三、補償對象
水是一種稀缺性資源。在市場環境條件下，如果確定了市場由供給方（相關水管單位）和需求方（進行農業生產的農戶）來構成，那麼在農業用水有償使用的前提下，水價改革的影響主體主要是農戶和水管單位，直接影響到兩者的利益和收入，故農業供水成本補償的對象隻能是農戶和水管單位。
農業供水補償到供水單位的方式，從江水北調長期實踐情況看，簡單易行，效果也比較好，適合蘇北地區農業生產的特點。補償資金直接用於供水工程的維護、更新、改造，以彌補由於水價不到位而造成的資金缺口，保證供水工程良性運行。另外，按WTO有關協議明確規定，對於農業資金支出隻能用於農業基礎設施工程項目的建設，不得用於對農業生產者提供直接的補貼，也就是說不能把錢直接補給農民。所以針對農業和農村經濟發展的階段性特點，通過對供水單位實行補貼的辦法是解決供水成本不能足額到位的一條可行之路。
考慮以上因素，南水北調東線工程江蘇受水區農業供水幹線成本省財政補償的對象以省屬管理單位為主，對於一些計量條件較好的灌區，也可以直接補償到灌區管理單位；市縣財政補償的對象以灌區管理單位為宜，同時，補償額度要與用水總量控製、定額管理相結合，要體現激勵節約用水的政策，以促進節約用水，提高用水效率。計量水費可以補償到農戶。
四、補償渠道
隨著社會主義市場經濟體製的建立和水利改革不斷深化，應建立政府與市場相結合、財政無償投入與有償使用相結合的水利工程供水補償機製。補償的渠道主要有以下幾個方麵：
（一）優惠電價
經過改革開放以來大規模的電力建設，江蘇的供用電水平有了根本性的改變。2006年江蘇全社會用電量達2570億千瓦·時，是1985年用電量的10倍。現狀江水北調工程年均用電量3.5億千瓦·時，為2006年全社會用電量的1.36‰。為扶持農業，江蘇對江水北調工程實行了由省級財政負責工程建設、運行、維修和改造費用的政策。同時，國家和江蘇一直對江水北調用電實行優惠電價。1999年江蘇全省實行統一銷售分類電價，貧困縣排灌電價為0.269元/千瓦·時，2006年7月調整為0.288元/千瓦·時，約為非農工業電價的40%以及農業生產電價的69%。盡管江水北調的運行費用是由省財政支付的，但由於實行優惠電價，大大減輕了省財政的直接負擔。如果過度依靠省財政這一個優惠渠道，則將可能使財政不堪重負，勢必影響工程的正常運行。電力通過優惠電價給予了持久、大強度的支持，成為該工程效益發揮的基礎性條件。
南水北調東線一期工程利用江蘇省現有江水北調工程6個梯級上的13座泵站（包括4座加固改造泵站）和新建13個梯級上的21座泵站，總裝機容量36.62萬千瓦，多年平均用電量9.33億千瓦·時，多年平均裝機容量利用小時達到3700～5000小時，有條件多用低穀電，少用或不用高峰電。江蘇受水區主要供水對象是農業和蘇北地區，一方麵，農業是弱質行業，解決“三農”問題是我國長期麵臨的艱巨任務，政府需要從提供廉價的灌溉水源等方麵，為農業發展提供服務；另一方麵，蘇北地區麵積和人口均占全省的2/3，而經濟總量隻占1/3，大部分屬於貧困縣，要加快蘇北發展，縮小南北差距，提供水資源保障是基礎。因此，南水北調東線一期工程江蘇受水區仍可享受優惠電價。