時隔不久，嘉靖初年又進行了一次大規模的禦杖。事情的起因是：武宗朱厚照駕崩，他無子可以繼承帝位，於是由皇太後張氏做主，將孝宗朱礻右樘的弟弟興獻王朱礻右的兒子朱厚過繼給孝宗，作為嗣子，這樣他就算是武宗的弟弟，可以繼承帝位。朱厚就是世宗嘉靖皇帝。他即位後要稱孝宗為父，而應稱親生的父母為“本生父母”，但嘉靖登基後的第一件事，就是下旨去掉“本生”的稱呼，並給親生父親追封皇帝的諡號。他的意思顯然是不願再做孝宗的嗣子，因此，群臣輿論嘩然，認為世宗的做法不合大禮。於是，以尚書金獻民、侍郎何孟春為首，一共計二百二十九位朝臣，一起跪在左順門進諫，勸皇帝改變主意。這就是明朝曆史上著名的“議大禮”事件。從早晨至中午，世宗兩次傳旨，眾官仍然跪地不起。嘉靖大怒，命令錦衣衛將為首者逮捕。修撰楊慎、檢討王元正等人用力搖晃左順門的門扇，放聲大哭。世宗更加憤怒，又命人把四品以下的朝臣馬理、王相、毛玉、張日韜等一百三十四人拘禁，五天後又將其中的十六人在午門施行禦杖。又過四天，又將修撰楊慎等七人再杖打一次。被禦杖的一百三十四人中，共被打死十七人。
“議大禮”風波之後，世宗恐大臣不服，仍然不斷使用禦杖。嘉靖十二年(1533)，郭君弼上書言星變事，觸怒世宗，被逮送錦衣衛獄，用夾棍、拶指拷逼近百次之後，又拉到午門施行禦杖責打，直打得兩腿露出白骨。嘉靖十三年(1534)，世宗派武定侯郭勳替他到太廟祭祀，給事中張選上疏進諫，世宗不悅，命令將張選押到午門，禦杖八十。世宗親自坐鎮文華殿監杖，每一個校尉行杖完畢，都必須把杖責的情況報告給他，行刑用的竹杖都打斷了三根。打完之後，張選已經氣絕休克。世宗叫人把張選拖走，仍然餘怒未息，耿耿於懷。張選被抬到家中，家人給他灌藥，才慢慢蘇醒過來。嘉靖朝“四十餘年間，杖殺朝士，倍蓰前代”，“天下莫不駭然。”
嘉靖以後，直至明末禦杖未斷。隆慶二年(1568)穆宗朱載重禦杖給事中石星，杖責後又將他削職為民。萬曆五年(1577)，神宗朱翊鈞的輔命大臣張居正的父親死了，因為當時皇帝年幼，張居正身負重任，他不願丟開權力回原籍為父親守孝，這便是曆史上所謂的“江陵奪情”事件。按照封建道德標準評判，張的行為顯然不合規範。於是編修吳中行、檢討趙用賢、刑部員外郎艾穆、右都禦史沈思孝、進士鄒元標等人，先後上疏進行彈劾。張居正以權謀私，勾結宦官馮保，對彈劾他的人予以反擊。於是，就讓小皇帝傳旨，用棍棒或竹杖禦杖上疏的朝臣。吳中行等人身上穿著囚衣，用繩索綁住手腕，被押出午門。午門前的空場上，百名校尉衣甲鮮麗，手執木棍左右排列。司禮監太監宣讀了萬曆皇帝的批示之後，在午門西側台階下左側就坐，錦衣衛指揮使在右側就坐，手下聽候差遣準備行刑的有數十人。不一會兒，校尉把應受禦杖的犯官拉過來一個，讓他在指定的位置臉朝下趴在地上，掀起上衣，褪下褲子，露出屁股和大腿。司禮監太監命令：“擱棍!”兩旁排列的校尉齊聲大喝：“擱棍!”這時，有一人拿著一根大竹杖走出隊列，將禦杖放在即將被打者的大腿上。校尉們又按照司禮監太監的命令齊聲大喝：“打!”於是，行刑者把禦杖高高舉起，打犯官的屁股。打三下之後，校尉們又大喝“著實打!”行刑者更加用力。打的中間，校尉們有時會按照司禮監太監的眼色，大喝“用心打”!這是暗示行刑者往死處打，行刑者心領神會，打得更加凶狠。每打五下，行刑者要換一個人，校尉們照樣用吆喝聲傳達太監的命令。每次喝令時，都是先由一人發令，然後百名校尉齊聲附和，喊聲震天動地，正在挨打的和等待挨打的犯官們莫不膽戰心驚，兩腿發抖。