30日，中國人民解放軍攻取重慶，直到這時蔣介石才從重慶飛往成都，郝柏村也在這時隨顧祝同飛往成都。
來到成都之後。12月7日，蔣介石眼看形勢越來越不妙，終於在成都發出了這樣的電報：
命令政府遷設台北，並在西昌設大本營，統率陸海空軍，在大陸作戰。此令
蔣中正
“中華民國”三十八年十二月七日
成都也已經危在旦夕。就在蔣介石發布這一命令之後的第三天——12月10日，蔣介石乘坐中美號專機，從成都的鳳凰山機場起飛，飛往台北。從此蔣介石永遠離開了中國大陸。據中美號專機駕駛員衣複恩回憶說：“這是蔣介石從政生涯中最心酸的一刻，他坐在飛機上，一言不發。”
也就在這一天，郝柏村隨顧祝同飛離成都，但是沒有飛往台北，而是飛往海南島的海口，因為顧祝同作為參謀總長，仍擔負蔣介石在大陸殘餘部隊的指揮任務。
12月27日，中國人民解放軍攻下成都。
一個月後，郝柏村從海口飛往台北，從此定居台灣。郝柏村在蔣介石最危難之際，仍緊緊追隨，給蔣介石留下良好的印象。
出任金門炮兵少將指揮官
到了台灣之後，郝柏村仍在“國防部參謀總長”辦公室擔任上校隨從參謀，直至1955年。
郝柏村說，蔣介石非常重視軍官的培養。他到了台灣，先是被送到台北圓山軍官團高級班培訓，於1951年畢業；然後送往美國學習，1953年畢業於美國陸軍炮兵學校高級召訓班；接著，在美國陸軍指揮參謀大學學習，於1955年畢業。
從美國回到台灣，郝柏村擔任陸軍第三軍炮兵指揮部上校指揮官。
郝柏村在16歲時進入黃埔軍校，學的就是炮科。多年以來，郝柏村一直是炮兵指揮官。自從蔣介石從大陸退往台灣，炮兵的重要性格外凸顯出來。當時，海峽兩岸處於敵對狀態，不時有小規模的戰事發生。處於第一線、離大陸最近的大、小金門島，炮兵尤為重要，雙方互射炮彈。1957年，郝柏村被任命為金門防衛司令部炮兵指揮部少將指揮官，駐守金門。38歲的郝柏村，成為當時蔣介石軍隊中最年輕的將軍。
郝柏村駐守金門達3年之久。知道我去過大、小金門，郝柏村顯得很高興，問我是否參觀過他當時的指揮部？
金門是一個特殊的海島，距大陸最近點隻有1800米。1949年之前，金門還是一個荒涼的小島，進入20世紀50年代，十幾萬國民黨軍隊雲集金門。當時，金門部隊擁有155口徑及105口徑的大炮約100門，總共有28個炮兵營。郝柏村統一指揮金門五個師和一個軍的炮兵指揮部。然而金門是三麵被大陸所包圍，大陸的地勢，比如廈門的雲頂岩、南太武山，都比金門高，距離也很近，整個金門都在中國人民解放軍炮兵的射擊距離以內。美國軍事顧問曾說，金門是守不住的。但是蔣介石堅決反對，宣稱一定要守住金門，不惜任何代價守金門。
郝柏村到金門之後，視察了所有炮兵陣地。有著多年炮兵作戰經驗的郝柏村看到炮兵用砂包堆成的野戰掩體，以為不妥，因砂包不堅固，經日曬雨淋很容易破損，而金門打的是持久戰，他主張構建鋼筋水泥的永久性炮兵掩體。然而當時金門的美軍顧問主張炮兵陣地應該機動，不宜用固定的永久性掩體。郝柏村以為，金門是個小島，機動的空間很小，堅持建永久性鋼筋水泥掩體。金門防衛總司令劉玉章將軍、“國防部長”俞大維都支持郝柏村的意見。於是在郝柏村的領導下，對金門的炮兵陣地進行根本性的改造。
蔣介石本人是炮兵出身，他早年曾在保定陸軍速成學堂學習炮兵戰法，又在日本振武學堂的炮兵專科深造，所以蔣介石對炮兵是行家裏手。蔣介石在視察金門時，充分肯定了郝柏村對金門炮兵陣地的改造。郝柏村到金門的第一年，把全部精力用在領導全金門的炮兵陣地改造上，一年之中沒有過一天假，也沒有回台灣一次。