南水北調工程是我國具有戰略意義的特大型基礎設施，對解決北方缺水，合理配置水資源，實現經濟和社會可持續發展至關重要。如何發揮南水北調工程的資源配置作用，管理是關鍵。南水北調東線工程最大的特點是充分利用了沿線的現有湖泊水庫、河道及泵站。國務院批準的《南水北調工程總體規劃》明確了南水北調東線工程管理體製總體思路是實行國家宏觀調控、公司市場運作、用水戶參與管理的新體製。國務院南水北調工程建設委員會辦公室相關文件作出了具體規定。
第一節 管理現狀
南水北調東線工程涉及長江、淮河、黃河、海河四個流域和江蘇、安徽、山東、河北、天津五省市，大量利用了現有河道、湖泊及江蘇現有江水北調等水利工程，分別由水利部所屬的流域機構及各省（市）水利廳（局）負責管理。利用的湖泊水庫主要有黃河以南的洪澤湖、駱馬湖、南四湖、東平湖，黃河以北的恩縣窪、千頃窪、大浪澱水庫、北大港水庫。河道主要有黃河以南的裏運河、中運河、韓莊運河、不牢河及梁濟運河以及與京杭大運河平行的三陽河、淮河入江水道、徐洪河、房亭河等，黃河以北的小運河、清涼江、清江渠、江江渠、惠江渠、玉泉莊渠、南運河、馬廠減河等河道。泵站主要有江都、淮安、淮陰、石港、蔣壩、泗陽、皂河、劉山、解台、沙集、劉集、單集、大廟及沿湖等。
上述工程除具有供水功能外，還兼顧防洪、排澇和航運等功能。其管理現狀是：湖泊水庫除駱馬湖、南四湖由淮委會管理，東平湖由黃委會管理外，其餘湖泊水庫由各省（市）水利廳（局）管理。黃河以南河道除中運河（宿遷以北）、韓莊運河由淮委會管理外，其餘河道由各省水利廳管理；黃河以北除南運河部分河段由海委會管理外，其餘河道由各省（市）水利廳（局）管理。泵站均由江蘇地方管理。
第二節 基本原則及管理目標
一、基本原則
南水北調東線工程的管理原則可以概括為五個有利於：有利於加強政府的宏觀調控，實現水資源的優化配置；有利於建立“還本、保本、微利”的水價形成機製，促進建立節水防汙型社會；有利於建立產權明晰的現代企業製度，依法協調各方的利益關係，按照國家對於統籌城鄉關係和農村水費改革的統一部署，需要與可能相結合，既能進一步推動供水體製改革，又避免加大農民負擔，要保護農民利益；有利於工程良性運行，近期與遠期相結合，逐步完善“準市場”的運作機製；有利於貫徹執行國家和地方有關工程管理的法律、法規和政策的原則。
二、管理目標
總體目標是：建立適應社會主義市場經濟需要的符合水資源管理自身發展規律的政企分開、產權明晰、責權明確、管理科學的新型管理體製。能夠以國家的社會經濟發展為中心，按照社會主義市場經濟體製改革和發展的要求，兼顧南水北調東線工程受水區的客觀情況和實際要求，通過建立有效的工程管理體製和良好的工程運營機製，實現對南水北調工程的有效管理，實現工程國有資產的保值增值，滿足國家和受水區內水資源配置要求，最終實現水資源可持續利用支撐社會經濟可持續發展的目標。
南水北調東線工程管理的具體目標：①在水資源供給方麵，合理配置水資源，提高水的利用效率和生產效率，從緩解北方缺水地區的供需矛盾到建立安全可行的水資源供給保障體係，基本滿足社會經濟發展對南水北調工程的水資源開發利用要求。②在防洪減災方麵，通過工程的運用，基本保證沿線城市和鄉鎮的安全，避免發生嚴重影響社會穩定和經濟運行的局麵，基本解除南水北調東線工程段的洪水威脅。③在水質方麵，加快結構調整，減少汙染排放，把調水工程管理到位，保證調到北方的水質良好，符合飲用水標準，真正形成一條清水廊道。④在水環境與生態保護方麵，建立有效的水環境與生態保護體係，保持生態平衡，促進人與自然的協調，改善生態環境和生活環境，輸水沿線形成綠色廊道。⑤在節水方麵，采取各種有力措施，推動工業節水、農業節水、生活節水，在節水的基礎上科學調水。