南水北調東線工程是一項跨流域的特大型調水工程。工程區域內河湖交錯，水網複雜，各類水工建築物眾多，新舊檔次參差不齊；調水功能與防洪、排澇、灌溉和航運等功能相互結合，已有的跨流域調水工程和新增的調水工程並存；受沿線排放的汙廢水影響，水質保護任務艱巨。為保證南水北調東線工程安全、可靠、長期、穩定、經濟的運行，合理調配區域內水資源，需組織研究一個符合東線實際、科學嚴謹的調度優化運行方案。
水資源配置應以綜合效益最大為目標，利用優化方法和技術，通過產業結構調整，減少水資源單耗量大的用水部門的占有量，將節省下來的水資源用於水資源利用率高、單耗小、綜合效益高的用水部門，從而使水資源得到合理有效利用。江蘇在東線水資源優化調度中占有重要地位，江蘇水資源調度水平決定著整個東線調度的優劣。
第一節 水資源調度原則
在南水北調工程建設管理委員會（簡稱“管委會”）製定的調度原則指導下，由管委會與有關省市和流域機構協商後提出年度調度方案，經管委會批準後執行。在調度方案的指導下，江蘇水源公司根據各受水戶要求和實際需水量適當調整，形成年度調水計劃，由江蘇水源公司同東線幹線有限責任公司簽訂調水合同，實施水量調度。調度原則如下：
（1）江水、淮水並用，淮河枯水年多抽江水，淮河豐水年多用淮水。
（2）充分利用當地水資源，當地水源供水不足時逐級從上一級湖泊調水補充；當地徑流不能滿足整個係統供水時，才調江水補充。
（3）黃河以南各調蓄湖泊，考慮各區原有的用水利益，參照江水北調工程的調度運用原則，規定各調蓄湖泊北調控製水位，一般情況下，低於此水位時，停止從湖泊向北調水。合理確定直供和蓄供關係，枯水年份，可以確定直供率達80%～90%，平水年確定40%～50%。豐水年要考慮全部蓄供。
（4）為保證城市用水，在湖泊停止向北供水時，抽引江水量優先滿足全區的城市供水，然後再向農業供水。各部門的供水次序是生活、工業、航運和農業用水。
（5）尊重已用水源現實，調水工程的興建以不影響原有灌區合理用水為原則。
（6）為避免加重長江口鹽水入侵，南水北調東線二期工程中，在長江枯水季節限製抽引江水流量，在長江大通站流量小於9400立方米/秒時，限製抽引江水流量不超過400立方米/秒，大通站流量在9400～10000立方米/秒之間時，限製抽引江水流量不大於大通站在9000立方米/秒以上的流量。當抽引江水流量遭限製時，各蓄水湖泊優先向供水區的城市供水。
（7）黃河以北優先考慮沒有調蓄水庫的片，各片按本時段分的水量供水：蓄供片用本時段分的水量供水，不能滿足時，再由水庫補水；本時段有餘水時，優先向缺水片供水，然後再向水庫充水。
調配原則的第（1）條、第（2）條規定了供水區各種水源的利用次序依次是當地水、淮河水和長江水。如江水、淮河水的聯合運用既可減少抽江規模，又可減少了抽引江水量，節約能源，體現了水資源的優化配置。
調配原則的第（3）條、第（4）條規定使水量調度按設計供水保證率高低依次供水，即首先滿足生活、工業、航運用水，其次是南方農業灌溉用水，並可相機為北方農業灌溉及生態環境補水。各梯級泵站和各段輸水規模的設置可保證供水區生活、工業、航運等部門的用水，各湖泊的北調控製水位可保證南方各供水區農業用水達到規定的設計供水保證率。