（一）江都市截汙導流工程
江都市截汙導流工程主要是興建尾水提升泵站和尾水輸送管道，將進入三陽河、新通揚運河的江都市清源汙水處理廠尾水輸送至長江雙港段主江堤外，有效改善南水北調輸水幹線三陽河段水質及水環境。工程建設內容為鋪設尾水輸送幹管22.92千米，管線共穿越大小河道21條、等級公路6條；興建提升泵站一座。工程設計尾水排放規模為4萬噸/日，概算投資8125萬元，工期12個月。
江都市作為南水北調東線工程的源頭，為確保東線調水水質，江都市將打造“清水走廊”和創建國家環保模範城市有機結合起來，采取結構調整、限期治理和依法關閉等手段，對各類化工企業實施專項整治，不斷強化政府的服務職能，積極協調相關部門，為截汙導流工程順利進行創造條件。截汙導流工程建設由常務副市長作為領導小組組長，成立了由十幾個相關部門領導為成員的領導小組，並建立了多種會議協調機製，為截汙導流工程提供了強有力的組織保障。
目前，工程已基本建成，並通過聯合試運行暨合同項目完工驗收。至2009年9月底，累計完成投資7550萬元。
（二）淮安市截汙導流工程
淮安市截汙導流工程主要是將清浦、清河、開發區直接排入大運河、裏運河的汙水截流，送至汙水處理廠集中處理後，尾水通過清安河排入淮河入海水道南泓。淮河入海水道將建尾水導流入海濕地處理工程，對尾水進一步生態處理後東排入海，有效改善南水北調輸水幹線大運河及裏運河淮安城區段水質及水環境。工程建設內容為鋪設沿大運河、裏運河截汙幹管長23.95千米，配套建設汙水提升泵站5座，移址重建清安河穿運洞，清除裏運河汙染底泥24.3千米，裏運河城區段護岸防護培建9.19千米，實施清安河河道疏浚17.94千米；拆遷兩岸居民房屋麵積9.6萬平方米，移民3618人。工程設計尾水排放規模為9.7萬噸/日，概算投資6.97億元，工期18個月。
淮安市截汙導流工程建設處運用循環經濟的理念和市場化的運作手段，探索和創新工程融資方式解決了資金缺口，開了淮安市通過市場融資進行大型工程建設的先河。為了實現成功融資，淮安市水利局以水利資產經營公司為平台，采取工程棄土區土地、儲備用地以及公司優質資產抵押等形式進行融資。待工程建成後，通過美化、亮化裏運河沿線環境，在裏運河水岸發展商業地產、商務地產、住宅地產、旅遊地產和文化娛樂項目等，帶動裏運河兩岸“水岸經濟”發展，然後由政府從收益中拿出資金償還貸款。所融資金取之於民，用之於民，通過截汙導流工程的實施，充分體現了民生水利利國利民的深刻內涵。
目前，工程沿線配套建築物和柯山路幹管工程已基本完成，正在抓緊實施裏運河清淤及護岸工程、清安河疏浚及護岸工程和穿運洞移建工程。至2009年9月底，累計完成投資37432萬元（含地方配套）。
（三）宿遷市截汙導流工程
宿遷市截汙導流工程主要包括運西截汙工程和尾水輸送工程兩部分。運西截汙工程主要是封堵現有老城區12家工業企業向中運河的排汙口，並沿運河鋪設截汙幹管，將處理過的工業尾水收集至提升泵站；尾水輸送工程主要是將尾水提升後通過管道輸送至新沂河，經濕地處理後東排入海，有效改善南水北調輸水幹線中運河宿遷城區段水質及水環境。工程建設內容為鋪設運西工業廢水收集幹管6.3千米，鋪設尾水輸送幹管23.2千米；新建0.25立方米/秒、0.85立方米/秒提升泵站各一座。工程設計尾水排放規模7萬噸/日，概算投資11164萬元，工期18個月。
目前，尾水輸送管道鋪設工程已基本完成；正在抓緊實施尾水提升泵站工程。至2009年9月底，累計完成投資10937.5萬元。
（四）徐州市截汙導流工程
徐州市截汙導流工程主要利用現有的河渠和新開部分渠道等，建立運河沿線區域尾水“蓄存、導流、回用”體係，將京杭大運河不牢河段、中運河邳州段、房亭河等對南水北調東線工程有影響的區域尾水通過工程性措施，進行收集、處理、回用、導流，剩餘尾水從大馬莊涵洞處入新沂河北偏泓經濕地處理後入海，使南水北調輸水幹線徐州段水質達到地表水環境質量Ⅲ類標準，同時保證導流工程沿線尾水受水區域的水環境安全。
工程主要建設內容為新開尾水渠道（涵管）25.7千米，利用現狀河渠144.58千米（其中疏浚95.83千米）；建設幹渠建築物42座（其中控製涵閘24座、輸水涵洞14座、混凝土渠3處、提升泵站1座）；新（改）建跨河橋梁94座（其中公路橋13座、生產橋81座），按照恢複原功能原則實施小型配套建築物116座。工程設計尾水入新沂河流量為41.96立方米/秒，概算投資72493萬元，工期30個月。
目前，張樓中運河地涵一期和苗圩地涵汛前工程已基本完成，工程沿線河道疏浚及配套建築物工程全麵開工建設。至2009年9月底，累計完成投資28575.7萬元。
二、汙水處理廠
根據《南水北調東線工程江蘇段控製單元治汙實施方案》，江蘇省調水沿線地區計劃新建26座汙水處理廠，形成汙水處理能力81.5萬立方米/日。截至2008年底，26座汙水處理廠全部建成，其中，有17個采取了BO噸方式建設運營，共融集社會資金8.7億元。為推進城市汙水處理廠建設，江蘇省根據“汙染者付費、治汙者收益”的原則，提高了汙水處理費征收標準，建立環境資源有償使用機製。沿線各市縣的汙水處理費已全部調整至每噸0.8元以上，有效調動了社會資本投資的積極性，為汙水處理設施實現投資主體多元化、運營主體企業化、運行管理市場化創造了條件。為加強城市汙水處理費的征收、使用和管理，江蘇省還出台了《江蘇省城市汙水處理費管理辦法》，明確城市汙水處理費的征收和使用要接受當地財政、物價、審計等有關部門的監督和檢查，確保專項經費專款使用。為加強對自備水源用戶汙水處理費征收工作，省政府出台了《關於加強自備水源用戶城市汙水處理費征收工作的意見》，省財政廳、物價局等六部門製定了《江蘇省自備水源用戶汙水處理費征收管理辦法》，明確了對自備水源用戶汙水處理費征收的具體辦法，力求有效解決為規避繳納汙水處理費，自備水源用戶群體在不斷加大的實際情況。省財政廳、建設廳還出台了《江蘇省淮河流域城鎮汙水處理工程管網項目建設獎勵辦法》，以“以獎代補”形式支持淮河流域暨南水北調汙水處理廠管網建設。
三、流域綜合治理
為提高流域綜合治理水平，江蘇省采取有效措施，不斷深化流域綜合治理。一是將調水源頭江都取水口劃為飲用水源保護區，國家環保總局批準為源頭生態功能區，揚州市編製了專門的保護規劃，並委托高等院校編製可行性研究和初步設計，目前部分工程已啟動實施。二是加強生態建設。調水沿線地區積極開展全國生態示範區創建工作，實施生態農業示範縣建設，大力發展生態農業，加強無公害農產品、綠色食品和有機食品基地建設，狠抓農業麵源汙染防治。南水北調江蘇省沿線地區通過生態農業示範縣建設，已建成無公害農產品、綠色食品和有機食品基地1500多萬畝，化肥使用量比2000年減少了15%以上。三是積極推進船舶石油汙染綜合整治。為做好大運河船舶汙染防治工作，江蘇省投資2800餘萬元在沿線已建成21座船舶垃圾收集站和43座油廢水回收站，治理大運河船舶汙染的硬件已建成。為確保這些治汙設施切實發揮作用，江蘇省交通廳、建設廳、環保廳聯合印發《關於在蘇北運河統一開展船舶垃圾、油廢水送交和接收工作的通告》。四是啟動實施入海口灘塗濕地生態處理係統。為減少對海洋的汙染，江蘇省擬在淮河入海水道、新沂河入海水道的入海口灘塗上建設生態工程，使尾水經過生態處理後排放入海，以減少對海洋的汙染，現正在開展前期工作。
四、工業點源治理
根據《南水北調東線工程江蘇段控製單元治汙實施方案》，江蘇省確定工業點源治理項目65項，截至2008年底已全部完成。為加強工業汙染治理，江蘇省主要采取了以下措施：一是嚴把新建企業審批關，工藝上不能達到一級排放標準或超環境容量的項目不予審批。省政府辦公廳出台《關於加強蘇北地區新建化工項目管理的意見》，明確在蘇北地區禁止新建單個項目一次性固定資產投資額5000萬元（不含土地費用）以下的各類化工項目。在省政府《關於印發江蘇省節能減排工作實施意見的通知》中，還進一步提出“三不兩限”的約束性措施，“三不”是指：凡清潔生產水平偏低、排汙總量核定不清或平衡途徑不落實的項目一律不批；所在區域現狀水質超過功能要求的新增水汙染物項目一律不批；建設項目環保竣工驗收中，主要汙染物總量超標的一律不予通過驗收。“兩限”就是：對不能按計劃完成汙染減排任務的地區，暫停審批增加區域汙染物排放總量的項目；對重點治汙工程建設嚴重滯後或建成後不運行的地區，暫停審批新的有汙染項目。二是關閉重汙染企業。按照省政府《關於加快推進新型工業化的意見》和《江蘇省工業結構調整指導目錄》，目前，南水北調東線江蘇段沿線的13家石灰法製漿工藝已全部淘汰，關閉了36家年產3.4萬噸以下化學製漿、1萬噸以下酒精、澱粉企業的生產線和2萬噸以下黃板紙、1萬噸以下廢紙造紙企業，查禁了130多家“十五小”和“新五小”企業，大幅度地削減汙染物的排放。三是深入開展化工生產企業專項整治。根據省政府下發的化工生產企業專項整治方案，從2005年起用3年時間，開展全省化工生產企業專項整治工作。南水北調東線江蘇段已確定要關閉304家企業，到目前為止已關閉230家。同時要求重點做好化工企業的入園進區和改造提升，這將進一步消除安全和汙染事故隱患，提高整個化工行業的生產技術水平和市場競爭能力。四是提高行業汙染物排放標準。近兩年來，江蘇省出台了嚴於國標的《江蘇省紡織染整行業水汙染物排放標準》和《江蘇省化學工業主要水汙染物排放標準》，南水北調東線江蘇段沿線各地已按照新的地方環境標準，通過更新改造設備、提升工藝水平，完善治汙設施，達標排放水平得到提高。五是嚴格重點汙染源總量監測製度，對南水北調東線江蘇段280多家日排廢水100噸、日排COD30千克或日排氨氮20千克的重點汙染源全部安裝在線監控裝置。繼續開展重點汙染源總量監測季報製度，對汙染物排放負荷較高的企業嚴格監控，同時對存在超標排汙現象的企業實行強製性清潔生產審核，並向社會公布名單，全麵提高工業點源治理水平。