翠微寺及其下院自宋初更名為“永慶”與“嚴福”之後，一直趨於穩定發展，香火不斷，而聲名卻遠不及唐代。在即將淡出曆史視線的時候，恰好碰上元朝對於佛教的推崇政策，寺院經濟與佛事活動重新興盛起來。元文宗天曆元年（1328），日僧雪村友梅法師被元文宗賜寶覺真空禪師尊號後，請往長安翠微寺任住持，這使得翠微寺在繼唐末無學禪師住持之後再次出現了禪風盛行、僧侶競湊的空前盛況，盛名遠播於海外。
雪村友梅（1290～1346），號幻空，越後白鳥（今日本長岡市）人，源氏貴族，母須田氏。十二歲於巨嶠建長寺出家，為中國東渡高僧一山一寧禪師的侍童。十八歲入元，曆訪名宿，參道場叔平隆。弘安戰役後不久，被懷疑為日本間諜，險被斬首，因臨刑時口誦無學祖元禪師的《臨劍頌》而免於一死，遂被囚禁於湖州監獄，後流放長安，幽禁於長安翠微寺。在翠微寺期間，元朝許多高官名士慕名前往拜訪，遂被小人所嫉，誣其攀慕高官，繼而流放西蜀。元文宗即位後，聽聞雪村友梅的經曆，深為感動，特賜寶覺真空禪師尊號，欽命為長安翠微寺住持。後來，雪村友梅搭乘商船歸國，曆任日本諸寺住持，晚年居於京都建仁寺，於正平二年（1346）圓寂，終年五十六歲。雪村友梅精通漢學、深諳書畫、頗富詞藻，為日本五山文學始祖，有《岷峨詩集》兩卷、《寶覺真空禪師錄》兩卷行世。
據日僧大有有諸所撰《雪村大和尚行道記》載，雪村友梅在雲遊少林、大都、湖州等地後，慕元朝大書畫家趙孟頫之名，訪於翰苑，當場揮毫獻藝，令趙孟頫感歎不已，稱讚雪村友梅的書法有唐代李邕筆勢，並取出珍藏多年的麝煤香墨贈之，以表讚賞。雪村友梅幽禁於翠微寺期間，趙孟頫曾多次與他書信來往，並寫有《贈翠微二十五長老》詩一首贈之。因為此詩寫於雪村友梅二十五歲的時候，所以趙孟頫稱他為“二十五長老”。擅長詩作的雪村友梅自然也不會忘記將翠微寺的美景記載下來，《九日登翠微》一詩，便是他在重陽節出寺登遊翠微山時所寫：
一逕盤回登翠微，千林紅葉正紛飛。
廢宮秋草庭前菊，猶看寒花媚晚暉。
入元之前，雪村友梅一直師侍一山一寧禪師，並得其親傳。一山一寧（1247—1317），俗姓胡，號一山，浙江臨海人，自幼出家，得法於頑極行彌，嗣臨濟宗楊岐派虎丘法係的曹源派禪法，元大德四年（1300）東渡日本。雪村友梅入元以後又參謁道場山叔平隆，叔平隆與一山一寧同是頑極行彌的法嗣門生，所以說，雪村友梅一直承嗣的是臨濟宗禪法。當他住持長安翠微寺後，更是將臨濟禪法在此處廣為弘傳。
早在唐末，無學禪師住持翠微並創建下院之時，翠微寺就已經從皇家功德寺轉變為禪宗道場。據《景德傳燈錄》記載，無學禪師承傳的是青原係禪法，而南嶽係下許多禪僧亦曾參謁過翠微法席。翠微無學的師父丹霞天然也恰恰是從青原係下石頭希遷處得法，南嶽係下馬祖道一處得名。看來，翠微寺僧素來與兩宗的僧人交好。唐朝之後，連年征戰和後周世宗的滅佛運動使得各地禪僧紛紛隱居終南山深處避難，翠微寺也就成了禪宗各派僧人雜居的地方。元代時的北方佛教，禪宗有萬鬆行秀、雪庭福裕一係的曹洞宗師和海雲印簡一係的臨濟宗師，藏傳佛教在西北地區也日益興盛。雪村友梅駐錫終南山後，使得上院永慶寺與下院嚴福寺成為了南嶽係下的臨濟宗寺院，為我們研究元代北方地區或者是西北地區的佛教弘傳，提供了寶貴的資料。
三、永慶沒落 嚴福中興
元朝末年，朝廷的統治日益殘暴黑暗。百姓受到了空前的壓迫，怨聲四起。元順帝時期，紅巾軍起義爆發，朱元璋參加了紅巾軍，隨即南征北戰，最終於公元1368年稱帝，以應天府（南京）為京師，國號大明，年號洪武，建立了明朝。明代政權建立之初，有鑒於元代過於崇奉藏傳佛教的流弊，轉而支持漢地傳統的佛教各宗派，因此藏傳佛教在內地漸衰，而禪、淨、律、天台、賢首諸宗逐漸恢複發展。明太祖朱元璋十七歲於濠州（安徽鳳陽）皇覺寺出家，二十五歲投入白蓮教徒郭子興部下，加入了打著佛教旗號的農民起義軍行列。他也目睹了元代過度崇尚藏傳佛教所產生的諸多流弊，以致成為腐敗亡國的因素之一。因此，他對佛教與社會政治的關係深有所知，即位後，對佛教雖然繼續推崇，卻也加以整頓。洪武元年（1368），朱元璋在南京天界寺設立善世院，命僧慧曇管領佛教，又置統領、副統領、讚教、紀化等員，以掌管全國名山大刹住持的任免。洪武三年又召集各地僧耆，規定寺院為禪、講、教（包括依瑜伽教修行及應赴佛事等）三類，要求僧眾分別專業。隨後又召集江南名僧至南京，啟建“廣薦法會”及點校藏經，進行刻版。對於僧人普給度牒，廢除過去計僧賣牒的免丁錢，並命各地沙門講習《心經》、《金剛》、《楞伽》三經。到了洪武十五年，對於佛教的整頓更為積極，不僅仿照宋製設各級僧司、僧官，製定僧服色別，而且更為嚴格地區分禪、講、教三類。洪武十七年，采納禮部尚書趙瑁的建議，規定每三年發度牒一次，並加考試，不通經典者淘汰。諸如此類的佛教政策使得僧團內部更加規範，僧人的素質與修行環境也有了很大的提高。