（二）財政扶持
主要是通過國家或地方財政補償。公共財政是與市場經濟相適應的一種財政模式，是彌補市場失靈的財政。對農業供水成本的補償應以公共財政理論為基礎，加大政府財政投入的力度。財政補償方式就是通過政府宏觀調控方式對利益受損地區進行利益補償，主要補償形式有：
（1）財政轉移支付形式的補償。這種補償主要是財政補償。為支持蘇北農村稅費改革順利推進，針對農村稅費改革後鄉村兩級財力缺口較大的問題，中央和省級財政決定每年向蘇北轉移支付7億元。這種方法同樣適應於經濟欠發達且利益受損地區的水資源利益補償。
（2）工程補償。補償供水工程的維護、更新、改造、新建和擴建，彌補低水價帶來的工程消耗。
（3）水費總額補償。這種方式的利益補償主要是指政府有關部門在綜合考慮地區利益受損的程度及經濟發展的實際，對地區上繳的水費進行減免，並規定減免部分的水費專項用於水源工程（包括灌區）的管理和建設。
（三）南水北調基金
自2006年1月1日起執行的《江蘇省南水北調工程基金籌集和使用管理實施辦法的通知》明確指出，江蘇省南水北調工程基金屬政府性基金，全省直接從江河、湖泊或地下取用水資源的單位和個人，均須繳納南水北調工程基金，對農村中的農民生活用水和農業生產用水暫不征收。南水北調工程基金在現行地表水水資源費征收標準上提高0.07元/立方米籌集，即全省地表水水資源費征收標準由0.13元/立方米調增到0.2元/立方米；地下水水資源費征收標準相應調增0.07元/立方米，財政在征收期內每年安排1億元。新調增的水資源費由省級按定額集中，專項籌集南水北調工程基金。全省每年上繳基金額度為3.446億元。
根據國務院辦公廳《南水北調工程基金籌集和使用管理辦法》（國辦發[2004]86號）規定，“南水北調工程主體工程建設所需基金在工程建設期內籌集，償還部分銀行貸款本息所需基金在工程建設期滿後籌集。工程建設期滿後的基金征收期限和償還部分貸款本息所需基金規模，由國務院南水北調辦公室會同6省市人民政府在主體工程建成時提出意見，經國家發展和改革委員會、財政部、水利部審核後報國務院確定”。按照以上規定，如還貸期基金征收標準和征收額不變，除用於調水工程還貸後，還可以用於輸水幹線工程農業供水成本補償。
（四）以工補農籌集資金
通過調整供水結構和工農業用水的比價關係，建立價格補償機製，實現工業反哺農業、城市支持農村的戰略目標。一是有條件的地方要改變灌溉方式，利用節水技術，完善渠道工程和計量設施等辦法實現農業節水來擴大工業和城市用水，加大非農業用水的比例，實現供水結構的戰略性調整；二是積極協調價格主管部門，提高非農業用水的價格。三是在工業和城鎮生活用水中附加費用。在工業用水和城鎮生活用水的水價中增加一部分專項附加基金，作為對農業水權占用的利益補償，專項籌集農業供水補償資金。這樣也能正確引導水資源配置，既保證農業的穩定發展和農民的利益不受侵犯，又能促進工業和城鎮居民節約用水，提高用水效率。