洪武二年（1369），明太祖朱元璋把奉元路改名為西安府，西安之名由此出現，並且沿用至今。洪武三年（1370）又封次子朱樉為秦王，鎮守西安，同時下令在西安營建規模龐大的秦王府並擴建城池。明政權除了對西安城進行大規模的擴建以外，對曆代戰亂中遺留下來的一些長安大寺也進行了整修。此間，嚴福寺得以複興，進入了鼎盛時期。
如前文所述，北宋太平興國三年（978），翠微寺易名為永慶寺，下院命名為嚴福寺。而“嚴福”之名雖然確立，在當時卻並未標誌著另一個寺院的誕生，嚴福寺的身份依然是翠微寺的附屬寺院。宋代以後，由於嚴福寺所在地為董村，人們又習慣把它稱為“董村寺”。
如北宋張禮所書《遊城南記》中曾提到：
而董村者，翠微寺下院也。
又據清代嘉慶《長安縣誌》卷二十二載：
翠微下院在縣南五十裏董邨，成通七年置。
由此得知，唐代以降，嚴福寺在曆史上一直是扮演著翠微寺下院的角色。明朝時期，南山深處的永慶寺已鮮有人至，開始沒落，而山口處的下院嚴福寺卻在洪武年間得以擴建，法事大興，翠微寺的弘法中心也隨之轉移到了下院嚴福寺。
據周文敏先生所著《長安佛寺增訂版》記載：
嚴福寺，曆史悠久，幾經興衰，宋太平興國三年改寺名自會修複，明洪武年間，寺院複興，寺分前寺和後寺，前寺為比丘道場，後寺為比丘尼道場，而前寺和後寺之名仍沿用至今，位於白石峪至皇峪溝之間的山坡是寺院的柴山，直至現在還被當地群眾呼為寺院坡。
筆者曾考察了“廟前地”、“廟後地”、“寺旮旯”、“寺院坡”等嚴福寺遺跡，“廟前”與“廟後”如今已成為耕地，寺院坡長度大約兩公裏。如果將這幾處遺跡連起來的話，麵積約有百頃。由此可見，明代嚴福寺的規模是極其宏大的。看來，明朝政權建立伊始，在擴建西安城和修複長安大寺等遺跡的政策中，包括了翠微寺的整修計劃。而考慮到上院永慶寺所處山區不便施工的因素，遂將朝廷所撥款項悉數用在了下院嚴福寺的整修上。這也印證了當地群眾“明代嚴福寺，騎馬關山門”的傳說。