江蘇省南水北調工程建設領導小組下設辦公室掛靠省水利廳，負責領導小組日常工作，主要工作職責是貫徹落實國家和省關於南水北調的工作部署和決策，負責工程規劃、總體可行性研究等前期工作，負責征遷安置、治汙環保、文物保護等組織協調和督促檢查工作，並受國務院南水北調辦公室委托，對工程建設進行行政監管。江蘇境內工程輸水幹線沿線揚州、淮安、宿遷、徐州市亦成立相應的組織領導機構，負責組織和協調區域內的工程建設，及時解決工程實施中的矛盾和問題。
為了加強工程建設管理的外部監督，江蘇省委紀委、監察廳專門成立了駐南水北調工程紀檢監察工作派駐組，負責對工程建設的全過程進行監察、監督。
三、項目法人和建管模式
（一）調水工程
為保證江蘇境內南水北調工程建設按計劃規範有序實施，國務院南水北調建設委員會和江蘇省人民政府批複成立南水北調東線江蘇水源有限責任公司（簡稱“江蘇水源公司”）。2004年7月，國務院南水北調辦公室批複同意《南水北調東線江蘇水源有限責任公司章程》。按照有關程序，2005年3月29日經江蘇省工商行政管理局登記注冊。
江蘇水源公司是國家和江蘇省人民政府共同出資設立的國有獨資企業，是江蘇省人民政府授權的國有資產投資主體，承擔國有資產保值增值責任，對投資企業行使國有資產出資人職能。在工程建設期，主要承擔工程建設項目法人職責，負責江蘇省境內南水北調工程建設管理，負責組織編製單項工程初步設計，負責落實工程建設計劃和資金，負責對工程質量、安全、進度和資金進行管理；工程建成後，負責江蘇省境內南水北調工程的供水經營業務，從事相關水產品的開發經營。
2005年前，為加快南水北調工程建設步伐，經國務院南水北調辦公室同意，江蘇省水利廳成立江蘇省南水北調三陽河潼河寶應站工程建設局，具體負責南水北調三陽河、潼河和寶應站工程的建設管理工作；成立江蘇省南水北調劉山解台站工程建設處，具體負責劉山站和解台站工程的建設管理工作。為確保在建工程順利實施，江蘇水源公司批準成立後，有步驟地對處於建設中的三陽河潼河寶應站工程和劉山解台站工程進行有效管理。
2005年後，江蘇水源公司通過直接組建、委托建設及選擇專業化項目管理機構實行代建等模式組建單項工程現場建設管理單位，提高建設管理效率及水平，降低管理成本，成立了江蘇省南水北調淮陰三站淮安四站工程建設局，具體負責淮陰三站、淮安四站及輸水河道工程的建設管理工作。其中對征遷難度大、施工戰線比較長的淮安四站輸水河道工程委托揚州市、淮安市組織實施。對技術要求高、施工難度大的淮陰三站工程，選擇技術力量較強的省水利勘測設計院有限公司組織實施。淮安四站工程由江蘇水源公司直接組織建設。針對江都站改造工程新老工程結合比較緊，施工比較複雜的特點，與江蘇省江都水利工程管理處聯合組建成立了江蘇省南水北調江都站改造工程建設處，較好地處理了工程加固和運行的關係。對省際邊界工程，根據省部協調意見精神，由江蘇水源公司委托淮委會治淮工程建設管理局成立南水北調東線工程建管局組織實施。該局已組建成立藺家壩站工程建設處、駱馬湖水資源控製工程建設處、南四湖水資源工程建設處，具體負責上述邊界工程的現場建設管理。
2008年10月31日，國務院南水北調工程建設委員會第三次全體會議提出全麵加快南水北調工程建設步伐後，江蘇水源公司於2009年上半年組建成立了劉老澗二站、泗陽站和泗洪站三個設計單元工程建設處，分別負責三項工程的現場建設管理。