有人忌諱郝柏村手握兵權達8年之久，對此郝柏村說道：“我們的軍令係統是從德國學來的，當時德國各地都由皇子當司令官，可是有關作戰之事，皇子未必精通，因此都由參謀長擔任發號司令。”“我別的事也許不在行，隻有軍事方麵較專業，我參與會議，貢獻點意見有何不可，且這些都屬於軍政範圍。”
郝柏村在1986年3月進入國民黨中常會，成為中常會中唯一的職業軍人。
在擔任“參謀總長”的同時，從1982年至1989年，郝柏村還擔任“中山科學研究院院長”。這個“中山科學研究院”鮮為人知，很容易跟台灣的“中央研究院”混淆。“中山科學研究院”是1968年在高雄成立的，相當於大陸的國防科委，是專門研製高精尖武器的。大陸的國防科委在當時的研究重點是“兩彈一星”，而台灣的“中山科學研究院”在郝柏村領導下研究重點是“兩彈”，即原子彈和導彈。
台灣的核武研發始於60年代末，當時祖國大陸成功試爆原子彈和氫彈給台灣造成很大震動。蔣經國1965年接任“國防部長”後，即秘密積極發展核武器。1968年在高雄成立的“中山科學研究院”，便全力以赴製造原子彈。這“秘密研製”不僅是對大陸保密，而且對美國保密，因為美國不允許台灣擁有核武器。
1988年1月，美國中央情報局安插在台灣“中山科學研究院”核能研究所的上校副所長張憲義攜帶機密資料出逃美國，造成台核武計劃在關鍵時刻流產。美方向台灣出示美國間諜衛星拍到的照片。美國總統裏根強烈要求台灣在一周之內取消核計劃，銷毀核設施。迫於美國的壓力，台灣不得不按照美國的要求去做，從此不再研製核武器。
郝柏村還指示“中山科學研究院”研製戰術導彈，獲得成功。
郝柏村著重抓了台灣自製戰鬥機的工作。1983年1月5日，郝柏村到台中航發中心，宣布了那裏改隸“中山科學研究院”的命令，把台灣研發高性能戰鬥機的力量統合起來。1984年，郝柏村第一次以台灣“參謀總長”的身份訪問美國華盛頓，與國防部長溫博格會談，要求美國對台灣研發高性能戰鬥機給予技術幫助。1985年郝柏村又就此事再度訪問美國，聘請美國通用公司有經驗的工程師來到台中清泉崗營區支持工作。台灣自製的戰鬥機被命名為“經國號”，以紀念已經病逝的蔣經國。1988年12月10日，郝柏村在台中清泉崗主持了“經國號戰機”原型機的出廠及命名典禮。
台灣“五公”之一的“鎮國公”
蔣經國晚年，受糖尿病、視網膜模糊、腎髒發炎和雙腿肌肉壞死等諸多疾病的困擾，而關於他的病情在台灣被列為高度機密。郝柏村與蔣經國過從甚密。郝柏村說：“這一時期經國先生的身體比一般人想象的差得多……他平時絕少出門，出門也總是走固定的路線，從大直官邸到重慶南路‘總統府’，從‘總統府’辦公室再回到官邸。平時他大多數時間都躺在床上，坐還可以，走路已舉步艱難。能夠和他直接接觸的人並不多，定期見麵的，大概也隻有‘總統府’的秘書長沈昌煥、‘國防部長’汪道淵、‘行政院長’俞國華，再就是我了，還有秦孝儀。”當時，作為參謀總長的郝柏村，每星期要到大直七海官邸向蔣經國彙報一次。他端了一張小凳，坐在蔣經國床前，一一彙報軍事情況。後來，蔣經國除了跟郝柏村談軍事，其他的問題也找郝柏村交談。
1988年的1月13日晚上8時半，電視台正在播出瓊瑤電視劇，突然屏幕上出現畫著黑框的蔣經國遺照，台灣全島陷入震驚之中。蔣經國是在當天下午1時55分突然大量吐血，並引發休克和呼吸衰竭，於3時50分去世，終年78歲。
蔣經國的去世，意味著兩蔣的“強人政治”時代畫上了句號。台灣政壇出現大問號：強人走了，誰來當家？
由於蔣經國的一手提拔，“農業專家”李登輝從台北市長而台灣省長而“副總統”。按照台灣“憲法”規定，“副總統”李登輝在蔣經國去世當天宣誓繼任“總統”。但是，在蔣經國治喪期間，國民黨內流傳著台灣“五公共治”：俞國華（“行政院長”）是“安國公”，李煥（國民黨中央秘書長）是“輔國公”，謝東閔（國民黨副主席）是“保國公”，蔣緯國（“國安會”秘書長）是“定國公”，郝柏村（參謀總長）是“鎮國公”，並沒有把李登輝放在眼裏。
在悼念蔣經國的哀樂聲中，台灣政壇的權力鬥爭暗潮洶湧。