六、管理體製與管理辦法
南水北調東線工程投入運行後，它的管理包括多方麵的內容，需要對管理體製和管理辦法進行探討。基本思路是：把南水北調東線工程作為一項基礎產業，研究合理可行的管理體製和相應的管理辦法，使其能夠保證工程的正常運行和規劃目標的充分實現，並在此前提下，促進南水北調東線工程在未來運行中逐步實現投入與產出的良性循環，使工程在中央政府的適當支持下，逐步具備自我維持和自我發展的能力。實現這一管理目標是艱難和需要相當長時期的，但可以分階段達到。在工程運行的初期階段，管理體製的任務是建立一種既有行政權威又能發揮經濟杠杆和法規製約作用的機製，使其能協調東線工程供水範圍內各地區和部門在投入和受益方麵的矛盾，保證第一期工程供水目標的實現。
第三節 江蘇境內工程管理體製探索
根據《南水北調工程總體規劃》確定的南水北調工程管理體製與機製的總體原則和江蘇省的具體特點，按照計劃用水、合同用水、計量用水、計費用水的原則，參照已有水利工程管理體製，探索南水北調東線江蘇境內工程管理模式，充分發揮工程效益，保證工程的良性運行，並最終實現水資源的優化配置，具有十分重要的理論和現實意義。
一、聯合運行，才能實現供水目標
南水北調東線新建工程是對現有工程係統的優化配置、向北延伸。新建工程擴大了抽引江水和逐級翻水規模，各梯級規模更加匹配；在用足京杭大運河輸水能力的同時，新建運西線實現雙線供水，提高了供水保證率；在現有監控調度係統基礎上，增添了現代化調度運行設施。現有工程是東線工程規劃的基礎，幾十年調水的成功實踐解決了跨流域、遠距離調水諸多重大問題，東線一期工程在已初具規模的現有工程基礎上建設，使投資效益更高。因此，新建工程、現有江水北調工程共同組成南水北調東線一期江蘇段工程，實現南水北調一期工程供水目標，統籌考慮了省內、省外供水，新建工程和現有工程必須聯合運行。
二、統一調度，才能提高工程效益
新建工程是對梯級不匹配的現有係統的更新改造和擴容，無法單獨運行。係統同時具備多功能，在服從防洪安全前提下，統一調度，才能充分利用洪水資源，降低運行成本，減少抽引江水量，減少電能消耗；統一調度，才能實現多水源互調互濟，統籌當地水與外來水、地表水與地下水、清水與汙水；南水北調東線江蘇段工程，既有省內供水又有省外供水，省內既有農業供水又有非農業供水，多目標供水要求統一調度。此外，江蘇省境內工程雙線輸水、河湖串並聯、各梯級組成泵站群，考慮峰穀電價、效率對成本的影響，必須統一調度，才能實現優化、經濟運行。
三、分級管理，明確省與地方職責
省級負責省內外供水管理，負責幹線泵站等建築物工程運行管理，負責幹線重要分水口門的管理以及非直接管理幹線口門的計量、監測；市縣負責幹線口門以下到用戶的供水工程管理；現有河道、堤防維持現狀，新建河道采用委托方式，實行屬地管理；地方要按照要求，結合地方實際研究管理機構組建，有利於與省銜接。
四、明晰資產，實現供水資產“準市場”運作
按照政企分開、政事分開的經濟體製改革要求，為了實現南水北調工程的良性運行和自我循環，必須按照保本、還貸、微利的要求建立水價、水費等新的運行機製，而新機製建立和運作的基礎和依據首先必須明晰供水資產，按照水管體製改革有關規定，進行供水資產的劃分、評估和剝離，通過企業化管理等準市場運作手段，真正實現保值增值。
此外，按照省政府關於江蘇水源公司的批複，江蘇水源公司是國家和省政府出資設立的國有獨資公司，也是省政府授權的國有資產投資主體，承擔國有資產保值增值責任，南水北調東線工程建設完成後，負責江蘇境內南水北調工程的供水經營業務，並從事相關水產品的開發經營。自2005年成立以來，已履行了工程前期工作組織、建設、籌資、已建成項目的管理等職責。因此，進行管理體製研究，需要保留江蘇水源公司建製和職能。
第四節 總結經驗，逐步推進招標代管新模式
寶應站、淮安四站、解台站、劉山站和藺家壩泵站建成後，江蘇省水源公司采用公開招標方式，擇優選定泵站管理單位，按照準市場運作，簽定一定期限的泵站管理合同，全麵負責泵站日常養護、運行等任務，根據管理業績支付管理費用，取得了良好的管理成效，今後應在總結經驗基礎上，繼續推進完善泵站招標代管新模式，並重視培養水利工程物業管理隊伍，完善有關配套管理辦法，逐步把河道養護、水麵保潔、工程管理範圍內的綠化等工作推向市場，通過招標方式選擇專業化隊伍承擔。
一、泵站招標代管新模式
委托管理是南水北調東線工程建管體製的一次重大突破，又是東線管理模式的生動體現。東線工程是在江蘇省江水北調工程的基礎上擴大規模、向北延伸的。江水北調工程管理體製采用的是統一管理和分級、分部門管理相結合的方式。而南水北調工程線長、點多，如果所有工程項目全部直接管理，勢必造成管理機構眾多，管理隊伍龐大，從而降低管理效率。因此，套用原有模式已不適應新的形勢，不符合準市場運作的要求。南水北調東線江蘇段從轉變觀念、創新機製入手，推動建設管理分離，在大型水利泵站工程運行管理模式上奏響了創新轉型的序曲。