（1）按照南水北調東線工程總體規劃原則，充分利用現有河道、湖泊調蓄和輸水。
（2）在一期工程泵站布置的同時考慮二期（或三期）泵站的總體布局。
（3）所有泵站均以調水為主，適當結合地方排澇。
（4）盡量減少對已有工程的影響和移民拆遷數量，節約工程投資。
（5）便於工程總體布置，方便施工及運行管理。
（6）總體布置應兼顧防洪、排澇、航運等各方麵因素。
四、蓄水工程
南水北調東線工程輸水幹線長達1156千米，從長江至東平湖設13個梯級泵站，逐級提水北送，總揚程達65米，一期抽江水量500立方米/秒。如此浩大的調水工程需要沿線蓄水工程起到調節作用，從而實現東線工程的優化調度。東線工程規劃也對蓄水工程做了研究。
東線工程沿線黃河以南有洪澤湖、駱馬湖、南四湖、東平湖等湖泊，略加整修加固，總計調節庫容達75.7億立方米，不需新增蓄水工程。黃河以北現有天津市北大港水庫可繼續使用，天津市團泊窪和河北省的千頃窪需擴建，並新建河北省大浪澱、浪窪，黃河以北五處平原水庫總調節庫容14.9億立方米，形成沿輸水線路的水量調節係統。
洪澤湖主要受納和調節淮水，總庫容42.5億立方米，非汛期調節庫容31.5億立方米，是係統內最大調蓄場所。根據東線一期工程規劃，洪澤湖非汛期蓄水位擬從13.0米抬高到13.5米，可增加調蓄庫容8.25億立方米。洪澤湖非汛期蓄水位抬高至13.5米後，影響麵積達1369.89平方千米，影響處理工程主要有濱湖圩堤防護工程、通湖河道影響處理工程、江蘇影響處理區圩區排澇工程及安徽影響處理區窪地排澇工程。
駱馬湖和南四湖受納和調蓄沂沭泗水，其中駱馬湖總庫容9.1億立方米，非汛期調節庫容5.9億立方米。上級湖（主要包括南陽湖、獨山湖和昭陽湖）和下級湖（主要包括微山湖）總庫容17.1億立方米，非汛期調節庫容11.3億立方米。東線第一期工程擬將南四湖下級湖非汛期蓄水位32.5米抬高0.5～33米，增加調蓄庫容3.06億立方米。南四湖下級湖抬高蓄水位0.5米後，南四湖湖區蓄水條件發生了變化，對當地漁湖民的生產、生活會產生部分負麵影響，東線工程也將根據實際情況做出適當補償。
東平湖是大汶河彙入黃河入口地區的窪地，現有庫容1.0億立方米，沒有蓄水任務，現規劃利用東平湖老湖區蓄水。在進一步擴大庫容的情況下，它將成為江水過黃河向北輸送的重要調蓄樞紐。東平湖蓄水後，需對東平湖圩堤進行加固處理和淹沒補償。東平湖蓄水影響處理工程主要有圍堤加固工程、堂子排澇站改建工程、濟平幹渠湖內引渠清淤工程。
千頃窪、大浪澱、北大港等窪澱總庫容8.06億立方米，是調水入華北的主要蓄水水庫。南水北調東線工程規劃擴建千頃窪及大浪澱兩座調蓄水庫的庫容分別為2.23億立方米及2.54億立方米。北大港水庫除險加固工程將加高加固圩堤24.5千米，護坡26.8千米，修建圩堤堤頂公路52.1千米。可確保水庫蓄水位達到5.5米、蓄水量達到4.03億立方米時的蓄水安全，可成為引黃濟津以及未來南水北調東線調水工程的調蓄水庫。
規劃全線調節庫容為59.70億立方米，其中黃河以南48.95億立方米，黃河以北10.75立方米；全線調節庫容比現狀增加19.42億立方米，其中黃河以南15.01億立方米，黃河以北4.41億立方米。這些湖泊和窪澱使南水北調東線水資源係統具有較大的調蓄能力，為工程運行調度創造了不可多得的有利條件。這是南水北調東線工程突出的優越性之一。