南水北調東線工程輸水幹線及其支流的水環境現狀較差，根據流域水功能區劃及調水治汙規劃要求，南水北調輸水幹線及其支流的水質必須達到地表水環境質量Ⅲ類標準，明顯好於受水區的水質。因此，南水北調東線工程的實施，將對輸水沿線及其主要支流的水環境有極大的改善作用。
（一）改善沿線城市水環境
隨著蘇北地區社會經濟的持續穩定發展和城市化進程的推進，城市生活汙水和工業廢水的排放量逐年增加，而汙水集中處理設施建設卻相對落後，許多地區汙水沒有經過處理直接排入河道，水環境受到嚴重破壞。輸水幹線京杭大運河城市段有機汙染嚴重，多項指標有不同程度的超標。按照南水北調東線調水水質應達到國家地表水環境質量Ⅲ類要求，東線工程通水後將有大量優質水源不斷補充到這些地區，增加了水循環，增強了水體的流動性，沿線水質將得到較大改善，水環境的質量將會有較大的提高；同時為體現“三先三後”原則，實現調水水質保護目標，各地加大了汙水處理的力度，汙水處理率有了較大提高。今後的汙染治理工作應以水環境容量和總量控製為依據，對河道環境容量進行分析評價，提出入河排汙口調整、城市和工業廢水治理、必要的導流截汙工程等水汙染控製方案，給出總量控製的目標和要求，同時評估水汙染治理工程效果，有效控製汙染，改善水環境。
良好的城市水環境可以提升整個城市環境質量，塑造城市的美好形象，因此應該把握南水北調東線工程建設的有利時機，在符合環境生態規律的基礎上，運用現代管理方法，建立完善的水資源管理製度，合理開發利用水資源，保護和改善水環境，提高城市競爭力。
（二）增加水環境容量和水環境的承載能力
淮河以北地區河流在枯水季節基本處於斷流或幹涸的狀態，水汙染嚴重，水環境惡化，許多河流基本無水環境容量可言，即使是南水北調東線範圍內最大的洪澤湖，在2001年淮河流域旱情嚴重的情況下，也曾出現水位降至10.52米（死水位）以下，湖麵萎縮至381平方千米、蓄水量不足1.4億立方米，比正常蓄水量減少九成以上，大部分湖底裸露、濕地生態係統破壞嚴重的情況。南水北調東線工程實施以後，長江優質水將源源不斷地輸入各用水區，蓄水湖泊水位普遍上升，湖泊麵積擴大，換水頻繁，換水率將明顯提高，可有效防止湖泊富營養化的發生，有效改善水生態環境；由於有充足的水源保證，輸水幹線受水區河道的基本流態、基本功能得以恢複，自淨能力增強，水環境承載能力將得到大幅度提高。
四、對工業的影響
江蘇省委提出全省要力爭在全國率先全麵建成小康社會、率先基本實現現代化的宏偉目標。為了加快實現“兩個率先”的步伐，省委省政府出台了一係列加快經濟發展的舉措，實施“東隴海線產業帶”“沿海經濟帶”“海洋經濟產業帶”以及“沿江產業帶”建設，提高沿海灘塗資源開發程度，推進工業化、城市化和經濟國際化進程，加快蘇北振興步伐。根據省委省政府的戰略部署，以及《江蘇省國民經濟發展第十一個五年規劃》成果，預計到2010年，江蘇南水北調受水區五市GDP比2000年要增長1.5倍以上，GDP總量達到2298億元，尤其是電力工業裝機容量將有較大幅度的增加，根據《江蘇省電力規劃》資料，2010年五市電力裝機容量將達到1211萬千瓦，對水資源的需求進一步增加。
南水北調東線工程的實施為蘇北地區的工業發展提供了可靠的水資源保證，緩解水資源供需緊張的局麵，改善蘇北地區的投資環境、工農業發展條件及生態環境。一些受水資源短缺限製的耗水工業將得到發展，如礦產采掘業、冶金、能源、石油化工、機械製造等重化工業，以及紡織、非金屬工業、化學原料等構成的原材料工業將得到發展。由於調水後工業可供利用的水資源總量增加，將促進一些規模較小、耗水大、汙染大的企業進行重組，形成一些規模巨大的符合經濟需要的工業企業，實現工業的快速、健康發展。工業部門的擴張與發展，在解決一部分城市人員就業的同時，也會吸引大量剩餘的農村勞動力從農業轉移到工業。