雖然南水北調東線工程的實施改善了蘇北地區交通航運條件，為通航水位提供一定的有利條件，但是也在一定程度上改變了各梯級河道的水情，抬高了水位，增大了流速，對航運設施和船舶航運安全帶來一定的不利影響，但是通過加強運營管理，可以克服不利因素，最大限度發揮工程的效益。
七、對旅遊業的影響
旅遊業是促進社會經濟發展的主要動力之一，旅遊區環境狀況的好壞對遊客影響是不可忽視的，而遊客的滿意程度與旅遊區經營狀況息息相關，直接影響著旅遊業的發展，因此必須認識到環境的重要性。南水北調東線工程的實施將會提高環境的質量，促進旅遊設施的建設、旅遊資源的開發和利用，使旅遊業得以快速發展。旅遊業不僅可以給地方帶來收入，還可為周圍居民提供大量就業機會。旅遊資源的開發對調整產業結構，帶動相關經濟發展，增加社會總產值，提高當地居民收入會起到很大作用。
例如駱馬湖位於江蘇省北部，是南水北調東線工程的必經之地，具有得天獨厚的自然風光，可以開發成為遊人休閑、娛樂場所，遊客在其中可以進行釣魚、劃船、攝影、野餐、觀察野生動物等活動，通過生態旅遊的實施進一步實現駱馬湖與周邊地區生態係統的可持續發展，推動周邊地區社會、經濟、環境協調發展。南水北調同時也是一個世界聞名的調水工程，舉世關注，其水源地必然會引來眾多遊人。因此從某種程度上講，東線工程的實施將會促進江蘇省旅遊業的發展。
八、對養殖業的影響
南水北調東線工程的另一重要特點就是利用現有湖泊進行調蓄，而這些湖泊都是重要的養殖基地，如洪澤湖、駱馬湖、南四湖、東平湖等，魚類資源豐富，尤其是洪澤湖，是重要的螃蟹和龍蝦產區，久負盛名。
南水北調東線工程調水後，湖泊水位提高，年際變化較小，避免湖泊低於死水位導致湖泊幹涸，保證了養殖業的充足水源；調水也將提高沿線湖泊水體的自淨能力，湖泊水質和生態環境的提高，水位的穩定，會極大地改善魚、鴨、鳥的生存環境，有利於圍網養魚等養殖業的發展，這也為漁業生產創造了有利條件。另外，湖麵進一步開闊，增加了敞水性魚類的生態位，其產量有望增加，但水位提高，水生維管束植物的分布麵積和生物量將減少，草食性魚類和以水生維管束植物為棲息場所或產卵基質的魚類產量會略微下降。