2.現有工程
南水北調東線工程是在江蘇省江水北調工程基礎上向北擴建和延伸的，沿線利用了大量已有河道、泵站、湖泊等，這些工程一般都具有調水、除澇、航運等綜合利用功能，南水北調東線第一期工程隻承擔其中應分攤的部分。
第一層次分攤：現有泵站主要有調水、除澇、航運等綜合功能，調水分攤係數采用調水抽水量占各目標抽水量總和的比，並考慮其他因素確定。例如江都站規劃調水量為70.14億立方米，1989年到1998年平均年排澇抽水量為9.72億立方米，計算分攤係數為87.83%，考慮到江都站還有為航運補水的功能，采用分攤係數為85%。現有河道工程一般有調水、防洪除澇、航運等功能，采用功能分析法計算分攤係數，調水分攤係數為1/3。
第二層次分攤：現有泵站工程采用現狀裝機利用小時數和規劃裝機利用小時數進行分攤，增加調水分攤係數為規劃比現狀增加利用小時數與規劃裝機利用小時數之比。現有河道工程增加調水分攤係數采用現狀河道輸水量和規劃輸水量進行分攤，增加調水分攤係數為規劃比現狀增加輸水量與規劃輸水量之比。
（二）各區段供水總成本費用分攤
按照“誰受益、誰分攤”的原則，隻為某一地區服務的工程，其成本費用由該地區獨自承擔，同時為兩個或兩個以上地區服務的工程，其成本費用由受益地區按受益大小分攤，各地區受益大小按供水量比例確定。
各區段分攤到的供水總成本費用除以該區段的淨增供水量即為該區段的單方水供水成本。第一期工程江蘇境內調水出駱馬湖的成本為0.26元/立方米，調水出下級湖的成本為0.34元/立方米；山東境內調水出下級湖的成本為0.35元/立方米，調水出東平湖的成本為0.57元/立方米，調水到小清河分洪道子槽引黃濟青上節製閘的成本為1.06元/立方米，調水到臨清的成本為0.86元/立方米，調水到德州的成本為1.23元/立方米，全線平均為0.48元/立方米。
四、東線一期工程幹線水價
根據國家發改委、水利部聯合頒布的《水利工程供水價格管理辦法》的規定：“利用貸款、債券建設的水利工程，供水價格應該使供水經營者經營期內具備補償成本、費用和償還貸款、債券本息的能力並獲得合理的利潤”，“農業用水價格按補償供水生產成本、費用的原則核定，不計利潤和稅金。非農業用水價格在補償供水生產成本、費用和依法計稅的基礎上，按供水淨資產計提利潤，利潤率按國內商業銀行長期貸款利率加2～3個百分點確定”。由於南水北調東線工程是解決我國北方地區水資源嚴重短缺問題的重大戰略舉措，是一項關係到受水區經濟社會可持續發展的特大型基礎設施工程，公益性很強，對農業供水價格需專門進行探討。非農業水價按淨資產利潤率1%計算。