在對已建成多年的山東引黃濟青工程、山西引黃入晉工程和在建的遼寧大夥房輸水工程等調查和總結經驗教訓的基礎上，以及對實行兩部製水價（水費）和實行單一的計量收費做了反複研究和比較後認為，如果南水北調工程采用單一計量收費方式，可能存在較大的經濟和生態風險，主要是：工程建成後，地方和企業寧願繼續大量超采成本較低的地下水，而基本不用水價相對較高的南水北調水，工程運行初期用水量過少，調水能力過多閑置，工程不能良性運行，銀行貸款的償還也難以保證，同時，也不利於受水區配套工程加快建設和良性運行，目前因超采地下水引起的生態惡化狀況仍得不到改善。
兩部製水價由基本用水費和計量水價兩部分組成，既保證工程基本運行費用，也兼顧用水方對分配水量的消化過程，實際上是供用雙方風險分攤和責任共擔的水價機製。
實行兩部製水價，有利於保證落實地方經濟責任，保證工程正常運營和還本付息；有利於促進地方加快配套工程建設，尤其是消化基本用水量的配套工程建設，縮短達產期，防止繼續超采地下水，有效遏製城市工業和生活用水擠占生態和農業用水；有利於防範可能出現的經濟風險和生態風險。
四、東線一期工程幹線兩部製水價
根據《水利工程供水價格管理辦法》（國家發展和改革委員會、水利部第4號令），南水北調東線工程在全成本核算的基礎上采用兩部製水價製度，基本水價按補償供水直接工資、管理費用和50%的折舊費、工程維護費的原則核定，計量水價按補償基本水價以外的其他成本費用的原則核定。
五、實施兩部製水價的基本條件
兩部製水價與現行的單一製水價製度相比，改革了水價計價方式，是一種科學的水價製度。兩部製水價製度的實施，除了需要具有足夠的計量設施、穩定的供水規模和較強的經濟承受能力等基礎條件，還需要各級政府和用水戶支持和理解，才能收到預期的效果。
（一）具備較完善的計量設施
兩部製水價實施的一個重要方麵就是要對水量進行準確的計量，安裝足夠的計量設施進行有效的控製和準確的水量計量是推行兩部製水價的重要前提。如果計量設施不健全，水量無法進行有效的計量，容易造成供用雙方之間的矛盾，水費收取困難，不僅不能充分發揮兩部製水價的作用，甚至可能使得供水單位陷入經濟困境。所以安裝完善的計量設施，實現用水計量化，按規範測量水量，並使得計量數據得到供用雙方的認可，這也是推行兩部製水價製度最根本的技術措施和控製手段。
（二）具備穩定的供水能力和較高的供水保證率
兩部製水價設定了基本水價，用水戶繳納了基本水費，相當於供水經營者與用水戶之間有了契約，而且基本水費在某種程度上講是對供水工程供水能力的付費，供水單位必須滿足用水戶的基本供水，所以供水單位需要具備較為穩定的供水能力和較高的供水保證率。
根據實地調查，一般大中型水利工程實施兩部製水價具有優勢。大中型水利工程供水範圍大，自身有較強的水量控製能力，也有條件建立比較完善的水費計收係統和財務管理係統，大中型供水工程實行兩部製水價製度可以使得供用水雙方利益都能得到均衡產生的效益大，對社會的影響比較廣泛；小型水利工程供水量小而且不穩定，水費收入少，而且由於水量少，水價製定比較困難，所以應在大中型水利工程中率先推行兩部製水價製度。
（三）用水戶具有較強的經濟承受能力
實行兩部製水價時要充分考慮地區的經濟發展程度和用水戶的承受能力。由於我國投融資體製的限製，國家投入不足，水利供水工程基礎設施較差。兩部製水價的實施需要對供水設施進行更新改造，完善計量設施，都需要大量的資金投入，單靠供水工程本身和農戶投入很難完成支渠以下輸水配套工程的建設和必要的計量設施的安裝和維護，而中央財政又難以對該部分投資，所以當地政府必須具備一定的經濟承受能力，增加對水利工程資金的投入和扶持，為順利推行兩部製水價創造良好的外部環境。
（四）供水經營者具有較高的管理水平
供水經營者要加強自身管理，提高管理人員素質，改進管理和計費手段，增強服務意識和服務水平，對成本進行嚴格核算，製定雙方都可接受的水價，積極向用水戶進行用水政策的宣傳和解釋，轉變人們的用水觀念，為順利實施兩部製水價營造一個良好的環境。
兩部製水價製度是科學的計價模式，它通過設立基本水價和計量水價實現供水單位和用水戶雙贏。但是由於水商品的特殊性及基本水價的存在，與用水戶習慣的計價方式相衝突，所以推行兩部製水價需要各級政府的理解、支持和配合，依靠政府的權威，積極進行宣傳，改變用水戶的用水觀念。