南水北調工程建設管理體製的總體框架主要分為政府行政監管、工程建設管理和決策谘詢三個方麵。
（一）政府行政監管
國務院南水北調工程建設委員會，作為工程建設高層次的決策機構，決定南水北調工程建設的重大方針、政策、措施和其他重大問題。國務院南水北調辦公室作為建設委員會的辦事機構，負責研究提出南水北調工程建設的有關政策和管理辦法，起草有關法規草案，協調國務院有關部門加強節水、治汙和生態環境保護，對南水北調主體工程建設實施政府行政管理。
（二）工程建設管理
工程沿線各省、自治區、直轄市成立南水北調工程建設領導小組，下設辦事機構，貫徹落實國家有關南水北調工程建設的法律、法規、政策、措施和決定；負責組織協調征地拆遷、移民安置；參與協調省、自治區、直轄市有關部門實施節水治汙及生態環境保護工作，檢查監督治汙工程建設；受國務院南水北調辦公室委托，對委托由地方南水北調建設管理機構管理的主體工程實施部分政府管理職責，負責地方配套工程建設的組織協調，研究製定配套工程建設管理辦法。
南水北調工程建設組織以南水北調工程項目法人為主導，包括承擔南水北調工程項目管理、勘測設計、監理、施工、谘詢等建設業務單位的合同管理及相互之間的協調和聯係。
南水北調工程項目法人是工程建設和運營的責任主體。建設期間，主體工程的項目法人對主體工程建設的質量、安全、進度、籌資和資金使用負總責；負責組織編製單項工程初步設計；協調工程建設的外部關係。承擔南水北調工程項目管理、勘測（包括勘察和測繪）設計、監理、施工等業務的單位，通過競爭方式擇優選用，實行合同管理。
（三）決策谘詢
成立南水北調工程建設委員會專家委員會，主要任務是對南水北調工程建設中的重大技術、經濟、管理及質量等問題進行谘詢，對南水北調工程建設中的工程建設、生態環境、移民工作的質量進行檢查、評價和指導，有針對性地開展重大專題的調查研究活動。
三、水資源管理體製創新勢在必行
水資源是基礎性的自然資源和戰略性的經濟資源，早在1988年世界環境與發展委員會（WCED）所提出的一份報告中就指出：“水資源正在取代石油而成為在全世界引起危機的主要問題。”隨著經濟社會的迅猛發展，工業化、城市化進程的日益加快，迫切需要以水資源的可持續利用來支撐和保障經濟社會的可持續發展。加強水資源管理，推進水資源的優化配置，是實現水資源可持續利用的重要舉措，也是全麵貫徹科學發展觀，努力構建社會主義和諧社會的重要內容。
新中國成立以來，我國的水資源管理體製已經曆了一係列的演變過程，但現行的管理體製仍存在著一些問題，具體可歸納為：①實踐中不能協調好水資源利用與保護的關係，水資源管理中權利與義務主體不明。②我國的行政管理從國家級政府部門起，就產生了權力分割、政出多門的管理格局，導致在下級和各地方機構也產生相應的權力分割或職能重疊。③流域的區域之間、群體之間和個體之間追求資源的短期效益，出現資源利用與保護方麵的矛盾。
完善的江水北調體係及其成功實踐，催生了南水北調東線工程的規劃與建設。同時，也帶來了許多現實的問題和矛盾，以江蘇省為例，省內用水與省外調水、江水北調前提下的政府貼補用水與南水北調前提下的市場用水、現有的江水北調政府調度管理與將來的南水北調項目法人調水北送、政府公共服務的單一性與項目法人效益指向的多重性（既要保證公共服務，同時講究自身效益等），等等。這些矛盾也可以看成是生產力和生產關係之間的矛盾，當南水北調的水資源調度和管理關係不能很好適應經濟社會發展和老百姓需求時，就需要進行關係上的調整，需要管理上的變革。