根據建設管理體製改革的要求，南水北調東線工程建設要嚴格實行項目法人責任製、招標投標製、建設監理製。項目法人對項目的策劃、資金籌措、建設實施、生產經營、債務償還和資產的保值增值，實行全過程負責，客觀上也要求建立企業管理機製。
南水北調東線工程隻有實行企業化管理，才能理清企業與出資人之間的關係，理順調水、供水企業之間的經濟關係，理順供水企業與用水戶之間的關係，才能實現良性運行。
（四）用水戶參與
用水戶是南水北調東線工程的直接受益者，用水戶的選擇和參與最終將會影響調水工程建設與運行的效果。國際上現在也在積極推行用水戶參與管理。對於南水北調東線幹線工程、配套工程等不同層次，其用水戶是不同的。對於幹線公司而言，用水戶主要是指沿線的省級政府。
幹線公司用水戶（即沿線省級政府）的參與主要體現在：參與投資、參與管理、參與協調、對工程運行管理予以支持和監督。用水戶參與有利於形成“利益共享、風險共擔”的機製，有利於調動各方麵積極性。
用水戶參與管理，就是通過供水企業內部信息外部化、隱蔽信息公開化來增加信息透明度，引入廣泛的參與，從而降低交易成本，有效實現調水目標，最終達到優化水資源配置，實現經濟增長目標和社會環境目標。
二、具體方案
根據南水北調東線工程建設與管理體製的總體框架，結合調水區和受水區的具體特點，形成了南水北調東線工程的建設與管理體製方案。
即分兩段成立幹線工程有限責任公司。江蘇段由江蘇省負責組建江蘇供水公司，負責境內主體工程和配套工程的建設與管理。江蘇段以外的幹線輸水工程，實行資本金製度，成立由中央控股、受水區省（直轄市）參股的南水北調東線工程有限責任公司，負責東線工程（除江蘇段以外）幹線主體工程的建設、運營與管理。國家根據新增北調水量要求的工程規模，對江蘇段擴建工程予以適當的資金支持，同時在其水量調度、水價製定等方麵實行調控和監督。
南水北調東線工程有限責任公司和江蘇供水公司之間為原水買賣關係。江蘇段以外的山東省、河北省和天津市將分別成立供水（股份）公司，與南水北調東線工程有限責任公司之間為水的買賣關係。南水北調東線工程有限責任公司向山東、河北、天津的供水按照輸水口門統一調度，計量計價，山東、河北、天津之間沒有買賣水的關係。
鑒於南水北調東線一期工程僅向山東供水，二期工程供水範圍將增加河北省和天津市，與之相適應，東線工程建設與管理體製將分兩步實施。第一步對應於東線一期工程，成立江蘇供水公司和南水北調東線工程有限責任公司。山東省控股，水利部有關流域機構作為中央政府的出資人代表，共同對南水北調東線工程有限責任公司參股。第二步對應於南水北調東線二期工程，可對南水北調東線工程有限責任公司進行擴股，中央資本金與山東省、河北省和天津市的資本金進行重組，成立由上述有關流域機構控股和山東省、河北省、天津市參股，共同出資組建新的南水北調東線工程有限責任公司。