《南水北調東線治汙規劃》於2003年10月12日經國務院批準，江蘇省根據《南水北調東線工程治汙規劃實施意見》（國函〔2003〕104號）要求，組織編製了《南水北調東線江蘇段控製單元治汙實施方案》，國家發展和改革委員會組織專家審查後，下發了《國家發展改革委員會關於南水北調東線工程江蘇段控製單元治汙實施方案審核意見的複函》（發改地區〔2005〕318號）。江蘇省政府據此於2005年4月作了批複。
二、初步設計組織
2005年下半年，根據國務院南北水調工程建設委員會第二次會議精神，在江蘇境內南水北調工程總體實施計劃、初步設計工作周期和係統分析工程建設條件的基礎上，研究製定了初步設計工作方案。
（一）初步設計組織思路
按照國務院南水北調辦公室和江蘇省政府的統一部署，圍繞水量水質目標的實現，堅持調水工程和治汙工程同步實施，優先安排沿運河線工程和截汙導流工程初步設計，積極推進運西線和控製工期項目的初步設計工作，本著實事求是、規範有序和科學合理的原則，堅持“運行可靠、質量優良、投資節省、資源節約、技術創新”的目標，計劃在2009年底基本完成剩餘工程的初步設計。
（二）初步設計階段項目劃分
根據《關於進一步加強南水北調東、中線一期工程初步設計工作的通知》（國調辦投計〔2006〕100號）精神，江蘇境內及省界工程初步設計階段項目劃分調整為三陽河潼河寶應站工程、駱馬湖至南四湖段江蘇境內工程、長江至駱馬湖段2003年度工程、長江至駱馬湖段其他工程、江蘇省截汙導流工程、東線江蘇段專項工程，以及南四湖水資源控製、水質監測工程和駱馬湖水資源控製工程、南四湖下級湖抬高蓄水位影響處理工程8個單項共計40個設計單元工程。在江蘇水源公司成立前，江蘇境內南水北調工程已完成4個單項共計14個設計單元工程的初步設計，江蘇截汙導流4個設計單元工程及江蘇省文物保護初步設計由江蘇省南水北調辦公室組織。江蘇水源公司負責剩餘工程的初步設計共計3個單項、21個設計單元。
為保證南水北調東線工程如期發揮整體效益，2008年，江蘇省南水北調辦公室組織啟動了江蘇省南水北調配套工程規劃工作。配套工程規劃是對總體可行性研究的延伸、配套，根據江蘇省內用水實際情況，優化水資源配置，建立健全相應體製，以滿足送水出省和省內供水兩個方麵的要求。
（三）初步設計組織方式
為保證工程建設順利實施，對於河道工程、影響處理工程和加固改造工程，由於情況複雜，協調量大，初步設計采取直接委托方式；對於新建泵站工程初步設計以招標為主，部分泵站工程考慮到工期較緊，招標周期長，亦采用委托方式；對於涉及供電、交通、移民安置等專項設施初步設計，采用委托專業設計單位的方式。
（四）初步設計進展情況
根據初步設計組織方案和下達的投資計劃，2005年下半年以來，江蘇省南水北調辦公室和江蘇水源公司有序組織開展了21個設計單元工程的初步設計。已完成15個，其中揚州、淮安、宿遷、徐州四市的截汙導流工程及第一、二批控製性文物保護方案已經批複，正在組織實施；泗洪站、泗陽站、劉老澗二站、皂河一、二站等5個設計單元工程，國務院南水北調辦公室已於2009年上半年正式批複；高水河整治、駱南中運河、淮安二站及金湖站等4個設計單元工程的初步設計已於2008年下半年由水利部水規總院完成預審；除金湖站外，其餘8個設計單元工程的初步設計已分別於2008年10月、2009年2月下旬由水利部水規總院完成複審。工程管理總體設計已完成，已於2009年上半年上報國務院南水北調辦公室待批。
另外，金寶航道、徐洪河影響處理、沿運閘洞漏水處理和睢寧二站工程等4個設計單元初步設計正在編製，洪澤站、邳州站2個設計單元初步設計公開招標已經完成。剩餘6個設計單元工程主要是涉及麵廣、協調量大的綜合性工程，正在開展有關重點和難點問題研究，包括調度運行係統、裏下河水源調整、洪澤湖抬高蓄水位影響處理工程、南四湖抬高蓄水位影響處理工程及血吸蟲北移防護專項工程。配套工程規劃已基本完成基礎資料搜集整理工作，各專題研究也陸續啟動。
（五）初步設計計劃安排
根據南水北調建設委員會第三次會議確定的“東線一期工程2013年全麵完成”的總體建設目標及江蘇境內工程階段建設目標，江蘇境內南水北調剩餘工程初步設計工作計劃在2009年全麵完成，分5批進行報審報批。
第一批，泗陽站、劉老澗二站、皂河一、二站及泗洪站5個設計單元已於2009年5月前完成技術方案審查及概算核定並批複。
第二批，已經預審的駱南中運河影響處理、高水河整治及淮安二站改造3個設計單元工程已於2009年1月報國務院南水北調辦公室審批。
第三批，金寶航道、金湖站、裏下河水源調整、血吸蟲北移防護及管理設施專項5個設計單元工程於2009年4月完成並報審，計劃於2009年10月前批複。
第四批，徐洪河影響處理工程、睢寧二站、洪澤站、邳州站4個設計單元工程計劃於2009年8月完成並報審，2010年3月前批複。
第五批，調度運行係統、沿運閘洞漏水處理、洪澤湖和南四湖抬高蓄水位影響處理工程4個設計單元工程計劃於2009年12月完成報審，2010年7月前批複。
第三節 實施計劃
一、總體思路和原則
（一）總體安排思路
總的建設安排是：紮根長江，從源頭做起，逐級提高調水能力；先通後暢，建好邊界工程，分期實現一期工程調水目標。一是抓好“兩頭”（源頭和省界），提高抽江北送能力，盡快具備調水出省條件；二是抓“兩線”（運河線與運西線），加大運河線工程建設力度，加快運西線工程前期工作，逐步擴大調水規模，保證整體工程建設工期；三是抓“兩塊”（調水工程和治汙工程），堅持調水工程和治汙工程同步實施，保證水量和水質兩個目標。
（二）總體安排原則
根據總體建設思路，在工程實施安排上，統籌考慮工程前期工作周期、工程建設條件和效益發揮等多方麵因素，堅持實事求是、科學合理的原則，優先安排沿運河線工程和截汙導流工程，提高供水能力；加大前期工作組織力度，盡快開工運西線和控製工期工程；適時安排涉及麵較廣的影響工程，保證工程順利建設，及時發揮工程效益。
二、建設目標
第一步，到2008年底，實現南水北調東線一期工程通水目標，具備向南四湖調水條件。全麵建成寶應站、淮安四站、劉山站、解台站和藺家壩站，基本完成淮陰三站和江都站改造工程，抽引江水、入下級湖規模分別達500立方米/秒和75立方米/秒，多年平均入下級湖水量可由現狀3億～4億立方米提高至相機入下級湖11億立方米。如山東境內韓莊運河線三級泵站建成，實現抽江、入下級湖規模分別達500立方米/秒和200立方米/秒，多年平均可相機入下級湖13億立方米；如二級壩站建成，抽引江水、入下級湖、入上級湖規模分別達500立方米/秒、200立方米/秒和125立方米/秒，多年平均可相機入下級湖19億立方米、入上級湖7億立方米。
第二步，到2011年，全麵建成泗陽站，劉老澗二站，皂河一、二站，考慮山東境內韓莊運河線三級泵站及二級壩站建成，實現抽引江水、入下級湖、入上級湖規模分別達500立方米/秒、200立方米/秒和125立方米/秒，多年平均可相機入下級湖24億立方米、入上級湖11億立方米。