計算中采用綜合折舊率測算，測算的基礎為固定資產額。綜合折舊率為各類固定資產的折舊率加權平均而得，泵站為2.6%，河道為2.0%，供電、通信設施和水情水質監測係統為5.0%。
3.工程維護費
包括一般維修費和大修理費，根據《水利建設項目經濟評價規範》（SL72-94）的規定，按固定資產額乘以維護費率測算。取費標準參照《水利建設項目經濟評價規範》（SL72-94）和水利部水財[1995]281號文《關於試行財務基準收益率和年運行費率標準的通知》確定。
泵站的一般維修費為1.0%，大修理費取1.5%，合計固定資產維護費率為2.5%。
現有河道工程的維護費根據《水利工程管理單位定崗標準（試點）》和《水利工程維修養護定額標準（試點）》測算分析，按平均6.0萬元/千米考慮。
4.管理人員工資福利費
管理人員工資福利費按定編人員測算，根據現有工程管理單位實際情況，管理人員人均年工資標準為10000元，福利費為工資的14%，勞動保護統籌取工資的17%，住房基金取工資的10%。
5.工程管理費
工程管理費按管理人員工資福利費的1.5倍考慮。
6.年利息支出
依照本工程籌資條件考慮。貸款采用等額還本，貸款利息累計到建設期末開始按年等額支付。
8.其他費用
其他費用是指上述費用以外，現階段無法預計的費用。根據南水北調東線工程的具體情況，按不包括固定資產折舊費、貸款年利息支出和抽水電費的上述各項費用之和的5%考慮。
三、東線一期工程幹線供水成本測算
南水北調東線工程是在原江蘇省江水北調工程基礎上的擴建和延伸，沿線利用了大量的已有河道、泵站、湖泊等老資產，同時對部分河道和泵站進行了改擴建等。新增資產和存量資產並存是南水北調工程一個顯著的特征，所以南水北調東線工程水價測算的固定資產包括新增工程和現有工程固定資產。
（一）固定資產
1.新增工程
新增工程是南水北調東線一期工程新建（擴建）的工程，主要由輸水河道工程、泵站工程、穿黃工程、蓄水工程、調度運行係統和其他專項費用等六部分組成。由於新增工程的成本是由於增加供水產生的，所以應全部計入南水北調東線第一期工程的成本。其中，南水北調東線第一期工程規劃抬高洪澤湖水位客觀上對安徽省周邊地區帶來影響，需要安排影響處理工程，這部分工程投資不宜由安徽省承擔，同時因不在江蘇境內，也不應該由江蘇承擔，所以在計算時考慮將該部分投資不納入供水成本計算。
2.現有工程
南水北調東線工程是在江蘇省江水北調工程基礎上向北擴建和延伸的，沿線利用了大量已有河道、泵站、湖泊等，這些工程一般都具有調水、除澇、航運等綜合利用功能，南水北調東線第一期工程隻承擔其中應分攤的部分。
第一層次分攤：現有泵站主要有調水、除澇、航運等綜合功能，調水分攤係數采用調水抽水量占各目標抽水量總和的比，並考慮其他因素確定。例如江都站規劃調水量為70.14億立方米，1989年到1998年平均年排澇抽水量為9.72億立方米，計算分攤係數為87.83%，考慮到江都站還有為航運補水的功能，采用分攤係數為85%。現有河道工程一般有調水、防洪除澇、航運等功能，采用功能分析法計算分攤係數，調水分攤係數為1/3。
第二層次分攤：現有泵站工程采用現狀裝機利用小時數和規劃裝機利用小時數進行分攤，增加調水分攤係數為規劃比現狀增加利用小時數與規劃裝機利用小時數之比。現有河道工程增加調水分攤係數采用現狀河道輸水量和規劃輸水量進行分攤，增加調水分攤係數為規劃比現狀增加輸水量與規劃輸水量之比。
（二）各區段供水總成本費用分攤
按照“誰受益、誰分攤”的原則，隻為某一地區服務的工程，其成本費用由該地區獨自承擔，同時為兩個或兩個以上地區服務的工程，其成本費用由受益地區按受益大小分攤，各地區受益大小按供水量比例確定。
各區段分攤到的供水總成本費用除以該區段的淨增供水量即為該區段的單方水供水成本。第一期工程江蘇境內調水出駱馬湖的成本為0.26元/立方米，調水出下級湖的成本為0.34元/立方米；山東境內調水出下級湖的成本為0.35元/立方米，調水出東平湖的成本為0.57元/立方米，調水到小清河分洪道子槽引黃濟青上節製閘的成本為1.06元/立方米，調水到臨清的成本為0.86元/立方米，調水到德州的成本為1.23元/立方米，全線平均為0.48元/立方米。
四、東線一期工程幹線水價
根據國家發改委、水利部聯合頒布的《水利工程供水價格管理辦法》的規定：“利用貸款、債券建設的水利工程，供水價格應該使供水經營者經營期內具備補償成本、費用和償還貸款、債券本息的能力並獲得合理的利潤”，“農業用水價格按補償供水生產成本、費用的原則核定，不計利潤和稅金。非農業用水價格在補償供水生產成本、費用和依法計稅的基礎上，按供水淨資產計提利潤，利潤率按國內商業銀行長期貸款利率加2～3個百分點確定”。由於南水北調東線工程是解決我國北方地區水資源嚴重短缺問題的重大戰略舉措，是一項關係到受水區經濟社會可持續發展的特大型基礎設施工程，公益性很強，對農業供水價格需專門進行探討。非農業水價按淨資產利潤率1%計算。
第三節 兩部製水價研究
兩部製價格是目前國際上較為流行的一種新型的價格管理模式。在其他產業運行過程中，兩部製價格並不鮮見，如乘坐出租車就有起步價和計量價之分等。目前，南水北調工程水價已經確定實行兩部製水價標準，兩部製水價是供用雙方風險分攤和責任共擔的水價機製，有利於南水北調工程的良性運行。從國際上成功的經驗可以看出，兩部製水價能否順利實施的關鍵在於供水機構能否向用水戶提供清晰、全麵的供水成本分析。
一、兩部製水價的基本內容
（一）兩部製水價的計算原則
依據現行有關規定，在充分考慮供水成本及用水戶承受能力的情況下，按照保本微利原則，製定基本水價和計量水價。供水成本費用包括：水資源費、材料燃料及動力費、固定資產折舊費、工程維護費、工資福利及勞保統籌費和住房基金、工程管理費、利息淨支出和其他費用等。東線主體工程中現有河道隻考慮運行維護費用，按功能和調水量在各區段分攤；現有泵站考慮固定資產折舊和運行維護費用，按功能和調水量在各區段分攤；為調水服務的新建工程成本費用按新增調水量在各區段分攤。
基本水價主要是為了補償固定成本，按照償還貸款本息、適當補償工程基本運行維護費用的原則確定；計量水價主要是為了補償變動成本，按照補償基本水價以外的其他合理成本費用以及計入規定利稅的原則確定。基本水價和計量水價之和為綜合水價。超出分配水量的用水水價要另外製定。
（二）水費構成
水費包括基本用水費和計量水費兩部分。基本用水費由受水區以省（後口門供水區）為單位按期向南水北調工程運行管理單位繳納，實際用水量超過基本用水量後，超出的部分收取計量水費。
基本用水費包括兩部分：一是基本水費，按基本水價乘以分配水量計算；二是基本用水量的費用，基本用水量北京和天津為分配水量的50%，河南、河北、江蘇、山東為30%，原則上以計量水價乘以基本用水量為基礎計算這部分費用。兩部製水價中的基本用水量，一是考慮了基本停止超采地下水的水量，二是考慮了置換占用的農業用水水量，三是考慮了城市的承受能力。設計基本用水量的目的是保證工程初期即可實現一定的供水量。以北京市為例，據水利部初步測算，綜合水價為2.054元/立方米，計量水價為1.434元/立方米，基本水價為0.62元/立方米。北京市分配水量為10.5億立方米/年，其基本用水費為10.5×0.62+10.5×50%×1.434=14.04億元/年。
計量水費按計量水價乘以超過基本用水量之外的實際用水量計算。
二、兩部製水價的定價模式
根據我國水利工程供水特點和用水戶承受能力等具體情況，現提出基本水價與計量水價相掛鉤的兩部製水價的通用模式，基本水價和計量水價分別補償一部分固定成本和變動成本。其特點是：供水經營者在向用水戶收取基本水費時，必須提供相應的基本水量；用水超過基本水量後，再按超過的水量和計量水價繳納計量水費。這種定價模式多用於水利供水工程，因為水利供水設施投資額較大，固定資產成本費用占的比例較大，如果完全按照基本水費補償固定成本費用，計量水費補償變動成本費用，則會使基本水價遠大於計量水價，這不利於用水戶接受。
基本水價=基本水費/基本水量
計量水價=總水費-基本水費年供水量-基本水量
其中：基本水費=直接工資+管理費+0.5×（折舊費+修理費）
兩部製水價計費=基本水費+計量水費=基本水價×基本水量+計量水價×（年實際供水量-基本水量）
如當年實際需水量大於零，但小於基本水量時，則兩部製水價計費等於基本水費。
如基本水量等於零，這是該模式下的一個特例。這時供水經營者不向用水戶提供基本保證水量，不論用水戶是否用水，均應向供水經營者繳納規定的基本水費，再按實際用水量與計量水價繳納計量水費。在這種情況下：
基本水費=直接工資+管理費+0.5×（折舊費+修理費）
計量水價=總水費-基本水費/年供水量
兩部製水價計費=基本水費+計量水價×年實際供水量
《水利工程供水價格管理辦法》（國家發展和改革委員會、水利部第4號令）已於2004年開始實施，考慮到我國水資源短缺、各地降水的時間分布不均和水利工程供用水特點，明確規定水利工程供水應逐步推行兩部製水價，也是今後水利工程水價改革的方向。
三、兩部製水價是工程發揮效益的保證
2002年，原國家計劃委員會和水利部向國務院和中央政治局常委會彙報南水北調規劃時，都對兩部製水價作了彙報並得到原則同意。國家發展和改革委員會會同有關部門和地方也做了大量論證及測算工作。
在對已建成多年的山東引黃濟青工程、山西引黃入晉工程和在建的遼寧大夥房輸水工程等調查和總結經驗教訓的基礎上，以及對實行兩部製水價（水費）和實行單一的計量收費做了反複研究和比較後認為，如果南水北調工程采用單一計量收費方式，可能存在較大的經濟和生態風險，主要是：工程建成後，地方和企業寧願繼續大量超采成本較低的地下水，而基本不用水價相對較高的南水北調水，工程運行初期用水量過少，調水能力過多閑置，工程不能良性運行，銀行貸款的償還也難以保證，同時，也不利於受水區配套工程加快建設和良性運行，目前因超采地下水引起的生態惡化狀況仍得不到改善。