其次，列舉《周易》、《道德經》、《莊周》、《老子河上公注》、《上清經》、《洞玄靈寶自然九天生神章經》、《養生服氣經》、《陰陽二氣黃精經》等道教典籍的理論，以及道士陸簡寂、藏矜、顧歡、諸揉、孟智周等人的言論，得出“檢道所宗，以氣為本”的理念。比如：
《莊周》雲：人之生也氣之聚，聚則為生，散則為死。
《上清經》雲：太元變化三氣明焉，一氣清，一氣白，一氣黃。故雲：“一生二，二生三。”
《洞玄靈寶自然九天生神章經》雲：老予以元始三氣合而為一，是至人法體。
《養生服氣經》雲：“道者氣也，保氣則得道。”
南朝道士曾假托張融之名作《三破論》，提出“道以氣為宗”的說法，但並未就此論證。法琳延續此說，在《辯正論》中獨立《氣為道本篇》，通過詳盡的論證來確立“氣為道本”的理論，從而否定道教中對“道”的崇高性。這在當時的道教界引起了一陣波瀾，並且對後來的道教經典與哲學思潮起到了深遠的影響。比如，成書於唐宋之間的道經《太玄寶典修真符聖門·氣定氣章》中就明確說到：“蓋以氣為道本，道從氣生。”北宋之後盛行的儒家氣學學派，也多提倡、發揚此說，如張載《正蒙·太和篇》：“散殊而可象為氣，清通而不可象為神，語道者知此，謂之知道”。
第八，《信毀交報篇》。曆代反佛者皆以“報應無征”的論點來抨擊佛教的因果說。對此，法琳指出：“夫感在精誠，道由懇苦。意不專道，何以克心，不至感無以通”，強調佛法的靈驗與否與人們的“誠心”息息相關。《信毀交報篇》中，法琳據《感應傳》、《齊竟陵王內傳》、《晉錄》、《宣驗記》、《冥祥記》、《靈鬼誌》、《幽明錄》、《續搜神記》、《建康別記》、《崔皓傳》、《搜神記》、《梁後記》、《冤魂記》、《顏氏家訓》、《顏氏家語》等書的記載，列舉了信佛及毀佛的報應故實五十餘例，以論證佛法感應的征驗。
值得一提的是，曆代佛教護法者皆有對佛教“因果論”的論辯，卻多以“三世說”的觀點加以辯證，所舉事例的數量也十分有限。如東晉慧遠的《三報論》就曾提出“現報、生報、後報”的理論，來解釋“善惡無現驗”的問題。這些辯辭雖然是依據佛教教義而來，但針對毫無佛法體驗並且強調“眼見為憑”的諸多外道而言，並沒有太強的說服力。而在此篇中，法琳所引五十餘例的“信毀交報”事例，皆是可“耳聞與目驗”的現世故實，更加凸顯了佛教報應的真實性。
第九，《品藻眾書篇》。首先假設“開士”與“野老”之間的問答，詳細列舉古代各家眾書，指出以《孝經》最為重要，凸顯“孝治”的觀念，將論點立足於中國傳統倫理道德之上。接著引用《孝經·開宗明義章》中“夫孝，始於事親，中於事君，終於立身”的一段話，指出沙門割愛辭親、行佛道以立身，正是“大孝”的一種表現。以儒家的觀點，側麵駁斥了反佛者有關“沙門不忠不孝”的言論。
最後，法琳將佛教典籍與各家眾書做了比較，指出後者的不足，並大膽提出被譽為眾書之最的《孝經》也猶未盡善。如法琳言：
難解難入，稱諸佛任理之經；隨類隨宜，號至人權化之典，自雒水紆璽書之頌，芳園立華蓋之祠，朱士行之，高流飲耨池之八味；郤嘉賓之，世族佩伽陀之一丸。莫不同悟己身，等有佛性；體茲煩惱，即是菩提，假令疏通知遠之書，玉洞金章之字，子房授履之術，文喜問道之篇，語未涉於空空，事終淪於有有。
在明末高僧蕅益智旭所著《閱藏知津》卷四十四中，針對《辯正論·品藻眾書篇》的注釋隻有“儒推孝經、佛備眾典”八個字。而這八個字，正是對此篇文意的明確概括。
第十，《出道偽謬篇》。曆代反佛者均從忠孝倫理和夷夏之辯的問題來論證自己的觀點，到傅奕之時，強調佛教與王權的衝突，則成為反佛論的重點所在。《十異九迷論》中，李仲卿雖然將曆來儒、道兩家排佛的主要命題囊括在內，卻也沒有提出更加新穎的觀點。然而，關於佛道兩家經典的優劣，一直是這些反佛者避談的問題，或許，在他們的內心深處，就這一問題上，是承認自己趨於劣勢的。這在諸多佛教護法者的著述中卻凸顯出來，大家紛紛論證了佛道經典的優劣之處，指出了道經中眾多謬誤的地方。而對於曾經假披黃巾、洞悉道典的法琳來說，似乎更有發言權。