“三武一宗”的毀佛法難曆來是中國佛教史的研究重點，其中唐武宗李炎在會昌五年（845）的滅佛運動對佛教的打擊最為沉重。會昌法難中，全國拆毀大寺四千六百餘所，小寺四萬餘所，僧尼被迫還俗達二十六萬餘人，寺院田產數千萬頃被沒收。根據會昌五年七月武宗所下詔令“上都（長安）、東都（洛陽）左右兩街各留寺兩所，天下州郡各留一寺，餘寺立即拆毀”的內容來看，翠微寺也在拆除的範圍之內。然而，翠微寺的前身是翠微宮，這裏曾經是李世民處理朝政、會見群臣、避暑賞景的行宮，同時也是太宗駕崩、高宗登基的地方，何況寺內還供奉著高祖李淵的等身像，將其完全拆毀似乎不在情理之中。據此，筆者推斷，會昌年間的翠微寺雖然被迫停止了宗教活動，卻並沒有拆毀。另外，由於翠微寺處於終南山深處，恰恰成為一些不願還俗的僧人易服逃難的場所。這樣一來，翠微寺便在會昌法難後得以迅速複興。
癡迷道教的武宗一直妄想取得道士所煉仙丹妙藥好實現成仙之夢，反而使自己的身體受到了極大的創傷。道士趙歸真曾開出了一個“李子衣十斤、桃毛十斤、生雞膜十斤、龜毛十斤、兔角十斤”的藥引子，而武宗卻為了這個可笑至極的藥方下令各地求購。道士們告訴武宗，生病的原因並非誤食仙丹，而是因為他的名字“□”從“水”，與唐朝之崇尚土德的精神不合，所以不利，應該改名為“炎”，炎從“火”，與土德相合，可以消除災禍。然而，改名並未給他帶來鴻運，會昌六年三月二十三日，即改名之後的十二天，宮中就傳出了武宗駕崩的消息。
武宗崩後，曾為武宗所忌而避禍於佛寺的宣宗李忱即位，恢複、重倡佛教。據《資治通鑒》卷二百四十八：
（大中元年，847）閏三月，敕：“應會昌五年所廢寺，有僧能營葺者，聽自居之，有司毋得禁止，”是時君，相務反會昌之政，故僧、尼之弊皆複其舊。
如詔令所言，會昌年間所廢寺院如果有僧人能自發營建修葺的話，政府不能再幹涉，但是已經充公的佛寺財產並沒有歸還。許多佛寺在會昌法難中受到重創，雖然這一詔令讓即將滅亡的佛教看到一絲曙光，而拮據的經濟情況使得大部分寺院已無法進行全麵的恢複重建。隻有那些在會昌法難期間沒有被毀壞的極少數寺院，才能在短時間內恢複正常的佛事活動，翠微寺便是其一。
從龍田寺時期的護法僧法琳、大和寺時期的譯經僧玄奘、翠微寺初期的天台宗僧人楚金以及空上人、道朗等諸位大德的事跡來看，初唐的翠微寺一直是薪火相續、高僧輩出。如上文所述，由於地理環境的因素，翠微寺雖然身為皇家功德寺，其弘教的盛況卻一直無法與長安城內的幾大譯場媲美。這些高僧之所以選擇在翠微寺居住，多是因為這裏環境清幽、山徑險隘，不為外界所擾，如法琳法師就是因為“性欣幽靜，就而住之”。翠微寺僧眾的修行功課也多是像空上人的“閉關”或者是楚金國師的“誦經”。恰恰是這一原因，使得翠微寺成了修行聖地而非弘教道場。漢傳佛教的八大宗派，雖然已在唐代中期得以完備盛傳，卻僅有天台宗的教法曾在楚金國師的推動下在翠微寺弘傳過一段時期，但也隻是曇花一現而已。
唐代末期，無學禪師駐錫翠微寺弘宗演教，打破了這一僵局，四方禪子紛遝而至，使得翠微寺成為了名副其實的禪宗道場。翠微無學禪師為六祖慧能下第五世，早年於各處叢林參學，後至南陽丹霞山參訪丹霞天然禪師，《景德傳燈錄》與《五燈會元》均有其語錄記載。無學禪師於丹霞處得法後，住終南山翠微寺傳法授徒，弘揚青原係禪法。法嗣中較為著名的有清平令遵、投子大同、道場如訥、白雲約等禪師，雲居道膺、龍牙居遁、伏牛山之通等禪師也曾慕名參謁過翠微法席。其中，與趙州從諗齊名的投子大同禪師，將其禪法繼承發揚，嗣法者多人。
翠微無學禪師的生卒年代已不可考，駐錫翠微寺的具體時間也沒有明確記載，我們隻能從一些佛教典籍中大概了解一下。據《景德傳燈錄》記載，翠微無學於丹霞天然處“領旨”後，並未放任周遊，而是直接來到終南山翠微寺居住。而據筆者考證，丹霞天然於唐穆宗長慶四年（824）圓寂之後，無學禪師首先繼任丹霞寺住持，至會昌時期才移居終南山。並且，無學禪師初至翠微，並沒有急於弘法，真正的闡教授徒是在唐武宗滅佛運動之後的唐懿宗鹹通年間（860—873）至唐僖宗中和年間（881—885）。這在本書的第四章中將會詳細記述。
據《祖堂集》卷五記載：
翠微和尚嗣丹霞，在西京，師諱無學，僖宗皇帝詔入內，大敷玄教，帝情大悅，賜紫，法號廣照大師，自餘未睹行錄，不決化緣終始。
翠微無學禪師不僅受到四方禪子的仰慕，還曾受唐僖宗之請入皇宮內弘揚禪法，並被賜授紫衣、敕諡廣照大師。這一史實，恰好影射出此時翠微寺禪學盛行的狀況。
會昌法難過後，翠微寺在無學禪師的帶領下立即著手恢複佛事活動，廣闡佛法，雲水之侶競相奔赴。唐懿宗鹹通七年（866），翠微寺已無法容納逐漸增多的僧人，便在終南山太和峪口建造一座下院以擴充僧寮，這標誌著翠微寺已步入全盛時期。