1944年初，郝柏村調回國內，在重慶的陸軍大學二十期正規班學習，直至1946年夏畢業，從重慶來到南京。
這時，他作為軍人，親曆了第二場戰爭，即國共內戰。
南京離鹽城不遠，郝柏村卻難回家鄉，一是他的雙親已經相繼過世，二是鹽城已經成為“紅區”。在抗日戰爭中，中國共產黨領導的新四軍在皖南事變之後，退居蘇北，活躍在鹽城。鹽城的泰山廟，成了新四軍軍部所在地。劉少奇、葉挺、陳毅，出入於那裏。郝柏村的父親在抗戰期間，生活尚可，因為郝柏村參加抗戰，他的父親算是“抗屬”。
1946年，鹽城成了解放區，開始實行土地改革。郝柏村家被劃為地主，土地被沒收，分給農民，他家的房子也被分給農民，他的弟弟、妹妹從家鄉逃了出來。作為國民黨軍官的郝柏村，顯然無法踏進這片唱紅歌、飄紅旗的地方。
親曆國共內戰
郝柏村能夠成為蔣介石1945年至1949年日記的解讀者，除了他是這5年國共內戰的親曆者，還在於他結識了顧祝同，跟隨於顧祝同左右，知道這一時期國民黨高層的種種內幕。
顧祝同是蔣介石黃埔嫡係將領，與衛立煌、陳誠、蔣鼎文、劉峙名列“五虎上將”。在抗日戰爭期間，顧祝同任第三戰區司令長官，兼江蘇省主席；抗日戰爭結束之後，顧祝同任徐州綏靖主任；1946年任陸軍總司令，與海軍總司令陳誠、空軍總司令周至柔並列為國民黨三軍統帥，但是陸軍總司令手下的兵最多，權最大。
顧祝同看重郝柏村原因有二：一是同為蘇北人，顧祝同是蘇北安東（今漣水）人；二是同為黃埔人，顧祝同早年曾任黃埔軍校教官，雖然並未教過郝柏村，但對於黃埔軍校出身的郝柏村有著信任感。
據郝柏村回憶，顧祝同曾經對他說，“你跟著我就行”。
在國共內戰全麵展開之後，顧祝同接替劉峙擔任鄭州綏靖公署主任，指揮中原地區作戰。郝柏村跟隨顧祝同來到鄭州。郝柏村升任國民黨陸軍炮兵第十二團二營中校營長。
由於徐州綏靖公署主任薛嶽在魯南戰役、萊蕪戰役接連敗北，蔣介石調顧祝同坐鎮徐州指揮，與中共華東野戰軍作戰。郝柏村也隨顧祝同來到徐州。
這時候，由於林彪、羅榮桓率領的中國人民解放軍東北野戰軍在東北發動進攻，郝柏村的部隊奉命調往東北，在沈陽作戰，他離開了顧祝同。
顧祝同善於打仗，深得蔣介石垂青，於1948年5月接替陳誠出任“國防部參謀總長”。這時，顧祝同把郝柏村從沈陽調到南京待命。郝柏村記得，他調離沈陽幾個月之後，遼沈戰役（國民黨方麵稱“遼西戰役”）開始了，沈陽很快就落入林彪、羅榮桓之手。
顧祝同把郝柏村調到南京之後，先是任命他為陸軍196師上校，不久把他調到身邊，出任“國防部參謀總長”辦公室上校隨從參謀。
對於郝柏村來說，調往“國防部參謀總長”辦公室工作，是人生重要的一步，即從一個局部性的炮兵營長，到了這樣負責全局的重要崗位工作，有機會直接接觸國民黨軍隊高層。
在國共內戰中，中國人民解放軍愈戰愈強，國民黨部隊從優勢轉為劣勢。從1948年9月至1949年1月間，三大戰役——遼沈戰役、淮海戰役與平津戰役相繼打響。
國民黨方麵把三大戰役稱作“三大會戰”，即“遼西會戰”、“徐蚌會戰”與“平津會戰”。
作為國民黨軍隊參謀總長的顧祝同，如同消防隊隊長，根據蔣介石的命令，飛往沈陽、北京、徐州指揮作戰。郝柏村也隨顧祝同親曆了這觸目驚心又翻天覆地的“三大會戰”。
“遼西戰役”從1948年9月12日至11月2日。林彪、羅榮桓率領的東北野戰軍在中國東北發起進攻，與“東北剿匪總司令”衛立煌麾下的國民黨軍隊進行了52天的作戰，國民黨軍隊傷亡被俘47萬2千餘人，林彪軍占領了沈陽、錦州及長春等地，東北全境為中共所占。