唐太宗李世民不愧是愛惜忠良的一代明君，在閱覽了法琳的對答之後，怒氣頓消，寬大為懷，準備將其釋放。而憲司卻不同意，認為“諸指斥乘輿者，罪當大辟”。太宗反而為法琳辯解道：“法琳雖然毀謗我的祖宗，但並非是無憑無據之說，死刑就免了吧。”最後，朝廷決定免除法琳的死刑，改為流放益州。
法琳死裏得生，卻並未暗自慶幸，對佛教發展的前景，依然感到惆悵萬分。回首自己的一生，童真入道，輾轉求學，窮究十翼，包納九流，護法衛教，披肝瀝膽，製論上表，剛正不阿，最後卻落得如此下場，不禁悲從心來。遂以屈原自許，借詞抒懷，賦《悼屈原篇》一首：
何天道之幽昧兮，乖張列宿；使忠正之屈原兮，而見放逐。讒佞從旨兮，位顯名彰；直言不諱兮，遂焉逢殃，和璞捐於山澤兮，燕石為珍；西施屢而不幸兮，嫫母見親，撫心思念屈原兮，博達廣識；君王不察其貞正兮，斥逐去國；鳳鳥尚知懷德兮，見覆巢而高翔；麒麟猶忻有道兮，矚不仁而騰驤，忠諫之不入兮，箕子佯狂；杜伯之諒直兮，遭尤逢殃，比幹正而剖心兮，伍子胥貞而挾眼，痛清
白之屈原兮，沈汨羅而不返。
就在這個時候，京城的佛教界傳出流言。有人認為：法琳身為一名僧人，不能靜思澄神，求出要道，卻為博得一己之名，肆意撰寫《破邪論》與《辯正論》，最終聰明反誤，致使唐太宗嫌惡佛教。如果他真的想維護佛教的話，還是趕快離開京城，遷徙劍南（四川）為妙。法琳聽到這樣的流言，更是痛心，對自己的朋友說：“以前傅奕、劉進喜、李仲卿等人製論排佛，致使佛教陷入尷尬的局麵，當時也有許多高僧斥責他們，卻沒有得到良好的效果。所以我才撰寫《破邪論》與《辯正論》，引道家之經典斥責道教之虛妄，使得這些反佛道士閉口緘默。然而，時過境遷，卻有這樣的流言出現。殊不知，屈原雖因納諫而遭流放，其忠正依然為人所仰，卞氏雖因獻璧而遭刑罰，其寶玉依然價值連城。”針對這些流言，法琳也寫了一首詩予以回答：
仆秉屈原操，不探漁父篇。
問言蓬轉者，答為直如弦。
法琳啟程遷徙益州，僧俗聞訊，紛紛前往送行，大家跟隨法琳的車乘一直步行到郊外。法師辭訣友人，又為詩曰：
非意延非罪，離友複離親。
山川萬裏隔，方勞七尺身。
遊魂長去楚，分念獨留秦。
自匪相知者，誰憐死別人。
與曆史上的許多大德高僧一樣，法琳對自己的生死也有預感，不僅在詩中提到“遊魂”與“死別”，並在臨行之際再三謂眾人說：“今被南遷，幸希諸德，寄目傳書，時訪生死”。目睹法琳的身影消失在天際，大家不禁涕淚悲戚，失聲痛哭。
貞觀十四年（640）夏六月丁卵，法琳行至百牢關菩提寺（今陝西省勉縣西南），身患痢疾，遂致不救，於七月二十三日圓寂，終年六十九歲。在生前好友慧序法師的提倡下，僧俗眾人將他厚葬於百牢關東山之頂，並高樹白塔，勒銘誌之。過關來往的行人，遙望白塔，莫不緬懷悲涕。
法琳圓寂的消息傳至京師，朝廷上下深感惋惜，大家都知道法琳是被道士秦世英所誣，遂對其深惡痛絕。曾經審問過法琳的禦史韋驚，借故上表，言秦世英行為不檢，疑陽庶俗，於是朝廷將其逮捕伏誅。這也正應了因果報應之說。
關於法琳的傳記，主要有唐代道宣法師撰寫的《續高僧傳》卷二十四《唐終南山龍田寺釋法琳傳》。在虞世南的《襄陽琳法師文集序》和陳子良的《辯正論序》中也有其生平記載。宋代李昉等編撰的《太平廣記》中收錄了一則關於他的傳說故事。此外，唐代彥悰法師撰寫的《唐護法沙門法琳別傳》三卷，以紀年為綱，將法琳的生平、作品及有關詔、序等包羅無遺，而以作品為主，以佛道論衡為重點，其中紀年和記事，可補《續高僧傳》之不足。
有關法琳的著作，由唐初著名書法家、時為太子中書舍人、淩煙閣二十四功臣之一的虞世南將其整理成為《襄陽琳法師文集》，並親自為序。虞世南此舉的初衷，正是念及友情，如他在序言末尾所言：“法師與餘，情敦淡水，義等金蘭。雖服製異宜，風期是篤。輒以藤綆，聯彼圭璋，編為次第。”除《破邪論》、《辯正論》之外，《襄陽琳法師文集》還收錄了法琳撰寫的《詩賦》、《碑誌》、《讚頌》、《箴誡》、《記傳》、《啟論》以及《三教係譜》、《釋老宗源》等文，合成三十卷。此文集如今已經佚失，隻有虞世南所寫的《襄陽琳法師文集序》被收錄於《大藏經》，流傳下來。而此《襄陽琳法師文集序》（又稱《破邪論序》）的拓本，也成為後人研究虞世南書法的重要作品，現為日本收藏家三井高堅所藏。此外，清代文人董誥等編修的《全唐文·卷九百三》中收錄了法琳所著文章十二篇；光緒年間由陸心源撰寫的《唐文拾遺》中，依據《續高僧傳》的內容輯錄了法琳的文章三篇；當代學者陳尚君編寫的《全唐詩補編》中收錄了法琳所撰詩五首。
早在法琳撰寫《辯正論》之時，唐初名相杜如晦就曾寫信稱讚他為“護法菩薩”。《太平廣記》中亦有言：“佛法得全，琳之力也，佛經‘護法菩薩’，其琳之謂乎？！”縱觀法琳的一生，莫不是與護法衛教息息相關，並最終獻出了生命。正如他常引“屈原納諫”與“卞和獻玉”的故事以表達自己的意誌一樣，法琳雖因護法直言而遭流放身死，但其“護法菩薩”之名依然代代流傳下來。