兩部製水價由基本用水費和計量水價兩部分組成，既保證工程基本運行費用，也兼顧用水方對分配水量的消化過程，實際上是供用雙方風險分攤和責任共擔的水價機製。
實行兩部製水價，有利於保證落實地方經濟責任，保證工程正常運營和還本付息；有利於促進地方加快配套工程建設，尤其是消化基本用水量的配套工程建設，縮短達產期，防止繼續超采地下水，有效遏製城市工業和生活用水擠占生態和農業用水；有利於防範可能出現的經濟風險和生態風險。
四、東線一期工程幹線兩部製水價
根據《水利工程供水價格管理辦法》（國家發展和改革委員會、水利部第4號令），南水北調東線工程在全成本核算的基礎上采用兩部製水價製度，基本水價按補償供水直接工資、管理費用和50%的折舊費、工程維護費的原則核定，計量水價按補償基本水價以外的其他成本費用的原則核定。
五、實施兩部製水價的基本條件
兩部製水價與現行的單一製水價製度相比，改革了水價計價方式，是一種科學的水價製度。兩部製水價製度的實施，除了需要具有足夠的計量設施、穩定的供水規模和較強的經濟承受能力等基礎條件，還需要各級政府和用水戶支持和理解，才能收到預期的效果。
（一）具備較完善的計量設施
兩部製水價實施的一個重要方麵就是要對水量進行準確的計量，安裝足夠的計量設施進行有效的控製和準確的水量計量是推行兩部製水價的重要前提。如果計量設施不健全，水量無法進行有效的計量，容易造成供用雙方之間的矛盾，水費收取困難，不僅不能充分發揮兩部製水價的作用，甚至可能使得供水單位陷入經濟困境。所以安裝完善的計量設施，實現用水計量化，按規範測量水量，並使得計量數據得到供用雙方的認可，這也是推行兩部製水價製度最根本的技術措施和控製手段。
（二）具備穩定的供水能力和較高的供水保證率
兩部製水價設定了基本水價，用水戶繳納了基本水費，相當於供水經營者與用水戶之間有了契約，而且基本水費在某種程度上講是對供水工程供水能力的付費，供水單位必須滿足用水戶的基本供水，所以供水單位需要具備較為穩定的供水能力和較高的供水保證率。
根據實地調查，一般大中型水利工程實施兩部製水價具有優勢。大中型水利工程供水範圍大，自身有較強的水量控製能力，也有條件建立比較完善的水費計收係統和財務管理係統，大中型供水工程實行兩部製水價製度可以使得供用水雙方利益都能得到均衡產生的效益大，對社會的影響比較廣泛；小型水利工程供水量小而且不穩定，水費收入少，而且由於水量少，水價製定比較困難，所以應在大中型水利工程中率先推行兩部製水價製度。
（三）用水戶具有較強的經濟承受能力
實行兩部製水價時要充分考慮地區的經濟發展程度和用水戶的承受能力。由於我國投融資體製的限製，國家投入不足，水利供水工程基礎設施較差。兩部製水價的實施需要對供水設施進行更新改造，完善計量設施，都需要大量的資金投入，單靠供水工程本身和農戶投入很難完成支渠以下輸水配套工程的建設和必要的計量設施的安裝和維護，而中央財政又難以對該部分投資，所以當地政府必須具備一定的經濟承受能力，增加對水利工程資金的投入和扶持，為順利推行兩部製水價創造良好的外部環境。
（四）供水經營者具有較高的管理水平
供水經營者要加強自身管理，提高管理人員素質，改進管理和計費手段，增強服務意識和服務水平，對成本進行嚴格核算，製定雙方都可接受的水價，積極向用水戶進行用水政策的宣傳和解釋，轉變人們的用水觀念，為順利實施兩部製水價營造一個良好的環境。
兩部製水價製度是科學的計價模式，它通過設立基本水價和計量水價實現供水單位和用水戶雙贏。但是由於水商品的特殊性及基本水價的存在，與用水戶習慣的計價方式相衝突，所以推行兩部製水價需要各級政府的理解、支持和配合，依靠政府的權威，積極進行宣傳，改變用水戶的用水觀念。
第四節 水價承受能力分析
南水北調東線工程通水後，長江之水千裏北上，水資源成本勢必增加，東線受水區能否用得起？這是一個十分關鍵的問題，它將直接決定著東線工程的調水規模，關係著工程的良性運行。水價不能超過各類用水戶的承受能力，合理的水價政策必須建立在用水戶承受能力分析成果的基礎上。因此，對受水區城市用水戶水價承受能力分析是十分必要的。
（一）東線受水區現狀供水價格
水價的製定必須考慮用水戶的承受能力，以現狀為基礎，所以有必要根據南水北調東線工程沿線各省（市）水資源規劃報告，分析受水區各省（市）和主要城市各類用水的現狀水價。
二、東線一期工程到用戶水價分析
南水北調東線工程供水的用戶水價包括兩部分：一部分是工程幹線分水口門水價；另一部分是幹線分水口門到用戶的配套工程水價。
（一）城市工業及生活用水水價分析
1.江蘇受水區
江蘇受水區現狀配套情況良好，南水北調東線一期工程建成後江蘇省受水區增加的供水量基本都是利用現有配套工程送到用戶，所以江蘇省受水區配套工程水價按現狀的情況進行估算。根據對受水區城市自來水廠的調查，城市工業及生活供水配套工程水價一般為0.80～1.2元/立方米，為簡化計算，平均采用1.00元/立方米。
2.山東受水區
山東受水區除少數地區可以利用現有配套工程以外，大部分受水區都需要新建配套工程，所以山東受水區配套工程水價需要重新計算。主要內容包括：燃料動力費、固定資產折舊費、固定資產維護費、工程管理費等費用和合理的利潤及稅金組成。
（二）農業用水水價分析
南水北調東線一期工程規劃隻向江蘇受水區提供農業供水。目前江蘇受水區農業供水還沒有完全實行按方計量收費，許多地方仍實行按畝收費。按方收費的標準為0.015～0.034元/立方米。根據江蘇省物價局、江蘇省水利廳對南水北調供水水價的成本調查與測算，以及對近幾年灌區資產及運行費用的分析計算，南水北調東線一期工程江蘇受水區灌區內部支渠以上工程成本水價一般為0.026～0.082元/立方米，全線平均為0.067元/立方米；末級渠係成本水價為0.009～0.017元/立方米（一般情況下末級渠係供水成本約占支渠以上供水成本的20%～30%），全線平均為0.015元/立方米，整個灌區內部供水成本為0.080元/立方米。
三、各類用水戶承受能力分析
（一）居民生活用水承受能力分析
根據世界銀行和一些國際貸款機構的研究成果，家庭或個人水費支出占家庭或人均收入的比重為3%～5%是現實可行的。我國的一些調查資料表明，當水費占家庭收入的1%時，對居民生活及正常用水基本沒有影響；當水費支出占家庭收入的2%時，有一定的影響；當水費占家庭收入的2.5%時，大部分居民已較難承受，對居民生活和正常用水產生較大影響，促使他們最大限度地合理用水，節約用水，當水費占家庭收入的10%時，將對城市居民生活造成重大影響，已無法保證居民的生活質量。可見居民生活用水的水費支出能力指數為2%～5%。
1.水費支出水平
江蘇受水區2003年城市生活用水定額標準為160～223升/（人·日），城市人均可支配收入為5593～8594元/年，現狀生活水費支出占可支配收入的比重為1.5%～2.1%；山東受水區現狀城市生活用水定額為98～140升/人日，2003年城市人均可支配收入為6800元～8954元/年，現狀城市生活水費支出占可支配收入的比重為0.4%～0.8%，總體上現狀城市生活水價是現實可行的。
2.受水區2010年居民可承受水價分析
根據國內外的研究成果，結合南水北調東線受水區實際情況，以水費支出占居民可支配收入的2%～2.5%作為標準分析2010年可承受水價。
根據受水區各省《城市水資源規劃報告》中對人均居住用水量和人均可支配收入數據，推算各省市居民2010年可承受水價。
（二）工業用水承受能力分析
工業用水水價承受能力通常用水費占工業生產成本的比例、水費占產值的比例或水費占利潤的比例等指標來表達。本次分析采用資料采集容易且數據可信度好的水費占總產值的比例作為分析工業水價承受能力的指標。國外研究成果認為水費占總產值的比例的3%～5%是合適的，針對我國經濟發展和產業結構情況，國內研究成果認為工業水費占總產值的比例以1%～3%較符合我國工業生產的實際。
1.水費支出水平
按照1999～2003年南水北調東線受水區工業統計資料分析，工業水費支出占總產值的比重相對較低，隻有河北滄州市1999年水費支出比例達到1.05%，其他地區水費支出比例均小於0.8%，目前受水區工業水價水平不高。如果以工業水費支出占產值比重1.5%測算，則受水區工業企業對水價皆有一定的承受能力，水價有一定的提升空間。如果以工業水費支出占產值2%測算，那麼，工業水價的提升空間更大。
2.受水區2010年工業可承受水價分析
考慮我國工業企業的實際，並結合南水北調工程東線受水區不同省市的工業整體現狀及發展，根據南水北調東線受水區各省市發展規劃預測的2010年各省市工業用水量和工業產值，分別按照工業用水水費支出比重為1.5%和2%推算得到各省市不同水平年的工業承受水價。
（三）農業用水承受能力分析
根據國內已有的農業水價研究分析成果，並考慮實際情況做出適當調整，農業水費占農業生產成本的比重以15%～20%為宜，占畝產值的比重為10%；占淨收益的比重以5%～10%作為南水北調東線工程受水區農業可承受水價的測算標準。
根據水利部發展研究中心的調查研究成果，南水北調東線工程受水區現狀水價占農業生產成本、產值、灌溉增產效益、農業純收入的比例並不高，都小於推薦的比例標準。這表明農戶對提高現行水價有一定的承受能力，就當前農業生產收益和農民承受能力，可以適當提高農業水價。
經過測算，南水北調東線工程調水出洪澤湖、駱馬湖、下級湖的幹線成本水價分別為0.12元/立方米，0.26元/立方米和0.34元/立方米，幾乎是現行農業水價的10倍，受水區農業用水戶難以承受這種成本水價。因此，應考慮對農業供水成本給予補償。