自佛教傳入中國後，寺院一直是人們賴以學習佛教文化、張揚佛教思想、進行佛事活動的重要場所。北宋時由於貴族的沒落，倡言宗教文化的主角也由新興的知識分子即士大夫取而代之，寺院成了文人士大夫們遊幸訪僧、居停習靜的所在，也成為民眾集會和遊藝的場所。
正如北宋文人錢易在《南部新書》中記述說：
長安戲場，多集於慈恩，小者在青龍，其次薦福、永壽。
諸如此類的“廟會”、“戲場”，雖然使得佛教寺院在民間經濟與文化的發展中起到了更為突出的作用，但也間接影響了內明的傳播與教義的發展。唐代以降，隨著佛教徹底的“中國化”，更加深了她的“世俗化”，而地處終南山的永慶寺與嚴福寺則一直是保持著修禪習靜、農禪並重的風氣，這與其他長安大寺相比，更多地保留了佛法修持的本懷。
北宋建都汴粱（今河南省開封市），政治中心隨之東移，故都長安的佛教文化氣息也平淡了許多。唐代的翠微寺，墨客遊人絡繹不絕，而宋代卻鮮為人至。北宋文人晁補之、梅堯臣、李覯等在其詩作中雖有述及翠微宮，卻僅僅是表露了懷古之情。晁補之所著《遊棲岩寺呈提刑學士毅夫兄》一詩中“翠微宮裏亦如此，依然古殿對喬鬆”的名句，描寫的是宋代翠微上院之永慶寺的落寞寂寥，卻更多地勾起了讀者對盛唐時期翠微宮輝煌情景的遐想。
宣義夢英法師為宋初著名書法家，晚年曾應宋太宗之召，至都城汴梁麵詢佛法，因應對稱旨，得賜紫袈裟，當世名人紛紛以詩贈之，後複遊終南山。宋真宗時翰林學士楊徽之曾有《送夢英大師》詩一首：
獨攜瓶錫欲春殘，深入終南路屈盤。
萬象幽玄吟裏見，一心圓寂定中觀。
翠微寺在杉鬆老，紫閣峰高水石寒。
莫憑危欄臨北望，滿城煙草是長安。
從詩文內容來看，宣義夢英法師在旅居終南山時是來過翠微寺的。
靖康二年（1127年），金兵攻占汴京，占據北方，宋室南遷，北宋遂亡。金國是由女真族領袖完顏阿骨打建立，而女真族早在開國之前，就已受到從高麗、渤海等鄰國傳入的佛教信仰的衝擊。後來，金國以武力滅遼，又繼承了遼代社會盛行信仰佛教的風習，繼而南進，攻略黃河流域以至淮水以北的北宋地區，更受到了宋地佛教的影響。因此，在金代帝室的崇拜和支持下，佛教有了長足的進步發展。大部分寺院都繼承遼代舊習，擁有廣大的土地和殷富的資財。教學方麵，如禪、淨、密、律、華嚴各宗都有相當的發展，其中禪宗尤為盛行，可以說完全是受了北宋佛教的影響。金代名僧圓悟克勤、靈岩淨如、萬鬆行秀等禪師引領了北方禪宗的修學，作為禪宗道場的永慶寺與嚴福寺此時也得到穩定發展，保持宗風，繼續扮演著終南山佛教傳燈續焰的角色。
金代文人趙秉文曾登臨永慶寺，並有《翠微寺》詩二首流傳於世：
其一
南山常愛退之詩，未說雲煙潤色之。
要見山光如潑黛，更須留待雨晴時。
其二
南山深鎖翠微宮，寺有山南十裏東。
隻怪朝來衫袖濕，不知身在翠微中。
趙秉文“曆五朝，官六卿”，著述等身，喜好禪學，曾為佛教經典《般若波羅密多心經》注釋，且兼善詩文書畫，其詩作多描寫自然景物。2003年7月河南省鄧州市東城區古城路（原鄧州城牆南門西側），發現石刻趙秉文手書《般若波羅密多心經》，距今已有六百多年。身為佛教居士的趙秉文此次翠微寺（永慶寺）之行應該帶有訪僧問道或是朝拜《心經》翻譯故地的目的，而所著《翠微寺詩二首》的內容，卻是寫景寓意、寄情山水，這或許與他本人的詩作風格有關，遺憾的是沒有留下有關翠微寺具體情況的描述。
二、日僧住持 改宗臨濟
宋寧宗開禧二年（1206），鐵木真建立蒙古國，號成吉思汗，曆經四世征戰，先後吞並統一了西遼、西夏、金。至元八年（1271），忽必烈改國號為元，至元十六年（1279）滅南宋，定都於大都（北京），中國曆史進入了元代。
元朝的統治者對於佛教的信奉尤甚於前朝帝室。自十三世紀初葉，元太祖成吉思汗就曾命其後裔給各種宗教以平等待遇。元世祖忽必烈即位前，曾邀請藏傳佛教薩迦派領袖八思巴東來，即位後，奉八思巴為帝師，位列百官之首，掌理全國佛教，兼領藏族地區的政教。終元之世，均以藏傳佛教為國教，每帝必先就帝師受戒，然後登位，這種“帝師製度”是元代佛教的一大特色。同時，漢族僧眾與河西回鶻僧也受到相當的禮遇。
由於帝室的尊崇，佛教信仰在元代空前高漲，各種佛事活動盛行朝野，寺院經濟也迅速膨脹起來。據《元史·祭祀誌》：
道釋禱祠薦禳之盛，竭生民之力以營寺宇者，前代所未有。