在海南“逃冬”後回來不幾天，終南山白石峪嚴福寺住持寬渡法師偕弟子宏濤前來，並出示書稿《翠微史略》，希望我看一下，看後掩卷而思，心中不免喜悅。
武德七年（624）二月，唐高祖巡幸國子學，參加了釋奠儀式，同時召集佛、道、儒三教代表討論教義，並下詔令各王公子弟參加學習。這次三教辯論，是由國子學博士徐文遠講《孝經》，清虛觀道士劉進喜講《老子》，勝光寺僧慧承講《般若經》，再由太學博士陸德明提出問難，三教人士相互爭論了很長時間。最後，高祖下詔，宣布“三教雖異，歸善一同”。可以說，這次辯論的起因就是傅奕從武德四年開始，一直鼓吹的排佛論。據《法琳別傳》記載，傅奕於上疏的同時，還曾秘密鼓動京城內的道士製造排佛輿論。與之相呼應的，就有在這次三教辯論中嶄露頭角的清虛觀道士李仲卿和劉進喜，二人分別著述的《十異九迷論》與《顯正論》亦是鼓吹道教義理、肆意貶損佛教的作品。對此，法琳法師在繼《破邪論》之後，又開始執筆撰寫《辯正論》，以反駁李仲卿和劉進喜的排佛說，期望將佛道兩家信仰的真實麵貌示之於大眾。
《辯正論》後來被收錄於《大藏經》，可參考《日本大正新修大藏經》第五十二卷的《史傳部·第四》。此論又稱《辯正理論》，共八卷十二篇，全文分為序文與正論兩個部分。序文的作者便是法琳的俗家弟子，隱太子（李建成）東宮學士陳子良。在序文中，陳子良對《辯正論》的宗旨進行了高度的概括：“窮釋老之教源，極品藻之名理，佛日於是重暉，法雲由其廣被。”同時也講述了法琳撰寫《辯正論》的緣由：“有道士李仲卿、劉進喜等，並作庸文，謗毀正法。在俗人士，或生邪信。法師湣其盲瞽，恐入泥犁，爰發大悲，遂製斯論。”除了為《辯正論》寫序外，陳子良還對其做了注解。
《辯正論》的寫作過程是較為漫長的。自武德四年（621）仲冬月，法琳在閱讀了《十異九迷論》與《顯正論》之後，隨即開始撰寫《十喻篇》、《九箴篇》與《氣為道本篇》用來反駁。後來，又在武德八年先後撰寫《佛道先後篇》與《釋李師資篇》等文，以回應道士潘誕曾在三教辯論中的謗佛言論。因為可供參考的文獻不足，法琳在寫作過程中遇到了困難，遂又寫信向右仆射蔡國公杜如晦借閱外典，並得到了杜如晦的幫助。從序文的作者潁川陳子良卒於貞觀六年（632）的事跡來看，《辯正論》的初稿應該是在貞觀六年之前就已完成。而在《辯正論》一文中，法琳先將高祖李淵稱作皇帝，後來又改稱為太上皇，最後又稱為太武皇帝，而“太武皇帝”的諡號是於貞觀九年（635）十月將李淵葬於獻陵之後所封。根據這段記載來看，《辯正論》後經法琳屢次修改，最後成書的時間應該是在貞觀九年冬到貞觀十年之間。從武德四年開始，法琳大概用了十五個春秋才完成了這部鴻篇巨製。
貞觀元年至十三年，法琳一直居於終南山太和峪的龍田寺。可以肯定地說，龍田寺這樣幽靜的地理環境，對於法琳創作《辯正論》一文提供了很大的幫助。
《辯正論》八卷十二篇分別為：《三教治道篇》（卷一、二），《十代奉佛篇》（卷三、四），《佛道先後篇》（卷五），《釋李師資篇》（卷五），《十喻篇》（卷六），《九箴篇》（卷六），《氣為道本篇》（卷六），《信毀交報篇》（卷七），《品藻眾書篇》（卷七），《出道偽謬篇》（卷八），《曆代相承篇》（卷八），《歸心有地篇》（卷八）。
下麵，就《辯證論》內容，謹向讀者簡略介紹一下。
第一，《三教治道篇》。法琳假設“上庠公子”與“古學通人”的問答，以分析釋、道、儒三家對於和諧社會、國家體係、民風禮樂所做出的的貢獻。首先肯定了儒、道二教提倡的“懷忠、奉孝、修文、講武、弘禮、習樂”的治道之方，更進一步提出“儒以忠孝、道以道德、釋以慈悲”為立教之本，而就教化的範圍來說，釋教的“慈悲”最為廣泛。其實，“上庠公子”所提出的疑問，正是當時社會上，人們普遍對於佛教的疑惑，比如佛教的教義、宗旨、功能、因果論等等，法琳借“古學通人”之口，援引佛教經典和曆代史籍予以回答，以開示崇佛的種種利益。
東漢班固所著《漢書·藝文誌》中曾經提到：
全身保國凡有九流，一曰儒流，謂順陰陽陳教化，述唐虞之政，宗仲尼之道也，二曰道流，謂守弱自卑，陳堯舜揖讓之德，明南麵為政之術，奉《易》之謙謙也，三曰陰陽流，謂順天曆象，敬授民時也，四曰法流，謂明賞敕法，以助禮製也，五曰名流，謂正名列位，言順事成也，六曰墨流，謂清廟宗祀，養老施惠也，七曰縱橫流，謂受命使乎，專對權事也，八曰雜流，謂兼儒墨之銓，含名法之訓，知國大體，事無不貫也。九曰農流，謂勸勵耕桑，備陳食貨也。