早在唐高祖李淵建立太和宮之時，終南山太和峪口以外的山林和田地就已悉數化為皇帝禁苑。後來，唐太宗李世民在太和宮遺址上建立翠微宮，同時又在山下皇帝禁苑處構建了翠微宮下苑。
據王作兆先生所著《長安史跡紀略》記載：
內苑的酒務頭村（酒務指北宋時酒稅收征機構），該村原屬翠微宮下院一部分，名翠微堡，宋後改名酒務頭。
看來，翠微宮下苑的建立確為事實，所在地便是今天的長安區內苑村。再到後來，唐高宗李治又將翠微宮舍為翠微寺，翠微宮下苑也隨之廢除，群眾開始聚居此處建立村莊，但是此地依然與山上翠微寺保持著千絲萬縷的聯係。而無學禪師所建“翠微寺下院”，其地正是在翠微宮下苑處。
此“翠微下院”，便是今日嚴福寺的前身。
六、五代時期的沒落
唐末的黃巢起義曆經十年之久，最終雖被剿滅，但唐王朝卻逐漸崩潰、無力回天。天佑元年（904），朱溫脅迫昭宗遷都洛陽，派張廷範為禦營使，拆毀長安的大量宮殿寺觀，將木料順渭水運往汴梁以營造新都，長安終成廢墟，昔日繁華頃刻凋零，寺院也所剩無幾。
據《資治通鑒》卷二百六十四載：
（唐昭宗天佑元年，904）戊午，驅徙士民，號哭滿路，罵曰：“賊臣崔胤召朱溫來傾覆社稷，使我曹流離至此！一老幼繦屬，月餘不絕，壬戊，車駕發長安，全忠以其將張廷範為禦營使，毀長安宮室百司及民間廬舍，取其材，浮渭河而下，長安自此遂丘墟矣。
翠微寺最初是由規模宏大的翠微宮舍之而成，有詩曰“翠微寺本翠微宮，樓閣亭台數十重”，看來，翠微寺雖沒有進行過大規模的整修，卻也基本保持了原貌，朱溫等人自然會考慮毀損此處。然而翠微寺地處深山，其破壞程度亦未可知。僅從“朱溫墟長安”的角度來看，翠微寺即便未遭破壞，其僧眾的日常生活也是無法保障的。公元907年，朱溫奪取了唐政權建立後梁，中國曆史步入了五代十國時期。在此期間，變亂頻仍，戰爭浩繁，佛教內隻有禪宗的弘傳比較活躍，但也僅限於相對穩定的南方地區。顯德二年（955），後周世宗采取禁佛政策，使國境內寺院廢除過半，並熔佛像鑄錢以充實國家經濟，這對於翠微寺來說無異於雪上加霜。此時的翠微寺可以說是斷壁殘垣、僧眾凋零，其情其景，可想而知。
第二節 從宋初的更名到民國時期的衰亡
一、宋金時期薪火猶續
北宋建隆元年（960）正月，趙匡胤發動陳橋兵變登基，是為宋太祖。宋政權建立以後，一反前代北周的禁佛政策，給佛教以適當保護。建隆元年二月，太祖下詔以自己的生日二月十六日為長春節，賜百官宴於相國寺，並普度童行八千人：六月下詔諸路寺院，“經顯德二年當廢未毀者聽存，其已毀寺所有佛像許移置存留”。繼而多次親臨相國寺開壇求雨，並派沙門行勤等一百五十七人去印度求法。開寶二年（969）長春節，詔天下沙門殿試經律論義十條，全中者賜紫衣。開寶四年（971），內官張從信往益州（今成都）雕刻大藏經，前後費時十二年，共收錄佛經六百五十三部，計六千六百二十餘卷。因刻於開寶年間，故稱為《開寶藏》，又因在四川，也稱《蜀版大藏》。這是我國曆史上第一次雕版刊印《大藏經》，自此各大寺院建築藏經樓，以珍藏《大藏經》為鎮寺之寶。太平興國元年（976），太宗趙匡義下詔普度天下童行17萬人，又於五年（980）設立國家譯經院，召中印度僧人法天、天息災、施護等法師翻譯梵文經典，恢複了自唐代元和六年（811）起中斷170年之久的佛經翻譯工作，並親自題寫了《新譯三藏聖教序》。為培養翻譯人才，譯經院又改為傳法院，同時設立印經院，管理流通大藏經的出版工作。這些措施對促使北宋佛教的逐漸恢複和發展起到了很大的推動作用。
五代時期的翠微寺已成抱殘守缺之勢，宋朝初年的崇佛政策則給它的複興帶來了一線希望。北宋太平興國三年（978），翠微寺更名為永慶寺，位於太和峪口的翠微下院被命名為嚴福寺。法事得以重興，土地田產也得以歸還。而翠微更名之事，雖為事實，但因它在唐代的聲名，後人習慣上往往將“翠微”與“永慶”二名並用。
宋代佛教是轉折與深入的時期，與唐代佛教之“八宗鼎盛”的輝煌場景相比，雖然稍顯遜色，卻為中國佛教史揭開了新的篇章。日本學者鐮田茂雄說：“以往唐代集六朝之大成，而宋代卻是麵向將來，一直朝著新方向前進的近代史的開端。”由於過去從印度、西域傳入經典帶來的刺激逐漸消失，以及曆次法難和五代戰亂致使諸宗的典籍章疏散失殆盡等等因素，使得中國化佛教禪宗在宋代得以興旺發達。著名佛教學者周叔迦先生將宋代佛教稱之為“流派蔓延時期”，事實也正是如此。天台宗與淨土宗的中興、華嚴宗和律宗的承傳遠不如禪宗的蕃衍所帶來的文化衝擊。禪宗五家中曹洞與雲門的承傳，以及臨濟分支楊岐、黃龍的確立，標誌著北宋禪風的盛行普遍。而早在唐末便以弘揚青原係禪法聞名於世的翠微寺，則成為終南山的佛教重鎮。