在南水北調東線一期工程調水規模下，因調水量隻占長江下遊總徑流量的0.5%～1.0%，長江口地區生態環境不會因調水產生明顯變化，對水生生物和魚類不會帶來不利影響；在實施二期工程調水規模並經多年調水情況下，對長江口及長江口以外近海區水生生物及魚類的影響，尚需進行實驗生態學和生態經濟的長期監測和深入研究。調水後黃河以南沿輸水幹線調蓄湖泊的平均蓄水位將有所抬高，水麵擴大，水環境改善。從總體上看，浮遊動植物的種類及數量將略有上升，優勢種群將發生局部調整，但不會發生顯著變化，湖泊漁業潛力不會下降，底棲動物種類及數量也將略有上升。對黃河以北用於調蓄被調水量的窪澱，調水後將增加2萬公頃水麵，有利改善水生生態環境，增加水產品產量和產值。水生維管束植物的麵積、密度及總生物量將會有所下降，對魚類的生長十分有利。從長遠看，隨著調水量的增加和向北延伸，調蓄湖泊的水生生物在數量上及種類上的差異將會逐漸縮小，同時長江流域的水生生物也可進入各調蓄湖泊。
五、南水北調工程施工對生態環境的影響
南水北調東線工程的施工會對沿線的生態環境造成一定的破壞，對水生生態環境而言，擴挖和疏浚工程會損傷部分水生動植物，造成一定的生物量損失，使自然生態係統生產力受影響，但研究成果表明，係統生產力的損失在係統可承受的範圍內。對陸生生態環境而言，工程施工占地會破壞自然植被，造成係統生物量損失，其損失量也在係統承受範圍內。同時，工程棄土堆放會在河道和南四湖形成墊堤，對水陸生生物的能流、物流造成一定的阻隔，但這些影響都是局部的，不會造成大的損失。工程施工將侵占部分動物的棲息地，施工噪聲將對部分動物產生驚擾，施工還將損毀部分植物，也會擾動地表，將表土以下的沙石層翻上地麵，易造成土壤沙化，使土層結構發生不可逆轉的變化，植物、農作物將難以生長，但由於受影響的動植物在周邊地區分布廣泛，且無國家重點保護物種，對動植物的影響是輕微的。
綜上所述，南水北調東線工程施工對生態環境的不利影響是局部的，可通過優化設計、采取工程措施、加強管理、資金補償等措施將不利影響減少到最低限度。
六、南水北調東線工程對水質的要求
根據南水北調東線工程確定的輸水水質要求，輸水幹渠的水質要求穩定達到地表水環境質量Ⅲ類水質。東線工程成敗的關鍵也在於治汙，就目前而言，東線工程水質距離通水目標尚有差距，究其原因在於以往的發展過多地追求經濟效益，而以破壞環境為代價。
目前我國的發展模式為全麵協調可持續，經濟發展的同時需重視生態環境的保護。隨著社會的發展，人們對居住環境的要求也越來越高，一灘汙水也有礙於城市整體形象的提高，水汙染的現狀與人們對水環境要求之間的矛盾也越來越尖銳。因此，治汙已經成為南水北調東線工程沿線的一個社會共識，改善水質水環境是自身發展的需要。南水北調東線工程的建設促進了沿線治汙的實施和發展，也為治汙帶來了契機。南水北調東線工程規劃總投資為650億元，其中治汙工程投資達260億元。巨大的資金投入是治汙工程的保證，沿線汙水處理廠的建設，會使汙廢水能達標排放，將從根本上解決汙染問題，保護水環境。雖說嚴格的汙水排放要求對沿線企業造成了一定的負擔，但是從可持續發展角度出發，經濟發展的同時需要環境的保護，一江清水是社會民眾共同的需要，放棄眼前利益，追求長遠利益，需要沿線做出貢獻。