從1978年開始，中國科學院南京土壤所、土肥所、地理所等單位對南水北調灌區土壤次生鹽堿化問題進行了研究。1983年國家科學技術委員會把灌區土壤次生鹽堿化的可能性及預防對策作為主要研究課題列入國家攻關項目第七項、第三十八項，由中國科學院、水利電力部、農牧漁業部負責。1983年由水利電力部科技司委托茌平縣人民政府、山東省水利科學研究所、水文總站負責，水利電力部水利科學研究院水利所、農田灌溉研究所、華北水電學院等參加，開展了黃淮海平原中低產地區綜合治理和綜合開發科技攻關項目，提出了實驗區引黃提灌井渠結合綜合治理旱澇堿實驗研究總結報告。經過十幾年的研究及試驗，認為黃淮海平原已經形成比較完善的排水係統，並積累了豐富的防治土壤鹽堿化的經驗，北方灌區次生鹽堿化能夠預防和控製。
三、調水能否使血吸蟲病流行區北移
血吸蟲病是通過水傳播的寄生蟲病，該病的傳播主要與血吸蟲的唯一中間宿主釘螺的擴散有關。目前我國血吸蟲病流行區的北界是江蘇省京航大運河東岸的寶應縣境內。從2004年開始，南水北調辦公室組織江蘇省血吸蟲病防治研究所、淮河流域水資源保護局、南水北調辦公室政策及技術研究中心聯合開展了“南水北調東線工程造成血吸蟲病北移的可能性及對策研究”專項工作，課題涉及多個學科。血防部門從生物學角度研究了血吸蟲的生存習性、運動、擴散的規律；水利部門從水利學角度分析研究了南水北調東線工程的水流運動規律及水工建設物對防止血吸蟲擴散的作用；水資源環境部門從生態學角度，研究了血吸蟲孳生繁衍的環境。經過專家論證，得出“南水北調東線工程不會增加血吸蟲北移擴散的風險，東線工程安排的防止血吸蟲北移和擴散的工程措施總體布局合理、重點突出，措施落實後可有效消除血吸蟲擴散風險”的結論。
江蘇省江水北調工程的實踐經驗也證明調水不會使血吸蟲流行區北移。江蘇省江水北調工程運行40多年來尚未有確切證據表明調水工程造成釘螺及血吸蟲病的擴散。由於江水北調工程是通過泵站作用使水從低處調向高處，因此在逐級提水過程中水泵的作用可使釘螺與載體分離、輸水河道緩慢的水流可促使釘螺沉降，加之水、土、植被、水流變化（互為上下遊）等因素的作用，釘螺在輸水河道中擴散的範圍是有限的。江水北調血吸蟲病流行區的湖泊（高郵湖、邵伯湖）由於水位、水流的作用，釘螺難以進入輸水河道而發生北移擴散，釘螺通過船閘或吸附於船體擴散的可能性也極小。裏運河寶應、高郵段螺情縱向監測結果表明，釘螺孳生範圍相對穩定，江水北調工程運行40多年以來，輸水幹線的釘螺無明顯北移跡象，迄今為止沒有逾越北緯33°15′的北界。實驗證明，釘螺在北緯33°15′以北地區由於氣溫、地溫等自然條件的製約，越冬釘螺絕大部分死亡，極少數存活者也因生殖器官萎縮而不能繁殖。
四、調水對長江口及其附近海域、輸水幹線湖泊水生生物的影響
受淮委會委托，中國水利水電科學研究院水庫漁業研究所、中國水產科學研究院東海水產研究所從1988年開始，就南水北調東線工程對長江口及其附近海域水生生物的影響進行了調查研究，經兩年多的野外考察和室內鑒定，初步評價東線調水對長江口及其附近海域水生生物不會有明顯影響，對輸水沿線湖泊的水生生物是有利的。