（三）初步設計組織方式
為保證工程建設順利實施，對於河道工程、影響處理工程和加固改造工程，由於情況複雜，協調量大，初步設計采取直接委托方式；對於新建泵站工程初步設計以招標為主，部分泵站工程考慮到工期較緊，招標周期長，亦采用委托方式；對於涉及供電、交通、移民安置等專項設施初步設計，采用委托專業設計單位的方式。
（四）初步設計進展情況
根據初步設計組織方案和下達的投資計劃，2005年下半年以來，江蘇省南水北調辦公室和江蘇水源公司有序組織開展了21個設計單元工程的初步設計。已完成15個，其中揚州、淮安、宿遷、徐州四市的截汙導流工程及第一、二批控製性文物保護方案已經批複，正在組織實施；泗洪站、泗陽站、劉老澗二站、皂河一、二站等5個設計單元工程，國務院南水北調辦公室已於2009年上半年正式批複；高水河整治、駱南中運河、淮安二站及金湖站等4個設計單元工程的初步設計已於2008年下半年由水利部水規總院完成預審；除金湖站外，其餘8個設計單元工程的初步設計已分別於2008年10月、2009年2月下旬由水利部水規總院完成複審。工程管理總體設計已完成，已於2009年上半年上報國務院南水北調辦公室待批。
另外，金寶航道、徐洪河影響處理、沿運閘洞漏水處理和睢寧二站工程等4個設計單元初步設計正在編製，洪澤站、邳州站2個設計單元初步設計公開招標已經完成。剩餘6個設計單元工程主要是涉及麵廣、協調量大的綜合性工程，正在開展有關重點和難點問題研究，包括調度運行係統、裏下河水源調整、洪澤湖抬高蓄水位影響處理工程、南四湖抬高蓄水位影響處理工程及血吸蟲北移防護專項工程。配套工程規劃已基本完成基礎資料搜集整理工作，各專題研究也陸續啟動。
（五）初步設計計劃安排
根據南水北調建設委員會第三次會議確定的“東線一期工程2013年全麵完成”的總體建設目標及江蘇境內工程階段建設目標，江蘇境內南水北調剩餘工程初步設計工作計劃在2009年全麵完成，分5批進行報審報批。
第一批，泗陽站、劉老澗二站、皂河一、二站及泗洪站5個設計單元已於2009年5月前完成技術方案審查及概算核定並批複。
第二批，已經預審的駱南中運河影響處理、高水河整治及淮安二站改造3個設計單元工程已於2009年1月報國務院南水北調辦公室審批。
第三批，金寶航道、金湖站、裏下河水源調整、血吸蟲北移防護及管理設施專項5個設計單元工程於2009年4月完成並報審，計劃於2009年10月前批複。
第四批，徐洪河影響處理工程、睢寧二站、洪澤站、邳州站4個設計單元工程計劃於2009年8月完成並報審，2010年3月前批複。
第五批，調度運行係統、沿運閘洞漏水處理、洪澤湖和南四湖抬高蓄水位影響處理工程4個設計單元工程計劃於2009年12月完成報審，2010年7月前批複。