江水北調工程實行了由省級財政負責工程建設、運行、維修和改造費用的政策。同時，國家和江蘇一直對江水北調用電實行優惠電價。1999年江蘇全省實行統一銷售分類電價，貧困縣排灌電價為0.269元/千瓦·時，2006年7月調整為0.288元/千瓦·時，約為非農工業電價的40%以及農業生產電價的69%。盡管江水北調的運行費用是由省財政支付的，但由於實行優惠電價，大大減輕了省財政的直接負擔。如果過度依靠省財政這一個優惠渠道，則將可能使財政不堪重負，勢必影響工程的正常運行。電力通過優惠電價給予了持久、大強度的支持，成為該工程效益發揮的基礎性條件。
南水北調東線一期工程利用江蘇省現有江水北調工程6個梯級上的13座泵站（包括4座加固改造泵站）和新建13個梯級上的21座泵站，總裝機容量36.62萬千瓦，多年平均用電量9.33億千瓦·時，多年平均裝機容量利用小時達到3700～5000小時，有條件多用低穀電，少用或不用高峰電。江蘇受水區主要供水對象是農業和蘇北地區，一方麵，農業是弱質行業，解決“三農”問題是我國長期麵臨的艱巨任務，政府需要從提供廉價的灌溉水源等方麵，為農業發展提供服務；另一方麵，蘇北地區麵積和人口均占全省的2/3，而經濟總量隻占1/3，大部分屬於貧困縣，要加快蘇北發展，縮小南北差距，提供水資源保障是基礎。因此，南水北調東線一期工程江蘇受水區仍可享受優惠電價。
（二）財政扶持
主要是通過國家或地方財政補償。公共財政是與市場經濟相適應的一種財政模式，是彌補市場失靈的財政。對農業供水成本的補償應以公共財政理論為基礎，加大政府財政投入的力度。財政補償方式就是通過政府宏觀調控方式對利益受損地區進行利益補償，主要補償形式有：
（1）財政轉移支付形式的補償。這種補償主要是財政補償。為支持蘇北農村稅費改革順利推進，針對農村稅費改革後鄉村兩級財力缺口較大的問題，中央和省級財政決定每年向蘇北轉移支付7億元。這種方法同樣適應於經濟欠發達且利益受損地區的水資源利益補償。
（2）工程補償。補償供水工程的維護、更新、改造、新建和擴建，彌補低水價帶來的工程消耗。
（3）水費總額補償。這種方式的利益補償主要是指政府有關部門在綜合考慮地區利益受損的程度及經濟發展的實際，對地區上繳的水費進行減免，並規定減免部分的水費專項用於水源工程（包括灌區）的管理和建設。
（三）南水北調基金
自2006年1月1日起執行的《江蘇省南水北調工程基金籌集和使用管理實施辦法的通知》明確指出，江蘇省南水北調工程基金屬政府性基金，全省直接從江河、湖泊或地下取用水資源的單位和個人，均須繳納南水北調工程基金，對農村中的農民生活用水和農業生產用水暫不征收。南水北調工程基金在現行地表水水資源費征收標準上提高0.07元/立方米籌集，即全省地表水水資源費征收標準由0.13元/立方米調增到0.2元/立方米；地下水水資源費征收標準相應調增0.07元/立方米，財政在征收期內每年安排1億元。新調增的水資源費由省級按定額集中，專項籌集南水北調工程基金。全省每年上繳基金額度為3.446億元。
根據國務院辦公廳《南水北調工程基金籌集和使用管理辦法》（國辦發[2004]86號）規定，“南水北調工程主體工程建設所需基金在工程建設期內籌集，償還部分銀行貸款本息所需基金在工程建設期滿後籌集。工程建設期滿後的基金征收期限和償還部分貸款本息所需基金規模，由國務院南水北調辦公室會同6省市人民政府在主體工程建成時提出意見，經國家發展和改革委員會、財政部、水利部審核後報國務院確定”。按照以上規定，如還貸期基金征收標準和征收額不變，除用於調水工程還貸後，還可以用於輸水幹線工程農業供水成本補償。