（二）治汙工程
江蘇省南水北調工程建設領導小組辦公室（簡稱“江蘇省南水北調辦公室”）負責治汙工程的總體協調。根據《南水北調東線江蘇段控製單元治汙實施方案》，江蘇省發展和改革委員會負責綜合整治項目的監督指導工作，江蘇省建設廳負責汙水處理廠的監督、指導和管理工作，江蘇省環保廳負責工業點源項目的建設、指導工作。截汙導流工程由相關市成立項目法人，江蘇省南水北調辦公室負責監督指導。
（三）征地移民
南水北調工程建設征地補償和移民安置工作，實行“國務院南水北調工程建設委員會領導、省級人民政府負責、縣為基礎、項目法人參與”的管理體製。有關地方各級人民政府確定了相應的主管部門，承擔本行政區域內南水北調工程建設征地補償和移民安置工作。江蘇省南水北調辦公室負責工程建設中征地拆遷、移民安置工作的組織協調、監督檢查等。揚州市、淮安市、徐州、宿遷市、省農墾集團以及相關縣（區）、鄉（鎮）人民政府先後相應成立了南水北調工程建設辦公室和征地補償移民安置及實施辦事機構，下設綜合、財務、征地拆遷安置、宣傳報道、紀檢監察、工程建設、信訪等相關工作組，在各級政府的領導下具體負責組織本行政區域內的移民安置實施。為明確各自職責，省、市、縣之間層層簽訂了征地補償和移民安置責任製及任務投資包幹協議，明確了工作任務、目標、要求和職責，在各級政府的領導下，建立了與南水北調征遷安置工作有關的高效協調機製，協調解決南水北調征地補償與移民安置實施中的相關問題。
四、江蘇境內工程組織工作機製
建設好南水北調工程，既是國家發展的大局，也是江蘇省經濟社會發展的需要。江蘇省委、省政府高度重視南水北調工程建設，省政府多次召開常務會議和省長辦公會議，專題研究南水北調工程建設中的重要問題。省領導多次深入工程一線檢查指導、現場辦公。省各有關部門和工程沿線黨委、政府主動配合，全力支持，為南水北調工程的順利推進提供了重要保證。一是加強江蘇省南水北調工程建設領導小組的決策與協調作用，對於工程建設總體目標、年度實施計劃、征地補償標準、治汙資金籌措、運行管理體製機製等重大問題，及時提交領導小組研究決策，省各有關部門和地方政府各司其職，協同推進工程建設；二是加強與省有關部門和地方政府的工作協調，在節水型社會建設、水汙染防治、工程用地、基金征收使用管理等方麵，建立起有效的協調聯絡機製，及時解決工程建設中的矛盾和問題，與公安機關建立多層次的聯席會議製度，成立工地警務室，及時化解因征地補償、移民安置、工程施工等引發的社會矛盾糾紛，維護工程建設的良好環境；三是加強江蘇省南水北調辦公室、江蘇水源公司與省水利行政主管部門之間的工作協調，堅持把南水北調工程建設納入全省水利重點工程建設一盤棋，在工程建設、運行管理、基金征收等方麵形成合力。通過進一步加強聯席會議等製度，實現統一部署，分工負責，密切配合，共同組織好江蘇境內南水北調工程建設的各項工作；四是加強廉政建設。南水北調工程投資大、影響大，事關國計民生。江蘇省南水北調辦公室立足建設優質工程、廉潔工程，加強對工程建設市場、招投標活動、工程質量的協調指導和監督管理。江蘇水源公司充分發揮項目法人的責任主體作用，對調水工程的質量、安全、進度、籌資和資金使用管理負總責。江蘇省委紀委、監察廳南水北調工程紀檢監察派駐組，對工程建設進行全方位的執法監察，確保工程安全、資金安全和幹部安全。