鑒於我國市場機製對資源配置的基礎性作用尚未充分體現，企業也沒有成為真正意義上的市場主體。與此同時，地方政府在區域經濟事務中的決策空間卻得到拓展，就其掌握的資源和承擔的職能而言，實際上已成為具有獨立利益和行為目標的“準市場主體”。地方政府的企業化行為在一定程度上對啟動和推進市場化改革起了積極作用，但是地方政府的行為企業化容易導致其過多地介入微觀經濟活動，這不利於轉換政府職能，不利於明晰產權。同時，地方政府的“默許”行為，有時會造成宏觀調控不力，不利於經濟的有序運行。而南水北調工程屬於跨流域配置水資源的供水工程，工程既有公益性，又有經營性，其建設管理體製既不能沿用計劃經濟體製下的“政府建設，用水戶無償用水”，當然也不能采用完全市場化的“市場配置”。
南水北調工程將采用“政府宏觀控製、股份製運作、企業化管理、用水戶參與”的模式，在以國家投資為主的前提下，國家控股、統一調度，政府的宏觀調控作用是決定性的；地方根據出資額度占有股權並擁有相應的水使用權，體現“誰投資，誰受益”和“誰用水，誰出資”的原則；通過授權經營建立的項目法人負責製，按照企業化管理，實現良性循環和國有資產的保值增值；作為直接受益的用水戶，將參與投資、管理、協調，享有知情權、監督權。
南水北調作為供水工程將形成一個大範圍的水交易“準市場”，合理的水價是促進工程效益、實現良性循環的經濟基礎。建立有關的供水公司，按企業化模式進行操作。工程借鑒國內外成功經驗，按照供水成本分攤的方式，考慮用水戶承受能力等因素，確定完整水價由資源水價、工程水價和環境水價組成。通過水價改革，促進節水，提高水的使用效率，防治水汙染和改善生態環境，實現水資源的優化配置，達到水資源可持續利用的目的。
國家和江蘇省共同出資設立組建了南水北調江蘇水源公司作為項目法人承擔南水北調東線一期工程江蘇省境內工程的建設和運行管理任務，負責債務償還和資產保值增值，並保證向北方供水的水量和水質。由於江蘇水源公司的管理和運營涉及省際水事，水利部淮委會派出代表作為獨立董事參加董事會。鑒於南水北調東線江蘇境內工程是在江蘇省江水北調基礎上建設的，僅增加了向北出省調水的功能，仍保留著原有多功能和公益性特點，除了供水功能以外，還兼有防洪、除澇、生態保護等公益性服務功能，具有顯著的社會效益和生態效益；而且江蘇境內增加的供水量大部分是農業用水，水價在短期內也難以達到還本付息、補償成本、合理收益的目標，為有利於統一調度，統籌兼顧和平衡城市生活、工業及農業用水，協調發揮工程綜合效益，便於工程運行管理，南水北調東線江蘇水源公司由江蘇省負責管理。
第二節 傳統與創新碰撞，項目法人製不斷深化完善
項目法人責任製是指經營性或非經營性基本建設項目由項目法人對項目的策劃、資金籌措、建設實施、生產經營、償還債務和資產保值增值實行全過程負責的一種項目管理製度。其產生的過程，是適應建立社會主義市場經濟體製的需要，水利水電建設管理體製不斷改革創新的結果。南水北調工程是一個係統工程，需要統一管理，統一規劃，根據南水北調建設委員會的決定南水北調工程實行項目法人責任製。項目法人作為南水北調工程建設和運營管理的責任主體，對主體工程籌資、建設、運行、還貸負總責。
一、代建製的興起
代建製的興起，是建設管理改革中的必然，它對完善“三項製度”、提高建設管理水平有重要意義。推行代建製，對促進我國谘詢業的發展、促進項目管理的專業化、促進政府職能的轉變和深化機構改革等有重要作用。對水利等公益性特征較為明顯的行業，當然不希望出現當年推行項目法人那樣“新瓶裝陳酒”現象，政府下麵仍保留一支浩大的、級別很高的建設管理隊伍。而是要引進市場機製，轉變政府管理項目的職能，縮小政府管理項目的隊伍，並讓其將主要精力放在管理項目規劃審批、培育建設市場、監管建設市場和監督工程項目質量及安全等方麵。
代建製由政府將公共房屋或非營利性基礎設施項目委托給市場上專門的項目管理公司作為代建單位，由代建單位組織建設後再移交使用單位或運營單位。這是一種分散的市場運作模式。2004年7月16日國務院發布《國務院關於投資體製改革的決定》，其指導思想是：按照完善社會主義市場經濟體製的要求，在國家宏觀調控下充分發揮市場配置資源的基礎性作用，確立企業在投資活動中的主體地位，規範政府投資行為，保護投資者的合法權益，營造有利於各類投資主體公平、有序競爭的市場環境，促進生產要素的合理流動和有效配置，優化投資結構，提高投資效益，推動經濟協調發展和社會全麵進步。確立我國深化投資體製改革的目標為：改革政府對企業投資的管理製度，按照“誰投資，誰決策，誰收益，誰承擔風險”的原則，落實企業投資自主權；合理界定政府投資職能，提高投資決策的科學化、民主化水平，建立投資決策責任追究製度；進一步拓展項目融資渠道，發展多種融資方式；培育規範的投資中介服務組織，加強行業自律，促進公平競爭；健全投資宏觀調控體係，改進調控方式，完善調控手段；加快投資領域的立法進程；加強投資監管，維護規範的投資和建設市場秩序。通過深化改革和擴大開放，最終建立起市場引導投資、企業自主決策、銀行獨立審貸、融資方式多樣、中介服務規範、宏觀調控有效的新型投資體製。
代建製同樣存在明顯的不足。一是代建製增加了委托項目管理公司的環節，使項目管理的合同關係更加複雜，委托代理鏈條更複雜，管理成本可能增加；二是代建單位畢竟是追求經濟效益最大化的企業，為了獲得更高利潤可能會損害公共利益；三是代建製的實施可能會成為政府推托自身責任的依據。因此，在推行代建製過程中，必須合理界定政府的職能，確保所選擇代建單位的能力和信譽，完善對代建單位的激勵和監督機製。
代理型工程項目交易方式在國際上已應用了數十年，並不是新鮮事，但在國內的應用剛起步，有不少問題需要探索。此外，我國的製度變遷的傳統方式是政府直接參與，帶有一定的強製性。因此，如何根據我國的國情，推行代建製，其中有關問題仍需要深入分析和研究。
二、我國項目法人製的產生及發展
20世紀80年代的雲南魯布革水電站首次利用世界銀行貸款，引入日本先進管理經驗，采取項目法人負責製施工，引進競爭機製，實行國際招標，拉開了我國以項目業主責任製、招標投標製和建設監理製為主要內容的水利水電建設管理體製改革序幕。其成功經驗也被業界譽為“魯布革衝擊”。以“魯布革衝擊”為先導，我國工程建設管理體製開始了一係列的改革，逐步實行項目法人負責製。項目法人對工程建設項目的規劃、籌資、設計、建設、運營、歸還貸款負責；推行招標投標製改變了政府向企業分配施工任務的方法，采取公開投標方式選擇施工單位，降低成本，提高效益；推行建設監理製，使工程項目的管理向專業化和社會化管理方式邁進一大步；實行合同管理製，合同當事人的履約觀念逐步增強，合同履約率逐年提高。經過20多年的實踐總結，項目法人責任製、招標投標製、建設監理製、合同管理製已經成為我國工程建設的基本製度。這些製度的實施對規範建設市場、建立投資責任約束機製、提高投資效益起到了非常明顯的作用。
相對於傳統自營製管理模式，項目法人責任製具有以下兩方麵基本特征：
（1）以項目法人為責任主體，先有能承擔項目建設責任的項目法人，後確立項目。也就是說，由項目法人按照市場經濟的法則自主地確定項目，並作為項目投資、項目開發建設和項目運營管理的主體來具體負責項目籌劃、資金籌措、建設實施、生產經營，同時承擔投資風險。政府不再參與具體投資活動，而成為宏觀經濟調控的主體，用產業政策和經濟法規等手段去調節、監督項目法人的投資經濟活動。