因此，南水北調工程的水資源配置與管理體製應該改變傳統單一的行政配置和管理方式，發揮政府和市場各自的比較優勢，在行政基礎上，引入市場機製，即在行政與市場之間找到一條通道來協調管理與配置水資源，即“準市場”機製。
四、“準市場”原則下的工程運作
工程項目采取何種建設管理模式與項目的特征、投資主體、實施環境等密不可分。南水北調建設管理模式的確立，離不開南水北調自身特征和建設實際的需要。
鑒於我國市場機製對資源配置的基礎性作用尚未充分體現，企業也沒有成為真正意義上的市場主體。與此同時，地方政府在區域經濟事務中的決策空間卻得到拓展，就其掌握的資源和承擔的職能而言，實際上已成為具有獨立利益和行為目標的“準市場主體”。地方政府的企業化行為在一定程度上對啟動和推進市場化改革起了積極作用，但是地方政府的行為企業化容易導致其過多地介入微觀經濟活動，這不利於轉換政府職能，不利於明晰產權。同時，地方政府的“默許”行為，有時會造成宏觀調控不力，不利於經濟的有序運行。而南水北調工程屬於跨流域配置水資源的供水工程，工程既有公益性，又有經營性，其建設管理體製既不能沿用計劃經濟體製下的“政府建設，用水戶無償用水”，當然也不能采用完全市場化的“市場配置”。
南水北調工程將采用“政府宏觀控製、股份製運作、企業化管理、用水戶參與”的模式，在以國家投資為主的前提下，國家控股、統一調度，政府的宏觀調控作用是決定性的；地方根據出資額度占有股權並擁有相應的水使用權，體現“誰投資，誰受益”和“誰用水，誰出資”的原則；通過授權經營建立的項目法人負責製，按照企業化管理，實現良性循環和國有資產的保值增值；作為直接受益的用水戶，將參與投資、管理、協調，享有知情權、監督權。
南水北調作為供水工程將形成一個大範圍的水交易“準市場”，合理的水價是促進工程效益、實現良性循環的經濟基礎。建立有關的供水公司，按企業化模式進行操作。工程借鑒國內外成功經驗，按照供水成本分攤的方式，考慮用水戶承受能力等因素，確定完整水價由資源水價、工程水價和環境水價組成。通過水價改革，促進節水，提高水的使用效率，防治水汙染和改善生態環境，實現水資源的優化配置，達到水資源可持續利用的目的。
國家和江蘇省共同出資設立組建了南水北調江蘇水源公司作為項目法人承擔南水北調東線一期工程江蘇省境內工程的建設和運行管理任務，負責債務償還和資產保值增值，並保證向北方供水的水量和水質。由於江蘇水源公司的管理和運營涉及省際水事，水利部淮委會派出代表作為獨立董事參加董事會。鑒於南水北調東線江蘇境內工程是在江蘇省江水北調基礎上建設的，僅增加了向北出省調水的功能，仍保留著原有多功能和公益性特點，除了供水功能以外，還兼有防洪、除澇、生態保護等公益性服務功能，具有顯著的社會效益和生態效益；而且江蘇境內增加的供水量大部分是農業用水，水價在短期內也難以達到還本付息、補償成本、合理收益的目標，為有利於統一調度，統籌兼顧和平衡城市生活、工業及農業用水，協調發揮工程綜合效益，便於工程運行管理，南水北調東線江蘇水源公司由江蘇省負責管理。