據司馬遷所說，《孫子》的漢初傳本，與今本篇數相同，但當時及其後也還有其他一些佚篇《孫子》在流行和陸續產生。這些佚篇《孫子》本來別自成書，西漢未經任宏校定，與上述十三篇合為一書，致使篇數驟增，達到八十二篇、圖九卷。這種本子流行到三國時期，魏武帝曹操特意編了一部僅有十三篇的扼要注釋本，將西漢末增人的佚篇悉數刪汰。這些佚篇《孫子》在隋唐之際仍以單行本形式流傳，後全部亡佚。故唐人杜牧說“武所著書，凡數十萬言，曹魏武帝削其繁剩，筆其精切，凡十三篇，成為一編。”過去不少人懷疑此說，也有人反過來臆推《孫子》為曹操偽托，都缺乏證據。
曹注本出現後，注解《孫子》者不乏其人，但流傳至今，最重要版本隻有三種：①影宋本《魏武帝注孫子》，收入《平津館叢書》，原本為清顧之逵舊藏。該書是仍然保持單行本麵貌的曹注本。②宋版《武經七書》本《孫子》，收入《續古逸叢書》，現藏日本。該書是宋元豐年間經朱服、何去非校定的不帶注的本子，後世大量的武學教本都是翻用此書。③宋本《十一家注孫子》，北京圖書館和上海圖書館均有藏本，今有中華書局影印本。該書原出宋吉清版《孫子兵法》書影天保《十家孫子會注》，十家者，魏曹操，梁孟氏，唐李筌、杜牧、陳暤、賈林，宋梅堯臣、王皙、何延錫、張預，加上鈔附在內的唐杜佑《通典》引文的小注，便是十一家，書後還附錄了宋鄭友賢《孫子十家注遺說並序》，是保存舊注最多的一個本子。
整理研究《孫子》，前人著述極多。其中研究《孫子》著錄者，以近人陸達節所著《孫子考》和《孫子兵法書目彙編》搜集最富；校勘方麵，清孫星衍校刻的《孫子十家注》，以鉤稽古本殘句著稱；注釋方麵，近人在引證中外軍事史、整理舊注、疏通文義和思想評價等方麵均有一定成績；輯佚方麵，清畢以珣《孫子敘錄》、嚴可均《全上古三代秦漢三國六朝文》、馬國翰《玉函山房輯佚書》、王仁俊《經籍佚文》等均輯有《孫子》佚文。另外，日本東北大學中國哲學研究室還編印了《孫子索引》。
1972年4月，山東臨沂銀雀山一號漢墓出土了竹簡奉《孫子兵法》和《孫臏兵法》。它證實了《史記》關於《吳孫子》和《齊孫子》從漢初就各有其書的記載，澄清了某些人在這一問題上的誤解。竹簡本《孫子》有不少字句與今本不同，而與失散在漢唐舊籍中的《孫子》引文比較接近，是了解《孫子》的流傳和校勘《孫子》的寶貴資料。另外，墓中還出土了記載《孫子》篇目的木牘和五篇《孫子》佚文。木牘將《孫子》十三篇分為前六篇和後七篇兩部分，稱後者為“七勢”，其篇次排列與今本不盡相同。五篇《孫子》佚文為研究漢初佚篇《孫子》的麵貌提供了新線索。已有不少研究者利用這一新材料，寫出了新的注釋本和研究文章。