南水北調東線工程是我國水資源合理配置的重要工程措施，而水價調控是水資源管理最有效的經濟手段之一。南水北調工程運營的核心問題就是水價。按照《南水北調總體規劃》要求，南水北調將通過製定合理水價，建立成本回收機製，實施準市場化運作，其中城市供水水價按成本加合理利潤、稅金的方式製定；農業供水隻計成本，不考慮稅金和利潤。南水北調總體規劃將南水北調工程定位為“準市場”運作，即需要在政府調控與市場需求之間尋找一個平衡點來製定工程水價。東線工程供水將采用兩部製水價，在分析各類用水戶承受能力的前提下，製定合理的供水價格，以保證工程的良性運行。
第一節 “準市場”運營
20世紀80年代，英國牛津大學沃爾伏德教授（Walford）在教育改革的中心議題——擇校問題分析過程中，從理論層麵上將這種改革總結為“準市場機製”的運作，指出“準市場”機製是政府機製與市場間自由運作的“中間道路”。水資源方麵，麵對傳統的指令配置模式所帶來的“失效”問題，“準市場”機製是以糾正政府失靈和市場失靈為目的，給相關利益主體提供一種激勵或約束的機製，是麵向水資源可持續發展，用於調節人與人之間的利益關係的一種水權交易的社會機製。從政治經濟學的角度來看，“準市場”分配水資源的思路是：將流域水劃分為生態水、基本用水和多樣化用水三部分，其中部分多樣化用水進入市場交易；“準市場”的實施主要是由“政治民主協商製度”和“利益補償機製”等輔助機製來保障，協調各利益主體，兼顧水資源使用和配置的效率、公平目標。
對於關係國計民生的水資源問題，水權交易“準市場”運作更符合我國國情，而作為國家重大的水資源配置工程——南水北調工程，建立“準市場”的運營管理機製是可行的，也是必須的。南水北調總體規劃將南水北調工程定位為“準市場”的配置機製，認為南水北調屬於跨流域配置水資源的供水工程，其建設與管理體製，既不能沿用計劃經濟體製下的“指令分配”，也不能采用完全市場化的“市場配置”，即在行政與市場之間找到一條通道來協調管理與配置水資源，這就是“準市場”機製。“準市場”運作，一方麵，工程不能將水完全作為商品，政府在資源配置中要進行宏觀調控，工程必須達到調水的建設目標，實現資源優化配置，不能完全按照市場調節來運行，追求利潤最大化；另一方麵，工程要良性運行，建設管理體製要適應市場機製。為保證南水北調工程建成後的良性運行，需建立“還貸、保本、微利”的水價形成機製，實施兩部製水價製度。
南水北調工程是一個係統工程，工程的建設管理與運行管理是一個連續的經濟過程。要用新思路、新機製、新方法，按照市場經濟規律來建設和運行。應按照現代企業製度的基本要求，根據工程的具體特性和“準市場”的要求，實行企業化管理和公司運作，逐步培育水市場，完善水法規，並為工程建成後的良性運行打好基礎。“準市場”的運行管理模式、項目法人組建和管理機製的南水北調新體製必將推動福利水走向市場水，形成科學的水權、水價等水市場體係，有助於強化全民節水的觀念，促進經濟結構的調整，推動工業節水、農業節水、生活節水。
第二節 供水成本測算
南水北調工程水價與其他商品的價格構成相同，包括成本、稅金和利潤三部分。成本包括工程運行維護必需的費用和貸款利息；稅金是按國家規定應繳納的有關稅金；利潤按資本金利潤率1%計算。水價是南水北調運營的核心內容，南水北調工程能否良性運行的關鍵就在於製定合理的水價，而合理製定水價的關鍵就是進行成本測算。
一、水價形成機製
水是人們生產和生活的必需品，水價直接關係到經濟發展、人民生活和社會穩定。南水北調工程的水價製定既要以現有法規和政策為基礎，又要根據市場經濟客觀規律、國家改革的總體方向和要求，探索建立符合市場經濟要求和南水北調供水實際的水價形成機製。
（一）水利工程水價形成機製
水價形成機製的研究，並不是一個純理論的問題，而是在宏觀經濟政策、水管理體製和水市場發育等多方麵約束下的現實經濟問題。根據水利工程供水對象的不同可以分為農業用水和非農業用水，同時為了體現水資源作為公共資源必須兼顧公平和效率的原則，農業和非農業水價的形成機製也存在差別。
1.農業水價的形成機製
（1）農業水價製定的基本原則：根據國家發展和改革委員會與水利部製定的《水利工程供水價格管理辦法》，農業用水價格按照補償供水成本、費用的原則核定，不計利潤和稅金，其核心是“補償成本和不計利稅”。
“不計利潤和稅金”體現了國家對農業的扶持和農村水市場的特點。農業是弱質產業，農民是經濟利益集團中的弱勢群體，對農業灌溉水價實行低於成本的政策性水價，仍是我國今後相當長的一段時間內必須堅持的政策，這不僅是由水市場的本身特性所決定，也是由水利工程供水實行以市場供求為基礎的政府管製價格的水價機製所決定的。
農業供水灌溉服務實行不以營利為目的的經營方針，不允許也不可能盈利。事實上由於農副產品剪刀差的存在，農民不僅種糧獲利甚微甚至無利可圖，棉花、油料等大宗經濟作物種植種獲利也不高，即使在經濟發達地區種糧務農的積極性也不高，再不采取有效的保護措施，就可能威脅到糧食安全和社會穩定。發展農村經濟，提高農民收入，扶持農業發展已成為我國經濟社會發展的關鍵性問題，農業水價也應體現這一國策。
（2）農業水價的構成：根據農業水價製定的原則，農業水價由水資源水價和成本水價兩部分構成。
水資源水價由水資源產權價值、勞動價值及其稀缺性價值三部分構成。這三者共同形成了以產權價值為核心，通過水資源勞動價值及稀缺性價值修正的水資源水價。
成本水價體現水利工程供水過程所耗費的全部物質資料和活勞動的價值。隨著水資源開發利用程度的提高，邊際成本水價將不斷增加。成本水價按其經濟用途可以分為兩部分：①生產成本。生產成本包括直接材料費、水資源管理單位所屬生產經營、服務部門的人員工資、職工福利費、固定資產折舊費、修理費等一切從事公共服務和開展生產經營過程中消耗的直接和間接費用。②期間費用。期間費用包括銷售費用、管理費用、財務費用。
2.非農業水價的形成機製
（1）非農業水價製定的基本原則：按照經濟規律，尊重市場規則，盡快建立起有利於供水事業發展，促進節約用水和汙染防治的水價形成機製，這是水價改革的趨勢和方向。與農業用水相比，水利工程供工業和城市生活用水，因其效益顯著且用水戶承受能力較強，可以按照市場經濟規律和供水業發展要求達到商品水定價水平，從而改善水利供水行業經營狀況，提高供水業的管理水平。所以非農業水價製定應遵循補償成本、合理收益的原則，並按照國家稅收政策計入稅金。
（2）非農業水價的構成：非農業水價由水資源水價、成本水價、環境水價、利潤和稅金等構成。
非農業水價=水資源水價+成本水價+環境水價+利潤和稅金
環境水價是指由於水資源的開發、使用而對水生態環境造成破壞或產生不利影響而必須支付的代價，也可以理解為汙水處理費。由於生態環境治理和恢複的費用影響因素複雜，計算難度很大。
利潤和稅金是水資源商品化、市場化的必然產物。供水單位和其他的商品生產單位一樣也有追求生產經營利潤的權利和動機，這也是水利供水產業持續、健康發展的源泉所在。水利供水是產業，其產品是商品，商品水的製造和供水服務是生產經營活動，就必須按照國家規定繳納稅金，這也是水利供水業規範發展的內在要求。
（二）東線工程水價形成機製的基本原則
市場經濟體製下的水價形成機製應符合價值規律的要求，有利於水資源的合理開發和使用，促進節水，提高水的使用效率；有利於防治水汙染和改善生態係統；有利於實現水資源的優化配置，促進水資源的可持續利用，支撐經濟與社會的可持續發展。
南水北調東線工程是解決我國北方地區水資源短缺、保證我國經濟社會可持續發展的戰略舉措，水價製定既要以現有法規和政策為基礎，又要根據市場經濟客觀規律、國家改革的總體方向和要求，探索建立符合市場經濟要求和南水北調供水實際的水價形成機製。為了發揮工程的最大效益，南水北調工程水價製定要遵循下麵主要原則：
1.以提高水資源的利用效率為核心
最終用戶水價應該反映用水的全部機會成本，包括資源價值、水處理成本和產權受益、環境價值三個部分，不僅要滿足供水單位良性運行的要求，還要反映水資源的稀缺性和環境價值。
2.水價製定必須考慮用水戶的承受能力
水價不能超過用水戶的承受能力，水是人們生活基本必需品，在製定水價時要考慮低收入群體的基本生活需要和承受能力，保障基本生活用水。
3.同質同價，不同行業不同價
為了協調當地水源和南水北調工程的調水，對同一水質實行統一水價；由於不同行業的承受能力不同，對於同一地區不同行業實行不同價格。
4.要保證工程的良性運行
為了保證工程的良性運行，水價要做到補償成本費用、償還貸款本息、資本金合理收益、用水戶公平負擔。
5.實行兩部製水價
為了彌補工程的固定資產成本，減少運行風險，保證南水北調工程運行時還本付息的要求，要推行兩部製水價，實行容量水價和計量水價相結合的水價機製，同時實行定額用水、超額累進加價。
6.建立調價機製
南水北調工程運行期長，必須建立調價機製，根據市場的供求關係變化和供水成本的變化情況，適時調整水價。
7.用水戶參與
水價的製定和調整要增加透明度，接受社會監督。
二、水利工程水價測算的全成本核算
我們通常所講的水價是最終用戶水價，包括三個部分：一是資源水價，即水資源費或水權費；二是工程水價，即生產成本和產權收益；三是環境水價，即汙水處理費。水價的高低將對用水戶產生很大的影響，所以有必要對水利工程水價核算體係進行分析。
根據《水利建設項目經濟評價規範》（SL72-94）和《水利工程供水價格管理辦法》（國家發展和改革委員會、水利部第4號令）等相關文件和規定，采用全成本核算對工程水價進行核算，具體核算方法如下：
1.水資源費
目前國家尚未製定統一標準，南水北調工程水價測算暫未計水資源費。
2.固定資產折舊費
采用直線折舊法計算。折舊年限按照《水利建設項目經濟評價規範》（SL72-94）對水利工程固定資產分類折舊年限的規定，折舊年限采用土建50年、機電設備25年、金屬結構30年、輸變電及其他設施20年。